O primeiro estágio é a separação geográfica das populações, de tal modo que a migração e, portanto, a troca de genes, é reduzida drasticamente ou mesmo evitada (figura 1(a)). Essa barreira geográfica que evita o fluxo gênico pode assumir várias formas. Populações diferentes podem ocupar diferentes ilhas (barreira = mar), lagos diferentes (barreira = terra), cumes de montanhas diferentes ou diferentes vales. O habitat pode se fragmentar devido a condições climáticas: acredita-se que hoje por exemplo, na floresta tropical da Amazônica, um período de seca no passado resultou no recuo da floresta, que se transformou numa série de "ilhas" distintas que efetivamente isolaram muitas populações de seus vizinhos originais.

         Uma vez isoladas, essas populações se adaptarão a suas condições locais (figura 1(b)) e a seleção natural causará alterações genéticas. Após um período de tempo não especificado as populações podem entrar em contato outra vez, ou porque a barreira original foi removida ou porque a barreira pode, ocasionalmente, ser cruzada (figura 1 (c)). Se o isolamento não tiver resultado em alterações genéticas suficientes para evitar o intercruzamento, as populações se fundirão e se tornarão, mais uma vez, parte de uma mesma espécie única e contínua.