Pangunahing layunin ni Rizal na maipakita ang pang-aabusong dinaranas ng mga Pilipino sa kamay ng mga Kastila sa pagsulat niya ng nobelang Noli Me Tangere. Para sa kanya, ang kahirapang dinaranas ng mga mamamayan sa bansa ay bunsod ng di-makataong pagtrato ng mga kolonisador sa kanila. Ipinahihiwatig rin ng sulating ito na karamihan sa mga kasamaang ito ay may kinalaman o nanggagaling sa relihiyon sapagkat ang pangunahing tagapagpasunod at kinatatakutan ng mga tao noong panahong iyon ay ang mga kura. Sa isang chapter, inilarawan at sinabi ni Rizal na ang mga makapangyarihan sa San Diego ay ang alperes ng mga guardia civil at ang kura.

Naging suliranin at palaisipan kay Hessel kung ituturing niyang pansariling pananaw ni Rizal sa usapin ng relihiyon ang kabuuan ng nobela sapagkat ayon sa kanya, maaaring 1) ang isinulat ni Rizal ay sumasalamin lamang sa kaniyang nakikita at tunay nangyayari sa bayan, 2) sa naratibong bahagi ng nobela lamang nagbibigay ng personal na opinion si Rizal, 3) nagbibigay lamang siya ng simpatiya sa mga radikal na pananaw na ibinabahagi ng dalawang tauhan sa kaniyang nobela, sina Elias at Pilisopo Tasio, 4) naniniwala siya sa mga sinasabi nina Elias ngunit pinoprotektahan niya ang kaniyang sarili sa kritisismo sa pamamagitan ng paggamit ng kanilang boses, o 5) tulad ni Ibarra, ang pangunahing tauhan ng nobela, pinag-iisipan pa ni Rizal kung ano ang kaniyang paniniwalaan.

Bilang patunay ni Hessel na ginagamit nga ni Rizal ang mga tauhan ng nobela na sina Elias at Tasio sa paglalahad ng sarili niyang opinion, ipinakita niya ang isang bahgi ng sulat ni Rizal sa kaniyang kaibigang si Hidalgo. "I have unmasked hypocrisy which, iunder the guise of religion, came to impoverish and brutalize us; I have distinguished true religion from the false, from superstition, from that which traffics with the holy word to extract money, to make us believe in sortileges, of which Catholicism would be ashamed if it were known to them". Sa siping ito, nagbigay si Rizal ng tatlong kasamaan ng simbahang katoliko. Ang hypocrisy o pagkamapagkunwari, superstition, at ang komersyalismo ng relihiyong katoliko. Ikinumpara niya ito sa isang linya ni Elias kung saan inilahad nito ang dalawa sa binanggit na kasamaan ng relihiyon sa sulat ni Rizal kay Hidalgo. "� do you call faith these outward forms, do you call religion this traffic in girdles and scapularies, truth these miracles and wonderful tales that we hear daily? Is this the law of Jesus Christ? For this it was hardly necessary that a God should allow himself to be crucified or that we should be obliged to show eternal gratitude. Superstition existed long before it was only necessary to systematize it and raise the price of its merchandise!"

Ang mismong tema ng nobela ay nagpapakita ng kaipokrituhan o pagkamapagkunwari ng relihiyon. Ipinapakita nito kung paanong mismong pari ng simbahan, mga taong ang tungkulin ay tulungan ang mga naghihirap, ay gumamit ng kanilang kapangyarihan upang sawatain ang mga plano ng isang Pilipinong ang tanging kasalanan ay maging "indio", anak ng isang indiong sa isang pagkakataon ay napagbintangang pumatay ng isang mababang opisyal ng gobyernong kastila, at gumawa ng proyektong makatutulong sa pag-unlad ng kaniyang mga kababayan. Ang inasal na ito ng mga prayle, ayon kay Rizal, ay hindi makakristiyano.

Sa ilalim ng kategoryang hypocrisy ng relihiyon ay iba't ibang pagmamalabis. Isa na rito ang kawalan ng respeto sa katauhan. Itinuturing nila ang kanilang mga sarili na angat sa iba sapagkat sila ay mayroong basbas ng simbahan. Para sa kanila, sila ang naatasan ng Diyos na maging tagapagpasunod ng mga tao dito sa lupa kaya't mayroon silang karapatang gawin ang lahat ng kanilang naisin at kunin ang lahat ng kanilang magustuhan. Halimbawa ng kawalang respetong ito ang ginawa ni Padre Salvi at ng Sakristang Mayor sa magkapatid na Crispin at Basilio. Hindi na nga nila sinasahuran ng tama ang mga bata sa serbisyo ng mga ito sa simbahan, pinagbintangan pa nila ang batang si Crispin na nagnakaw ng dalawang onsa. Dahil sa pagtanggi ng bata sa sala, binugbog nila ito hanggang sa mamatay. Isa pa ang panunuod at pagkatuwa ni Padre Salvi sa pagpapahirap ng mga guardia civil sa mga nahuli sa pag-aalsa. Gayon din ang pangmamata ni Padre Damaso sa pinagagawang eskuwelahan ni Ibarra at pamumuri niya sa paraang ginamit ng isang paring nagpatayo ng hospital. Ang nasabing pari ay kumuha ng mga taong gagawa sa napakaliit na halaga. Ang mga manggagawang ito ay hindi pinakakain at pinagbabaon lamang upang makatipid sa gagastusin.