L'evoluzione a lungo termine della biosfera (ecosistema terrestre) è dovuta a fattori
"allogeni" (esterni alla comunità biologica), come cambiamenti geologici e
climatici, e a processi "autogeni" (interni) generati dall'attività degli organismi
che fanno parte dell'ecosistema; le concentrazioni relative dei vari gas che
costituiscono l'atmosfera, in particolare, soprattutto quelle dell'anidride
carbonica (CO2), dell'ossigeno molecolare (O2) e
dell'ozono troposferico (O3), dipendono principalmente dal
processo autogeno di fotosintesi, attraverso il quale gli organismi fotoautotrofi,
i vegetali, sintetizzano materia organica a spese dell'energia luminosa prodotta dal
sole. Pertanto l'evoluzione degli organismi fotoautotrofi è stata determinante ai fini della
composizione attuale dell'etmosfera terrestre e della sua evoluzione nel corso delle
ere geologiche: l'attività di tali organismi ha modificato in misura decisiva le
caratteristiche dell'intera biosfera e la sua capacità di ospitare le altre forme viventi.
I più antichi fossili conosciuti sono rappresentati da tracce di organismi procarioti
eterotrofi simili agli attuali batteri, vissuti tra 3,3 e 3,5 miliardi di
anni fa; la massima parte degli scienziati è concorde nel ritenere che tali organismi,
già relativamente complessi, si siano evoluti da progenitori comuni più semplici
che utilizzavano, quale fonte di nutrimento, molecole organiche presenti nell'ambiente.
Gli organismi più antichi sarebbero dunque stati degli eterotrofi e non degli autotrofi
come si era pensato in un primo tempo! La teoria di progenitori eterotrofi
sollevò, inizialmente, diverse perplessità in quanto, attualmente, le molecole organiche
che costituiscono gli esseri viventi sono sintetizzate solo per via organica, dagli
stessi organismi. Negli anni '50 si scoprì, al contrario, che una notevole
gmma di composti organici di base (come il glucosio, molti amminoacidi, alcune
basi), possono essere sintetizzati anche per via in organica, riproducendo
sperimentalmente le condizioni che si ritengono essere state quelle che caratterizzavano
l'atmosfera terrestre circa 4-3,8 miliardi di anni fa.
La componente biotica degli ecosistemi primordiali era quindi rappresentata da semplici organismi eterotrofi che vivevano a spese di composti del carbonio sintetizzati per via inorganica nel corso dei milioni di anni precedenti, in condizioni di totale anaereobiosi (assenza di ossigeno).
Si può presumere che da alcune di queste forme più primitive, in seguito ad una
pressione selettiva in parte dovuta all'esaurirsi delle scorte di materiale
organico presente nell'ambiente, possano essersi evoluti procarioti chemioautotrofi
capaci di sintetizzare autonomamente molecole organiche a partire da materiale
inorganico, utilizzando quale fonte di energia chimica l'ossidazione di
alcuni composti, rilasciando nell'ambiente una serie di prodotti "di scarto"
tra i quali dell'ossigeno molecolare.
L'attività dei chemioautorifi, protrattasi per decine di milioni di anni,
produsse una certa quantità di ossigeno che, accumulatosi nell'atmosfera,
probabilmente rese possibile dapprima l'evoluzione di procarioti chemioautotrofi
anaerobi facoltativi e, successivamente, nell'arco di circa un miliardo di anni,
la comparsa dei primi procarioti fotosintetici.
La presenza di O2 atmosferico è una condizione necessaria ma non sufficiente
ai fini della respirazione aerobica degli organismi fotosintetici. Per poter
attuare la fotosintesi, infatti, tali organismi dovevano spostarsi dai fondali
bui della vita chemioautotrofa alla superficie degli ambienti acquatici raggiuta
dalle radiazioni luminose e, in assenza di uno strato d'ozono, dalle letali
radiazioni UV. L'evoluzione di forme di vita fotoautotrofe è stata quindi
legata alla formazione di un primo strato d'ozono che, per quanto sottile e discontinuo,
deve aver filtrato parte di tali radiazioni impedendogli di raggiungere la
superficie terrestre. Anche l'O3 stratosferico, derivato dall'ossigeno
molecolare, è dunque un prodotto dell'attività biotica e un fattore endogeno dell'evoluzione
della biosfera.
La comparsa degli organismi fotosintetici ha un effetto drammatico sulla
concentrazione di ossigeno atmosferico che inizia ad aumentare molto più
rapidamente che in passato fino a quando, circa un miliardo di anni fa, la sua
quantità raggiunge un valore sufficiente a consentire l'evoluzione delle
prime cellule eucariotiche (caratterizzate da nucleo, mitocondri e cloroplasti
delimitati da membrana).
L'evoluzione di organismi eucariotici da progenitori procarioti ancestrali
rimane a tutt'oggi un mistero. Tra le teorie più accreditate c'è la così detta
Ipotesi simbiontica. La simbiosi è una forma molto sofisticata di coevoluzione
tra due organismi appartenenti a specie diverse che, attraverso una serie di
passaggi successivi (parassitismo distruttivo -> parassitismo specializzato -> simbiosi
funzionale -> simbiosi fisiologica), finiscono col diventare strettamente
dipendenti l'uno dall'altro e non possono più vivere separati.
L'ipotesi simbiontica teorizza che mitocondri (organuli respiratori) e cloroplasti (organuli
fotosintetici) delle cellule eucariote siano stati, in origine, organismi
procarioti indipendenti, prima parassiti e poi simbionti di una cellula procariota
più grande. Tale teoria è sostenuta dall'osservazione di una forte analogia
traquesto organelli e alcuni procarioti: essi sono infatti circondati
da una doppia membrana e posseggono, analogamente ai procarioti,
un DNA circolare parzialmente indipendente da quello che si trova nel nucleo della
cellula.
La comparsa delle cellule eucariote, strettamente dipendenti dalla respirazione
aerobica con l'eccezione di pochi gruppi (lieviti e funghi) in grado di
attuare la fermentazione in assenza di ossigeno, pone le basi per l'evoluzione,
circa 800 milioni di anni fa, dei primi gruppi di organismi pluricellulari, delle
piante e degli animali superiori. Da questo momento in poi, i cambiamenti
dell'ecosistema terrestre nel corso dell'evoluzione della biosfera, sono
legati soprattutto alla speciazione di nuovi organismi (e alle conseguenti
variazioni a carico della biodiversità), alla loro coevoluzione (interferenza
evolutiva tra specie diverse, per esempio predatori e prede, ospiti e parassiti,
produttori primari e consumatori), ed alla così deta selezione di gruppo
(o di comunità) che determina il mantenimento delle caratteristiche favorevoli alla
sopravvivenza della popolazione o del gruppo in senso più ampio.

La storia della biosfera si identifica pertanto con quella della terra, attraverso le successive ere geologiche in cui essa viene convenzionalemnte suddivisa e delle quali viene data, di seguito, una sintetica descrizione: