Il gioco è ambientato a circa due anni di distanza dal primo capitolo e lo scenario che si presenta ai nostri occhi è quello di un pianeta Terra estremamente evoluto che ha già stabilito le prime colonie sul Pianeta Rosso. Ma tra i due pianeti non corre buon sangue e come al solito è una questione economica a fare da sfondo alla vicenda: manca il metatron, il prezioso minerale utilizzato come fonte di energia dagli orbital frame, e la guerra tra i due eserciti pare inevitabile.

Su Marte è la forza militare Bahram, guidata dall'enorme Anubis, che garantisce protezione, mentre l'orbital frame terrestre è capeggiato dal mech Jehuty e qui il videogiocatore è chiamato in causa: il protagonista, il frame runner (è questo il nome dei piloti di mech) non è più Leo ma Dingo (da qui il titolo "2nd Runner"), un ex ufficiale militare dal carattere irascibile ed estremamente aggressivo intrappolato nella cabina di pilotaggio dell'Orbital Frame in quanto il suo sistema respiratorio è mantenuto attivo dal meccanismo di supporto vitale del Jehuty e quindi non può uscirvi perchè ciò significherebbe morire.

In una sequenza mostrata ad una recente conferenza la Konami mostra una sequenza video dove due benemeriti sconosciuti conversano sorpresi di aver trovato un filone di metatron in una caverna sotterranea.... poi il buio, e una scritta: "Time For Awakening" e la telecamera allarga l'inquadratura, punta su distese rosse lontane, e poi lampi di battaglia, e furiosi scontri tra giganteschi ed ipertecnologici mech.... Jehuty appare sullo schermo, maestoso e potentissimo ed a lui si oppone una mostro d'acciaio, è Anubis, capo della resistenza marziana. I due comandanti si lanciano parole sprezzanti e l'impronta metallica degli altoparlanti rende le voci alquanto cupe e irreali.... Anubis chiede a Jehuty di arrendersi, di andarsene, "perchè... perchè... perchè ti amo".... attimi di silenzio e poi un lampo di luce, e il trailer termina.

Chi è che comanda Anubis, e perchè si comporta così? e la Terra come si sta realmente comportando nei confronti della sua colonia? niente di questo viene spiegato dalla Konami, viene solamente anticipato, che il gameplay è stato leggermente ritoccato e che ora i combattimenti non saranno più uno contro uno, ma un orbital frame potrà scontrarsi contemporaneamente con decine di avversari, usando i mech più piccoli come scudi o come bombe da scagliare in mezzo allo schieramento nemico. Saranno implementate nuove armi (si parla di una gigantesca arma laser da utilizzare contro più di un nemico) e ovviamente tutto quello di cui in mech da guerra può aver bisogno, come mitragliatrici, missili per ogni occasione (aria-aria, terra-aria, aria-terra) e chi più ne ha più ne metta.

Ovviamente anche le ambientazioni ora sono molto più vaste e dettagliate del primo episodio, e viene garantita grande interagibilità tra i fondali e l'azione: potranno essere divelti pali ed ogni tipo di struttura d'acciaio, con i quali attaccare o proteggersi da eventuali attacchi improvvisi.