Plural de pajar, sitio donde se guarda la paja después de limpiar el grano. Corominas hace derivar pajar de paja, y asegura que "pallar" es una palabra documentada en Aragón en el año 1101. Al parecer, la primera vez que se nombra a Pajares de Adaja en un documento es como "Paiares" en 1250 por GIL TORRES. Posteriormente, lo encontramos recogido por BARRIOS en 1291, al referirse a "Campo de Pajares"

Etimológicamente, pajar procede del latín palearium, que significa lugar donde se pone la paja. Palearium viene de palea, paja. Otras palabras latinas similares son pallaris, relativo al vestido, ya que palla significa vestido talar de mujer, capa corta que usaban los antiguos galos; palliatus es el que lleva una capa larga o manto (de ahí la palabra castellana palio).

Además de Pajares de Adaja, hay muchos pueblos en España que se llaman Pajares:

Pajares de Lampreana (Zamora);
Pajares (Burgos);
Pajares (Cuenca);
Pajares (Guadalajara);
Pajares (La Rioja);
Pajares (Asturias);
Pajares de la Laguna (Salamanca);
Los Pajares (Teruel);
Puerto de Pajares (a 1.364 metros de altitud, entre Asturias y León);
Pajares de Fresno (Segovia);
Pajares de Pedraza (Segovia);
Pajares y Pajares de la Rivera (Cáceres);
Pajares y Pajares de los Oteros (León).
En Badajoz hay un pueblo llamado Pallares.

En una canción festiva sobre pueblos de la comarca de La Moraña se dice de Pajares:

"A los de Pajares, por andar a pardales,
se les quemaron los cabañales".