Nos sistemas simbióticos, o controle genético é complexo e muitos genes participam do processo, podendo estar localizados em plasmídeos e cromossomos (em espécies de crescimento rápido como Rhizobium freddi) e somente no DNA cromossomal (em espécies de crescimento lento como Bradyrhizobium japonicum). Os genes rizobianos essenciais para a formação do nódulo podem ser divididos em duas classes: genes nod (nodulation) e nol, que são os genes da nodulação e que, quando ocorrem mutações, resultam em alterações no processo de infecção. A segunda classe inclui genes que estão envolvidos com a caracterização da superfície bacteriana, como genes exo (exapolissacarídeos), lps (lipopolissacarídeos) e ndv (1,2-B-glucans nodule development).
Além disso, pelo menos vinte genes da planta estão envolvidos no estabelecimento da simbiose. Os genes responsáveis pelo funcionamento da nitrogenase (nif) foram estudados a partir da bactéria de vida livre Klebsiella pneumoniae e formam um conglomerado de genes organizados em óperons. Os genes nif H, nif D e nif K codificam as duas subunidades da enzima nitrogenase. Outros genes estão envolvidos na formação dos compostos da cadeia de transporte de elétrons, específica para a dinitrogenase redutase (nif F e J) e na síntese do cofator Fe-Mo da dinitrogenase (nif B, V, N, E e Q).
Os produtos dos genes nif L e nif A regulam a transcrição dos operons nif através de um intrincado mecanismo de dupla cascata, envolvendo não só os genes L e A, como também os genes responsáveis pelo controle do metabolismo do nitrogênio, genes ntr A, ntr B e ntr C. os produtos de ntr A e ntr C são necessários para ativar a transcrição dos operons de genes nif L e nif A o produto de nif A junto com o produto do ntr A ativam a transcrição dos demais operons dos genes nif. A repressão por nitrogênio é medida pelo produto de nif L (que inativa o produto de nif A) e pelo produto de ntr B (que inativa o produto de ntr C). O produto de nif L também está envolvido no mecanismo de repressão pelo oxigênio através da inativação do produto de nif A.
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