Argumento
Ocho años después de los acontecimientos de The Dark Knight, Gotham se encuentra en un estado de paz. En virtud de los poderes otorgados por la Ley Dent, el comisionado Gordon (Gary Oldman) casi ha erradicado la violencia y el crimen organizado. Sin embargo, todavía se siente culpable por el encubrimiento de los crímenes de Harvey Dent. Mientras tanto tres ladrones están a punto de ser lanzados desde un avión por agentes de la CIA para saber el paradero del terrorista Bane (Tom Hardy), para sorpresa de los agentes entre los prisioneros se encuentra el propio Bane quien les ha revelado que su plan consistía en que lo atraparan para poder capturar al doctor Pavel. Luego de eso el avión donde viajaban los agentes es derribado y estos son asesinados por los secuaces de Bane no sin antes llevarse con vida al doctor Pavel. Durante un acto en el aniversario luctuoso de Dent en la reconstruida mansión Wayne, Gordon planea admitir la conspiración y asesinatos de Dent y la completa inocencia de Batman sobre aquella noche, pero a último momento decide que la ciudad no está lista para escuchar la verdad. Mientras investiga el secuestro de un congresista, Gordon es atacado y el discurso cae en manos del villano Bane, que se oculta en una red de túneles en las alcantarillas, junto a un pequeño ejército. El comisionado recibe un disparo en el proceso y asciende al oficial de patrullaje John Blake (Joseph Gordon-Levitt) a detective, para que pueda reportarle a él directamente en el hospital.
Durante el tiempo pasado y debido al actual estado de bienestar de la ciudad, Batman ha desaparecido totalmente de Gotham con una orden de captura en su contra, al igual que lo ha hecho Bruce Wayne (Christian Bale). El multimillonario vive encerrado dentro de su mansión deprimido y agobiado luchando con los recuerdos ocurridos 8 años atrás, Bruce está tan decaído que ha descuidado demasiado Empresas Wayne y esta se derrumba después de haber invertido en un proyecto de energía limpia diseñado para aprovechar la fusión nuclear, impulsado por la filántropa y empresaria Miranda Tate (Marion Cotillard). Sin embargo, el proyecto quedó cancelado después que se conociera que el núcleo podría ser modificado para convertirse en un arma nuclear.
En esta escena entra Selina Kyle (Anne Hathaway), la cual, haciéndose pasar por una camarera, durante el aniversario luctuoso de Dent, al llevar alimentos a un piso superior de la mansión Wayne aprovecha la ocasión y roba un collar de perlas de la madre de Bruce y las huellas dactilares de este, no sin antes encontrarse cara a cara con el mismo Wayne, Selina al ver a Bruce le confiesa que no está en sus modales golpear a un "anciano" ya que Bruce se ve totalmente deteriorado, más viejo y usando un bastón para poder caminar por un problema de movilidad en su pierna derecha, luego de entablar una conversación y dejar en el suelo a Bruce, Selina huye con las perlas y huellas para posteriormente entregarlas a contactos de Bane. Bruce vuelve después de mucho tiempo a la Batcueva para averiguar el paradero de Selina mientras que Alfred le aconseja que salga al mundo nuevamente ya que no quiere verlo encerrado y deprimido de por vida, Bruce se niega diciendo que sin Rachel no hay nada para él fuera, a lo que Alfred le responde que todos los años cuando va de vacaciones a Florencia, Italia suele ir a un Café y mientras toma Fernet Branca observa las otras mesas imaginando que en alguna de ellas estará Bruce junto a su novia o esposa y sin necesidad de saludarse el sabría que Bruce está a salvo y ese era su gran sueño después de que Bruce se exiliase durante 7 años (durante los sucesos en Batman Begins), pero este no hace caso del consejo de su mayordomo y continúa la búsqueda de Selina. Tanto Blake, quien ha deducido la identidad secreta de Bruce como Gordon, imploran a Bruce que regrese como Batman para poder combatir a la nueva amenaza que se avecina en la ciudad, Bruce queda confundido si regresar como Batman le hará un bien o mal a la ciudad.
Bane ataca la bolsa de valores y realiza inversiones de riesgo en el nombre de Bruce Wayne posteriormente con las huellas dactilares obtenidas por Selina, haciendo que este quede en quiebra y obligándolo a ceder el control de Empresas Wayne a su rival de negocios, John Daggett (Ben Mendelsohn). Sospechando que Daggett empleó a Bane para lograr dicha toma hostil de su compañía, Wayne confía a Tate mantener el control total de la empresa. Bane sin embargo, tiene otros planes, y mata a Daggett para tomar el control de su infraestructura. Durante su huida del banco, Bane y sus secuaces capturan a tres rehenes y se los llevan en sus motos, pero en ese momento, Batman hace su reaparición y detiene a los secuaces de Bane. Todos los coches policiales deciden dejar de perseguir a Bane permitiéndole escapar y enfrascarse en la captura de Batman para arrestarlo por el falso asesinato de Harvey Dent, Batman no ha perdido su habilidad en conducir su batpod y logra evadir hábilmente a los oficiales que lo persiguen y "arrinconarse" en un callejón sin salida, pero el hombre murciélago escapa en su nuevo transporte, el Bat, diseñado por Lucius Fox, ante la estupefacta mirada de los agentes policales de Gotham, de regreso a la batcueva su mayordomo y mentor Alfred Pennyworth (Michael Caine) se opone de que vuelva a la antigua identidad secreta debido a la preocupación por el futuro de Wayne esto cuando deba enfrentarse a Bane ya que Alfred sabe perfectamente que Bruce no es rival para Bane debido a que conoce la ferocidad de este, Bruce decide no escucharlo y trata de animar a Alfred diciendo que también detendrá a Bane como detuvo a Ra's al Ghul y a Joker, Alfred decide dejar su servicio de mayordomo en un fallido intento de disuadirlo, Bruce le comenta a Alfred que Rachel había muerto y que el hubiera dejado a Batman por ella, pero sin ella no quiere intentarlo, Alfred le confiesa que hace 8 años Rachel le escribió una carta a Bruce y que para ahorrarle el dolor que sentiría al leerla, Alfred había quemado esa carta en la que Rachel había decidido casarse con Dent sabiendo que Bruce nunca dejaría de ser Batman.
La ladrona de guante blanco Selina Kyle decide darle la ubicación exacta de la guarida de Bane a Batman para que este logre detenerlo, Batman decide seguir a Selina solo para ser traicionado por esta ya que si lograba Selina entregarlo ante Bane no la asesinarían, Bane hace acto de presencia delante de Selina y Batman quien este ha descubierto la identidad secreta de Bruce para sorpresa de Selina, Batman se enfrenta a Bane para lograr detenerlo, pero Bane le revela que él se hizo cargo de la Liga de las Sombras tras la muerte de Ra's al Ghul (Liam Neeson). Así mismo le revela que estaba usando las firmas de construcción de Daggett para plantar explosivos por toda la ciudad y llevar a cabo un atraco en la División de Ciencias Aplicadas de Empresas Wayne. El paso de los 8 años han deteriorado la velocidad y habilidad de Bruce dejándolo totalmente fuera de su antigua y formidable condición física, ante un veloz y feroz Bane que no duda en castigar al hombre murciélago. Batman recurre a bombas de humo y luego utiliza el dispositivo que anula la energía eléctrica del lugar para quedar a oscuras y así obtener ventaja, pero Bane resulta más hábil en ambos trucos al haber sido entrenado por la Liga de las sombras, atacando a Batman una y otra vez hasta romperle la máscara con sus puños. Bane deja fuera de combate a Batman luego de levantarlo y golpear su espalda contra su rodilla, desplazándole una vértebra y dejándolo inmóvil completamente. Selina ve aterrada la escena y decide huir de la ciudad pero es detenida por Blake, Bane encierra a Bruce en una prisión extranjera de la que escapar es prácticamente imposible. Los otros presos relatan la historia de la única persona que alguna vez escapó con éxito de la prisión: un niño movido por la necesidad y la pura fuerza de voluntad, infiriendo Wayne que era el hijo de Ra's al Ghul que posteriormente llegaría a convertirse en Bane.
Al mismo tiempo, en Gotham, Bane atrae a la mayor parte de la fuerza policial a los túneles del metro y las alcantarillas para luego desencadenar una serie de explosiones a través de la ciudad, atrapando a los oficiales bajo tierra. También destruye la mayoría de los puentes y así, Gotham se convierte en una ciudad-estado aislada y regida bajo una Ley marcial dirigida por sus acólitos: cualquier intento de los ciudadanos de dejar la ciudad resultará en la detonación del núcleo de fusión de neutrones construido por Empresas Wayne y ahora convertido en una bomba de tiempo a control remoto. Bane públicamente revela el encubrimiento de la muerte de Dent a través del discurso de Gordon y libera a los prisioneros encerrados en la Penitenciaría Blackgate, entre los que se encuentra Selina. Los ricos y poderosos de la ciudad son forzosamente llevados ante un falso tribunal presidido por Jonathan Crane (Cillian Murphy). Después de fallar en su intento de utilizar a los soldados de las Fuerzas Especiales en la ciudad, el gobierno establece un bloqueo sobre Gotham y la ciudad se sumerge en un estado de caos.
A lo largo de cuatro meses, Wayne se recupera de sus heridas. El preso que está a cargo de mantener a Bruce con vida vuelve a colocarle la vértebra desplazada en su lugar, siguiendo el consejo del ex-médico de la prisión, que también está encerrado en la celda de al lado. Bruce vuelve a entrenarse arduamente a sí mismo para volver como el antiguo Batman y volver a enfrentarse a Bane. Tras algunos intentos fallidos,el doctor le dice que tiene que sentir el miedo para lograr salir de ahí ya que el miedo nos hace hacer cosas asombrosas.Bruce vuelve a sentir el miedo y logra escapar para volver a Gotham. Una vez allí, busca reunir a Kyle, Blake, Tate, Gordon y Lucius Fox (Morgan Freeman) para ayudarle a liberar la ciudad y detener la bomba de fusión antes que explote. Batman y los oficiales de policías se enfrentan a Bane y su ejército en medio de la ciudad, Batman finalmente se enfrenta a Bane por segunda ocasión. Batman ha logrado recuperar su velocidad y habilidad en combate y ahora la pelea esta igualada esto solo hasta que Batman utiliza las escamas metálicas de su antebrazo, arruinando uno de los conductos de la máscara de Bane. En ese momento, el villano se alarma y se preocupa más por arreglar su máscara que la pelea ya que le suministra un gas que alivia el dolor agonizante que sufre constantemente, Batman finalmente tiene controlada la pelea y deja fuera de combate a Bane no sin antes castigarlo de la misma forma como lo hizo anteriormente dentro del edificio del municipio. Batman le pasa un puñal a Miranda,(que estaba secuestrada por Bane) para que vigile. Luego de interrogar a Bane sobre el detonador, Miranda interviene apuñalando a batman y revelándose como Talia al Ghul, hija de Ra's al Ghul, y develando que fue ella quien escapó de la prisión cuando era niña, antes de regresar con su padre y la Liga de las Sombras para rescatar a Bane, la única persona que le ayudó durante su cautiverio y por lo cual lo habían dejado en ese estado de agonía perpetua. Talia planea completar el trabajo de su padre destruyendo Gotham, a la vez que cobra venganza personal en contra de Wayne por la muerte de Ra's. Talia apuñala a Batman en el costado y se va, mientras Bane se dispone a matar al superhéroe.
Gordon bloquea la capacidad de la bomba para ser detonada a distancia, mientras que Kyle salva a Batman matando a Bane con los cañones de la batpod, permitiéndole así perseguir a Talia. Batman trata de obligar a a llevarse la bomba a la cámara de fusión donde puede estabilizarse, pero ella la inunda ante la impotente mirada de Lucius Fox. Durante la huida, Talia muere cuando su camión se estrella fuera de la carretera, confirmando en su último aliento que la bomba no se puede parar. Batman tiene un plan de riesgo mortal para desaparecerla. Se besa con Selina Kyle y Gordon le pide revelar su identidad heroica a lo le responden "cualquiera puede ser héroe, incluso un hombre que le coloca un abrigo a un niño y le dice que el mundo no va a acabar". Gordon comprende el mensaje, al recordar cómo el, siendo un joven oficial, lo abrigó la noche que mataron a los padres de Wayne, y descubre su identidad. Batman, usando la aeronave desarrollada y denominada por Fox como el «Murciélago», arrastra la bomba más allá de los límites de la ciudad, donde se detona sobre el océano y, presumiblemente, lo mata.
Batman es más tarde elogiado como un héroe y se le realiza un monumento, mientras que Bruce Wayne es oficialmente declarado muerto en los disturbios. Después del funeral de Bruce, Blake desea revelar la verdadera identidad de Batman al mundo como tributo pero Gordon considera que es mejor que la misma permanezca en secreto. Durante la realización de unas reparaciones en el Murciélago, Fox se entera que Wayne había reparado la función de piloto automático, que inicialmente se creía estropeado mientras que Gordon descubre que la Bat-señal ha sido reparada. En el testamento de Bruce Wayne, este dispone de todas sus propiedades para que puedan venderse y así cubrir deudas, excepto la mansión -la cual deja en posesión de la ciudad con el fin de convertirla en una casa-hogar para los niños huerfanos de Gotham-, dejando el resto de su fortuna a Alfred. De vacaciones en Florencia, Italia, el antiguo mayordomo se sorprende al ver a Bruce Wayne con vida junto a Selina Kyle en el café y ambos se saludan en silencio. Blake -cuyo nombre legal se revela como Robin John Blake- renuncia a la policía y hereda la Batcueva, tras recibir su localización en el testamento de Bruce, dejando a Blake como su sucesor.