I pitagorici credevano nella metempsicosi, cioè nella reincarnazione dell’anima. Essi molto probabilmente avevano ereditato questa convinzione dai culti orfici, che a loro volta la avevano ripresa dall’induismo. I pitagorici ritenevano che l’anima fosse di origine divina e che quindi il corpo fosse una sorta di prigione, dalla quale essa si poteva liberare dopo aver passato alcune vite via via sempre migliori, fino alla purificazione (catarsi). Quindi ci si poteva anche reincarnare in animali, la cui carne per questo motivo non si poteva mangiare. Mentre nei culti orfici la purificazione si raggiungeva attraverso alcuni riti e una vita vissuta per questo scopo, i pitagorici ritenevano che la vita del matematico fosse quella più vicina alla purificazione, e alla sua fine l’anima sarebbe ritornata di origine divina e libera. Questo perché essi ritenevano che l’arché fosse nei numeri.

Un’altra teoria sull’anima venne elaborata dalla seconda generazione dei pitagorici, che riteneva che l’anima fosse in equilibrio con il corpo, e una volta rotto questo stato di armonia essa sarebbe morta.