Nesse mesmo ano, a FRETILIN (Frente Revolucionária do Timor Leste Independente), de orientação socialista, derrotou tropas nacionalistas favoráveis à unificação com a Indonésia e proclamou a independência do Timor Leste.

Em novembro de 1975, tropas indonésias invadiram a região e obrigaram a FRETILIN a renunciar ao comando do processo de independência. A capital foi bombardeada e centenas de pessoas morreram nesses primeiros combates. A Indonésia recebeu o apoio dos Estados Unidos, interessados em evitar a expansão do socialismo na Ásia.

Em julho de 1976, o Timor Leste foi oficialmente anexado pela Indonésia na condição de província (a 27ª).

O Timor Leste, cuja capital é Dili, possui uma área de cerca de quinze mil quilômetros quadrados e conta com uma população de 800 mil pessoas aproximadamente.

Depois da invasão do Timor Leste por tropas indonésias, em dezembro de 1975, o governo de Jacarta (capital da Indonésia) ordenou que todos os movimentos em prol da independência da parte oriental da ilha do Timor deveriam ser duramente reprimidos.

Em 1976, após a anexação (uma ação que não obteve o conhecimento da Organização das Nações Unidas), militantes pró-independência se refugiaram nas montanhas e iniciaram ações de guerrilha contra as tropas de ocupação.

A anexação do Timor pela Indonésia foi uma atitude unilateral e violenta. A Organização das Nações Unidas nunca a conheceu e, através de várias resoluções, a condenou e pediu a retirada das tropas indonésias, baseando-se no direito de autodeterminação dos timorenses. Grupos internacionais de defesa dos direitos humanos estimam que cerca de duzentas mil pessoas morreram, por causa da violência política ou da fome, nos anos seguintes à invasão.

Em 1993, militantes pró-independência iniciaram um processo de negociação com o governo de Jacarta, objetivando a elaboração de um acordo de paz. Entretanto, as conversações redundaram em um grande fracasso,, porque os líderes separatistas exigiram que houvesse a mediação da ONU no processo, uma exigência considerada "abusiva" pelo governo indonésio.

Em 1996, o bispo de Dili, Dom Carlos Ximenes Belo e o jornalista José Ramos-Horta, líder do processo emancipacionista, receberam o prêmio Nobel da Paz por sua luta pela independência do Timor Leste. Em maio de 1999, a opinião pública internacional recebeu com reservas e com pessimismo notícias sobre o acordo assinado entre o governo português, grupos timorenses pró-independência, a Organização das Nações Unidas e o governo indonésio. O ponto principal do acordo era a realização de um referendo com o objetivo de se definir o futuro político da região.

O pessimismo da opinião pública internacional em relação à realização de um plebiscito, objetivando definir a situação política da região do Timor Leste, tem suas origens na histórica resistência do governo de Jacarta de conceder a independência aos timorenses. De fato, a Indonésia temia que a emancipação do Timor iniciasse uma "onda" de separatismos na região, baseados nas diferenças étnicas (existem, aproximadamente, trezentas etnias na Indonésia e mais de quinhentas línguas e dialetos) e religiosas.

O referendo, preparado pela Organização das Nações Unidas, foi marcado para o dia 30 de agosto de 1999. Os timorenses responderam a duas perguntas. A primeira era: "Você aceita a proposta de autonomia a Timor Leste dentro do Estado unitário da República da Indonésia?" A outra questão era: "Você rejeita a autonomia especial para o Timor Leste, o que levaria à separação da Indonésia?"

A primeira alternativa previa a permanência do território sob o controle da Indonésia, mas com autonomia, enquanto que a Segunda estipulava a independência total do Timor Leste. O presidente indonésio B.J. Habibie anunciou que concederia a independência, caso a maioria da população optasse por ela. Cerca de 450 mil timorenses se registraram para participar da votação.

Às vésperas do plebiscito, uma onda de violência tomou conta da cidade de Dili.

Choques entre grupos separatistas e milícias antiindependência provocaram a morte de algumas pessoas. Mas o referendo, realizado no dia 30 de agosto de 1999, ocorreu sob um clima de muita calma e com um alto índice de comparecimento dos eleitores.

No mesmo dia, grupos pró-Indonésia ameaçaram iniciar luta armada se a independência fosse vitoriosa no referendo.

Nos primeiros dias de setembro de 99, a imprensa internacional anunciou, antecipando-se ao resultado oficial, que cerca de 90% dos timorenses haviam votado a favor da independência. Logo após a divulgação, grupos antiindependência invadiram cidade, queimaram residências e mataram opositores. Em Dili, mais de trinta mil pessoas se refugiaram em locais protegidos do Alto Comissariado das Nações Unidas para Refugiados.

Jornalistas estrangeiros noticiaram que as tropas indonésias não se mobilizaram para conter as ações dos grupos armados pró-Jacarta.

No dia 4 de setembro, foi feito o anúncio oficial do resultado do plebiscito: 78,5% dos eleitores votaram pela independência. Após o anúncio, a violência aumentou, e o exército indonésio foi acusado de armar e apoiar grupos paramilitares antiindependência. No dia 7, a Indonésia declarou lei marcial em Timor, como resposta à pressão internacional para que o País controlasse a escalada da violência.

A ONU deu um prazo de dois dias para que a lei marcial apresentasse resultados concretos. Caso o exército indonésio não conseguisse conter os conflitos, seriam enviadas forças de paz internacionais para a região. Nessa ocasião, o general Wiranto, ministro da defesa e chefe das forças armadas da Indonésia, declarou que não havia a necessidade de tal medida, pois "a situação caminhava para a normalização".

No dia 12 de setembro, o presidente Habibie anunciou que aceitaria o envio de forças internacionais de manutenção de paz para o Timor Leste. O anúncio foi feito logo depois que o Fundo Monetário Internacional cortou a ajuda financeira à Indonésia e o governo norte-americano suspendeu a venda de armas e a cooperação militar ao País. Até o dia 1º de outubro, a força multinacional de paz já contava com quatro mil e trezentos homens e mulheres na ilha, além de um efetivo de mil e oitocentos militares a bordo de navios em torno de Dili.

A comunidade internacional espera que a presença das forças de paz possam reduzir a violência no Timor Leste e amenizar o sofrimento de milhares de pessoas que foram obrigadas a abandonar as suas casas para viverem em campos de refugiados.

Em 3 de outubro de 1999, 51 soldados da Polícia do Exército de Brasília chegaram a Dili. Esse pelotão se integrou à Força Internacional de Paz (INTERFET) e passou a atuar no policiamento das ruas, na escolta de presos e na proteção da população. A partir dessa data, novos contingentes, tanto do Brasil como de outros países integrantes da ONU tem renovado a cada ano os efetivos mantidos no Timor Leste, garantindo a paz e trabalhando para que a normalidade política e social, seja o prenúncio de uma liberdade duradoura para essa sofrida comunidade asiática