1991年，城巴取得12A的路線專營權，來往中環至麥當奴道之間 ，並以當時車隊最新型號的利蘭空調十一米行走。在1993年，中巴喪失廿六條巴士路線的專營權，政府經過公開競投路線後，將該廿六條巴士線批予城巴經營，並給予專營權三年。1995年，政府再次幫中巴「減肥」，削減14條巴士線， 在未經公開競投情況下批予城巴經營。有指前港英政府兩次把中巴路線批予城巴經營是向中方「叩頭示好」，以紓緩當時緊張的中英關係，備受爭議。

1998年， 城巴獲得新香港國際機場巴士路線的營辦權，同年，城巴主席徐展堂由於債務問題，以每股$1.93的價錢把城巴售予英國第二大巴士公司STAGECOACH。而曾叱吒風雲一時的中巴副監理顏傑強在接受一家本港週刊訪問時表示中巴已向STAGECOACH購入一成的城巴股權，間接控制了城巴。

2001年，城巴向環保進發，以六百萬元，將一部城巴「BB龍」改造為全球首部雙層空調無軌電車，建議無軌電車在市區行走，以改善本港空氣污染情況，可惜有關建議未獲特區政府接納。