Kitang kita rin natin sa nobelang ito ang imoralidad ng mga prayle. Ang pagnanasa ni Padre Salvi kay Ma. Clara, ang pagkakaroon ng anak ni Padre Damaso kay Donya Pia, ang kagustuhan ni Padre Damasong ipalaglag ang anak nito, ang ang nangyari sa anak ni Kabesang Tales. Sa pag-uusap nina Padre Damaso at Ma. Clara, sinabi ng matandang pari sa anak niyang huwag ituloy ang binabalak nitong pagmamadre sapagkat matanda na ito at hindi na kayang protektahan ang babae sa kung ano man ang maaaring mangyari sa loob ng kumbento. Ipinahiwatig nito na ang mga madre doon ay nasa panganib na mapagsamantalahan ng mga pari.

Kaipokritohan rin ang ginawang pagbubunyag ni Padre Salvi sa nalalapit na rebolusyon. Oo nga't wala talagangkumpisal na nangyari ngunit ng sinabi niya sa alperes na "a woman whose name I shall not mention (it is a secret of the confessional) came and revealed everything to me." Nilabag niya ang doktrina ng kasagraduhan ng kumpisal. Para namang ang pagtatago niya ng pangalan ng nangumpisal ay sapat na upang masabi niyang natupad na niya ang kaniyang tungkulin.

Isang buong chapter rin ang inialay ni Rizal sa paglalarawan ng sermon ni Padre Damaso sa pista ng San Diego. Dalawang bahagi ang sermon, una'y sa wikang Kastila at ang ikalawa naman ay sa Tagalog ngunit parehong walang saysay. Ang pinagsasasabi ni Padre Damaso ay pawang walang kinalaman sa pangrelihiyong pangangailangan ng mga tao. Para sa paring ito, basta malakas ang kaniyang boses at mahaba ang kaniyang sermon ay sapat na. Hindi nga naintindihan ng mga tagapakinig kung ano ang mensaheng ibig niyang ipahatid. Ang mga manang ay naghihintay lamang ng pagkakataong maiyak sa kaniyang sinasabi ngunit ng hindi dumating iyon, karamihan sa kanila'y inantok at nakatulog. Naging malinaw lamang ang sermon nang pinatatamaan na nito ang ilan sa mga kalaban ng pari.

Para kay Rizal, ang ilang kaugalian ng katolikong simbahan ay may bahid ng superstisyon o pamahiin. Maaaring ang ginagamit ang mga kaugaliang ito sa mapamahiing paraan o di kaya'y ang mga tradisyong ito mismo ay nakabatay sa pamahiin lamang at walang basehan sa bibliya na siyang pangunahing doktrina ng relihiyong katoliko.

Sa bahaging ito, ginamit na halimbawa ng sumulat ang pagsamba ni Kapitan Tiyago sa mga santo. Sa kaniyang pananaw ang mga santo ng Kapitan, sa halip na sinasamba bilang maliliit na diyos, ay dapat na ginagawang halimbawa lamang ng mga sumasampalataya. Ang agua bendita rin ay nagkaroon na rin ng kakaibang kahulugan. Sa isang eksena sa Noli, ipinakitang ang mga tao'y nagsisiksikan upang makapagpahid lamang ng banal na tubig na ito dahil sa paniniwalang may kapangyarihan itong makapagpagaling. Isa ring halimbawa ng pamahiing nahalo sa relihiyon ang usapin ng kidlat at kampana. Sinabi ni Pilosopo Tasyo na napatunayan na ng siyensya na ang pagpapatunog ng kampana tuwing umuulan o bumabagyo ay nakakaakit ng kidlat. Hindi siya pinakinggan ng mga tao at sa halip na magpagawa ang bayan ng lightning rod upang hindi ito mapinsala ng mga kidlat ay bumili pa ito ng bagong kampana. Naniniwala ang mga taong ang kampanang ito na ang bahalang magligtas sa kanila.

Sa usapin ng kristiyanismo, para kay Rizal, ay ang pagsasanib ng teoryang itinuturo ng bibliya at ng gawa. Dapat na ang kabutihang sinasabi ng mga tagapagturo ng relihiyon o ng mga pari, ay ipinakikita rin nila sa pagtrato nila sa mga tao. Sa ganitong dahilan, ang mga paring nabanggit sa nobela, sina Padre Damaso at Padre Salvi, ay hindi karapat dapat na matawag na kristiyano. Parang hindi rin siya naniniwalang ang mga pari lamang ang maaaring magturo ng relihiyon dahil sinabi ni Tasyo na parang kalokohang ang mga alagad lang ng simbahan ang kinakausap ng Diyos. Sa paglalarawan naman ni Tinyente Guevarra sa ama ni Ibarra, nasabi niyang mas higit pa si Don Rafael sa mga taong araw-araw na nagsisimba at nangungumpisal, pati na rin sa mga kompesor.

Hindi rin naniniwala si Rizal na ang kaluluwa ng lahat ng hindi katoliko ay habangpanahong masusunog sa impiyerno sa kanilang kamatayan. Sa isang usapan ni Pilosopo Tasyo at ng isang manang, nasabi ng matanda na ang Diyos ay mabait at hindi niya hahayaang ang kakaunting katoliko lamang ang maliligtas pagdating ng panahon. Hindi rin daw niya alam kung saan nakuha ng simbahan ang konsepto ng purgatoryo sapagkat wala ito sa lumang testamento. Para sa kaniya, maganda ang ideya ng purgatoryo ngunit nagiging masama dahil sa ginagawang pang-aabuso rito. Tinutukoy niya rito ang pang-aabuso sa ideya ng indulhensya kung saan ang mga tao ay nakakaipon ng pagpapatawad dito sa lupa na katumbas ng ilang taong bawas sa panahong dapat ay ilalagi ng tao sa purgatoryo bago ito makarating sa langit.

Sa kabuuan, ang tao,para kay Rizal, ay dapat na may respeto sa kapwa, tapat, may prinsipyo, mapagkakatiwalaan, mapagbigay sa kapwa at may paninindigan. §