I pitagorici riprendono dai misteri eleusini l’esotericità, cioè i loro insegnamenti non erano destinati ad un pubblico vasto, ma solo agli appartenenti alla scuola, e questi non potevano rivelarlo a quelli che ne erano al di fuori, pena la morte. Ippaso di Metaponto, rivelò l’esistenza dei numeri irrazionali che i pitagorici avevano scoperto, e per tale colpa venne cacciato dalla scuola e ucciso. Per questo gli stessi antichi contemporanei ai pitagorici non sapevano con precisione quale fosse la loro teoria filosofica.

Gli insegnamenti impartiti dal maestro erano a carattere dogmatico, cioè dovevano essere presi come verità assoluta e non potevano essere contestati, come dice Diogene Laerzio, infatti il maestro all’inizio di ogni discorso soleva dire che non avrebbe tollerato nessuna insinuazione riguardo a quello che stava dicendo. Inoltre il maestro parlava dietro una tenda e chi riusciva a vederlo se ne vantava a vita. Qui viene proprio a mancare la caratteristica principale della filosofia, che ricerca la verità e non se ne arroga il possesso, inoltre la discute continuamente per cercare di raggiungere sempre la verità migliore. La base della ricerca filosofica è proprio la libertà di pensiero, di discussione e di confutazione. Nella scuola pitagorica questo principio cade.

All’interno della cerchia dei discepoli, c’erano due categorie:

gli acusmatici, che potevano solo ascoltare e neanche potevano contestare ciò che diceva il maestro, e i matematici, che invece avevano la facoltà di parlare liberamente con il maestro e quindi di formare un’opinione personale.

Successivamente questa distinzione andò ad indicare come gli acusmatici (coloro che ascoltano) quelli che si occupavano degli aspetti mistici e come matematici color che si occupavano di approfondire gli aspetti razionali del pitagorismo.

Caso strano nell’antichità, i pitagorici elaboravano le dottrine filosofiche lavorando in gruppo, non era il singolo che primeggiava ma la squadra, a differenza di altri filosofi di altre scuole (anche quelli di Mileto). Infatti Aristotele dopo aver parlato dei fisiologi, (Talete, Anassimandro e Anassimene), esamina i pitagorici, senza far distinzione fra Pitagora e i suoi discepoli.

Ai pitagorici era prescritto di evitare i luoghi frequentati ed i bagni pubblici; di non conversare al buio; di astenersi, come faceva il maestro, da ogni pubblica manifestazione di dolore o di gioia; di evitare, rispetto agli uomini, le calde preghiere e le suppliche. Essi dovevano assolutamente astenersi dal vino, e, al mattino, non mangiare altro che pane e miele; la sera era loro permesso di cibarsi di legumi e di carne, purché questa non fosse di animali che i precetti liturgici del maestro proibivano di sacrificare agli dei. E ciò era anche una tolleranza, perché la suprema perfezione consisteva nel non nutrirsi di alcun essere che avesse avuto vita, raccomandazione ispirata dalla dottrina della metempsicosi.

L'assoluta proibizione di certe carni, del pesce e di qualche legume, come la fava, si legava a ragioni mistiche e di superstizione. Pertanto il pitagorismo ammetteva l'idea di un merito nell'astinenza e nella mortificazione di se stesso, e raccomandava il digiuno come un atto di pietà. Ciascun pasto, nell'istituto pitagorico, era preceduto da libagioni e da fumigazioni, e finiva con una seconda libagione. Ogni pitagorista ( era questo il termine speciale per i componenti della congregazione ) doveva farsi il proprio esame di coscienza prima di addormentarsi. Pitagora dedicava una parte della giornata negli esercizi ginnici e nelle passeggiate e raccomandava la danza; ma proibiva la caccia, considerandola come un delitto. La vita in comune sviluppava nei pitagoristi un potentissimo ed intimissimo sentimento di fraternità. Le comunità, anche in città diverse, si aiutavano a vicenda nei bisogni; qualsiasi controversia nata tra loro, doveva cessare prima del tramonto. Era anche raccomandato a coloro, che, pur non avendo abbracciato la vita ascetica e posto i propri beni in comune, volessero seguire in tutta la loro estensione i precetti del maestro, di dividere quel che possedevano coi fratelli caduti in miseria.