Tropas Federales a la espera de Francisco Villa en la Ciudad de Torreón.
El 14 de julio de 1914 Huerta huyó de la capital y al día siguiente, 15 de julio, presentó ante el Congreso su renuncia. Se trasladó a La Habana, Cuba, y de ahí a Estados Unidos, donde fue detenido y enviado a la prisión de El Paso, Texas, donde murió en 1916.
Francisco Carvajal, entonces ministro de Relaciones Exteriores, quedó al frente del gobierno con la tarea de entregar la capital a las fuerzas revolucionarias y negociar la rendición de las fuerzas federales. Carbajal solicitó la mediación de los Estados Unidos, a lo que Carranza se rehusó. Después de pláticas entre el gobierno y carrancistas, el 14 de agosto de ese mismo año se firmaron los Tratados de Teoloyucan, en donde se presentaba formalmente la rendición incondicional del ejército federal.
Tras la renuncia de Huerta la capital fue rápidamente ocupada por el Ejército Constitucionalista ese mismo 15 de julio. Venustiano Carranza llegó a la ciudad acompañado de Álvaro Obregón el 20 de agosto y tomó el mando político y militar.
El hecho de que Carranza le hubiera negado la posibilidad de entrar a la capital y que no lo hubiera invitado a la firma de los Tratados de Teoloyucan creó un fuerte malestar en Francisco Villa, por lo que varios generales intentaron llegar a un arreglo pacífico. Se llevó a cabo entonces una reunión, cuyo resultado quedó plasmado en el Pacto de Torreón, en el cual se acordó que Carranza seguiría siendo el Primer Jefe, la División del Norte tendría el mismo rango que la del Noreste y Noroeste, y Felipe Ángeles fungiría asimismo como jefe de todo el Ejército Constitucionalista.
Poco después, Carranza convocó a los gobernadores y generales a una convención, en la que debía elaborarse un programa revolucionario.
Las sesiones fueron reanudadas el 10 de octubre en la ciudad de Aguascalientes, siendo presididas por Antonio I. Villarreal, José Isabel Robles, Pánfilo Natera, Mateo Almanza, Marciano González, Samuel Santos y Vito Alessio Robles. Con el traslado de la sede, Villa decidió enviar a sus delegados y Zapata hizo lo mismo. Carranza por su parte no asistió a la convención, ya que creía que Aguascalientes estaba amenazada por Villa. En su lugar se dirigió a Veracruz.
Durante las sesiones, que se prolongaron hasta el 13 de noviembre, los zapatistas pidieron que Carranza renunciara como Primer Jefe de la revolución y que se aceptara íntegramente el Plan de Ayala. En una carta leída a los presentes por Álvaro Obregón, Carranza aseguraba estar de acuerdo en renunciar si Villa y Zapata se retiraban de la vida pública y renunciaban como líderes de sus respectivos ejércitos. La Convención nombró a Eulalio Gutiérrez presidente interino. Al enterarse del nombramiento el 10 de noviembre, Carranza desconoció el acuerdo de la Convención y su derecho a nombrar presidente, declarando que Gutiérrez era un presidente espurio.
Las fuerzas carrancistas salieron de la capital al mismo tiempo que entraban los zapatistas. Días después llegaron las fuerzas de Villa, reuniéndose ambos generales y firmando el Pacto de Xochimilco, el cuál básicamente constituía una alianza contra Carranza. Presionado por Villa y Zapata, Gutiérrez no pudo gobernar, y el 16 de enero salió de la capital e intentó establecer su gobierno en San Luis Potosí, aunque al poco tiempo renunció de forma definitiva. Roque González Garza fue nombrado presidente provisional, gobernando del 17 de enero al 9 de junio de 1915.
Mientras tanto en Veracruz Carranza gobernó de facto el país: el 12 de diciembre de 1914 reformó el Plan de Guadalupe y poco después, el 6 de enero de 1915, promulgó una serie de leyes redactadas por Luis Cabrera.
El 10 de junio Francisco Lagos Cházaro recibió de la Convención el Poder Ejecutivo. La capital fue tomada de nuevo por los carrancistas el 2 de agosto y ante su llegada la Convención se trasladó a Toluca y posteriormente a Cuernavaca, en éste último sitio sin la presencia villista