Det er viktig at du alltid arbeider med rene krystaller, særlig hvis de blir brukt til healing. Merkene vi etterlater oss på dem må bort, spesielt de vi etterlater oss etter at vi har brukt en sten til healing, fordi merkene kan være sykdommer eller deres påvirkninger, og det vil vi ikke risikere å flytte over til andre.
Metoder til å rense og behandle krystaller er individuelle, og derfor dinnes det ingen absolutte regler. Her nevnes noen renselsesmetoder, så kan du velge den som passer deg best. 

1. Det er mulig å rense stener med tankeformet lys. Da er det best å sette seg ned med steinen i hånden og slappe godt av. Du ber siden om lys fra det allmektige og affirmerer en lyssøyle som lyser opp alle steinens sider, lyser gjennom den og renser all negativ energi ut av den. Under denne bønnen blir energistrømmen ofte så sterk at man kan føle den tydelig i håndflaten. Du ber deretter om at lyset lader opp steinen med positiv energi som vi kan arbeide med.

2. Steinene kan renses under rennende vann fra springen. Samtidig som det blir gjort, er det godt å affirmere at vannstrømmen er lys som renser alle steinens flater. Siden er det best å ta steinen uten å tørke den og plassere den på et lyst sted, helst i vinduskarmen hvor den nyter sollyset eller ute i solen, og la den tørke der. Da blir dens energi fornyet.
I noen tilfeller er det godt å sette den ut i vinduet når månen er full og la måneskinnet fylle den med energi. Denne energien er mer feminin enn solenergien og blir mere bundet inn i underbevisstheten og følelsene.

3. Det er mulig å rense steinene ved å grave dem ned i havsalt alt fra en time opp til en uke, eller la dem ligge i sjøvann like lang tid. Salt er meget rensende og effektivt, og trekker ut all negativt og alle sykdommer. Men sørg for at det er rent havsalt, helt fritt for tilsetningsstoffer.