Alguns meses se passaram desde os misteriosos incidentes na Mansão Spencer, que foram simplesmente ignorados pelos policiais, mesmo com todos os esforços dos membros sobreviventes da STARS para revelar a verdade sobre a Umbrella. Nesse meio tempo, um terrível acidente ocorre nos esgotos da cidade, iniciando uma catástrofe com o T-Virus.
Leon Scott Kennedy é um jovem policial que chega em Raccon City para o seu primeiro dia de trabalho numa força especial da RPD, criada para substituir a STARS, agora dissolvida. Claire Redfield, uma jovem estudante e motociclista, vai á Raccoon City para procurar o seu irmão, Chris, que está desaparecido. Os dois não sabiam, mas estaria no lugar errado e na hora errada...
Chegando na cidade, Leon salva Claire de alguns zumbis em um bar e os dois decidem ir para a delegacia, onde poderiam estar salvos. Mas um acidente ocorre e os dois acabam seguindo caminhos separados.
Dentro da delegacia, os dois encaram os horrores que a Umbrella acidentalmente criou: zumbis, lickers, cerberus e uma estranha criatura que os persegue implacavelmente.
No estacionamente da delegacia, Leon se encontra com uma misteriosa mulher nipo-americana, Ada Wong, dizendo estar procurando por um reporter chamado Ben Bertolucci, que estava em uma cela. Com a ajuda de Leon, os dois encontram o homem, e Ada revela estar realmente procurando por seu namorado John, um empregado da Umbrella.
Enquanto isso, Claire encontra-se com Sherry Birkin, uma garota misteriosa e amedrontada, e uma amizade surge entre as duas. A jovem motociclista agora decide proteger a garota de seu próprio pai, agora um monstro, e da misteriosa criatura conhecida como Mr. X.
Uma série de incidentes os leva a descobrir a origem de toda a catástrofe, assim como a história de William Birkin, um cientista de grande importancia da Umbrella, que criou o G-Virus e injetara o vírus em sí mesmo, mutando...
O pesadelo de Claire, Leon e Sherry está apenas começando.