El equilibrio de un ecosistema puede quedar influenciado por un exceso de residuos de materia org�nica, sin embargo, la mayor amenaza de un biotopo reside en determinadas sustancias t�xicas o contaminantes, procedentes de actividades agr�colas, ganaderas, industriales o dom�sticas, tales como insecticidas, herbicidas, etc., que son rociadas sobre las plantas o incorporadas al suelo mediante aguas de riego.

Uno de los insecticidas m�s utilizado que act�a por simple contacto ha sido el DDT (diclorodifeniltricloroetano), utilizado masivamente muchos a�os atr�s como plaguicida en la fumigaci�n de peque�as y grandes extensiones de cultivos. Resulta muy t�xico para los animales que se alimentan de las plantas tratadas y tambi�n para el hombre. Es un insecticida polivalente, de acci�n residual muy prolongada, pero de elevada toxicidad. Hoy en d�a est� pr�cticamente prohibido en todos los pa�ses desarrollados. Aunque existen sustitutos que pueden ser metabolizados por los animales, como los compuestos denominados organofosforados, �stos afectan no obstante al sistema nervioso. En su lugar se usan otros compuestos denominados piretroides, los cuales deben ser utilizados de todas formas con precauci�n, pues aunque inocuos para los mam�feros, no lo son para los peces, que podr�an verse afectados a trav�s de cursos de agua subterr�neas o superficiales cercanas a los campos de cultivo.

Nuevas t�cnicas gen�ticas intentan conseguir especies resistentes a la acci�n parasitaria, a la vez que que se desarrollan bio-insecticidas que permiten una acci�n selectiva, evitando afectar a la planta cultivada o al suelo; se trata de los bioplaguicidas, cuya t�cnica consiste en la introducci�n de organismos vivos espec�ficos, que atacan y eliminan los par�sitos de las plantas a tratar.

Los insecticidas no son los �nicos agentes contaminantes, tambi�n los herbicidas suponen una amenaza para los vegetales y el suelo. Se trata de sustancias qu�micas utilizadas para eliminar las hierbas nocivas que crecen en las zonas de sembrados, las cuales pueden ser t�xicas en ciertas condiciones. La aplicaci�n de estos productos requiere ciertos cuidados para que no se vean afectadas las plantas que se trata de proteger; as�, si se aplican directamente sobre las semillas, actuar� antes sobre las hierbas nocivas elimin�ndolas, desapareciendo el efecto t�xico cuando las semillas hayan germinado y empiecen a desarrollarse.

Pero no s�lo la actividad agr�cola es fuente de contaminaci�n del suelo, tambi�n la industrial, ganadera y la proveniente de residuos urbanos. La naturaleza diversa de los compuestos que se originan en estas �reas, son ecol�gicamente imprevisibles. La capacidad de difusi�n, disoluci�n o reacci�n (por exceso o por defecto) de las part�culas emitidas es notable. De hecho, si los compuestos son solubles se incorporan a las plantas y a los animales que las ingieren; ejemplo de los metales como el mercurio, plomo, cadmio, n�quel, etc. (en ciertas condiciones el mercurio puede permanecer en el suelo durante un largo periodo de tiempo). Por otro lado, si los compuestos no son solubles permanecen en el suelo retenidos sin poder ser procesados eficazmente por las redes tr�ficas, salvo en ciertas condiciones de acidez del terreno. Cuando la contaminaci�n es efectiva y los mecanismos naturales de depuraci�n quedan saturados, se produce una paulatina desaparici�n de las especies vegetales y animales, y en casos extremos a la transformaci�n en un suelo totalmente est�ril.

Cuando un suelo ha sido contaminado la tarea de recuperaci�n es altamente costosa y compleja. Las t�cnicas utilizadas son de tipo biol�gico, qu�mico o el�ctrico. El procedimiento biol�gico se basa en introducir bacterias que tienen la capacidad de degradar el sustrato; el qu�mico es introduciendo componentes que equilibran el exceso de otros productos, o reaccionan con ellos generando un tercer elemento inocuo; el el�ctrico consiste en crear un campo el�ctrico entre dos electrodos para que los contaminantes se concentren en uno de ellos.

Aun cuando el suelo tiene una alta capacidad de regenerarse a s� misma, los desechos de las actividades humanas deben incorporarse a los suelos en peque�as cantidades, y a�n as�, ausentes de productos no biodegradables. Por otro lado, a�n cuando los productos que se desechan cumplan con esa condici�n, la acumulaci�n reiterada en el mismo lugar traer�a consigo la creaci�n de vertederos, y consigo la incapacidad del suelo y el entorno para procesarla.