Sejarah awal Malaysia bermula dengan kewujudan manusia awal berusia 40,000 tahun yang ditemui di Kompleks Gua Mulu dan kompleks Gua Niah, Sarawak. Secara dasarnya sejarah negara ini telah melalui empat zaman utama sejarah manusia iaitu Prasejarah, Proto Sejarah, Zaman Pertengahan dan Zaman Kolonial. Namun begitu, penemuan terbaru oleh sejarawan terhadap DNA bangsa Melayu meletakkan Melayu sebagai bangsa tertua di dunia selepas letusan Gunung Toba dengan usia DNA sekitar 60, 000 tahun.^{[perlu rujukan]}

Semenanjung Melayu berubah menjadi pusat perdagangan Asia Tenggara apabila China dan India memulakan perdagangan mereka melalui pelabuhan di Selat Melaka. Penemuan beberapa tapak arkeologi Zaman Proto Sejarah membuktikan wujud penempatan pesisiran pantai seawal abad ke-2 Masihi lagi. Ia membawa kepada kemunculan kerajaan awal sebelum abad ke-10 yang merupakan penempatan pesisir pantai dan pelabuhan kecil. Kerajaan awal ini termasuk Langkasuka dan Lembah Bujang di Kedah, Beruas dan Gangga Negara di Perak, dan Pan Pan di Kelantan. Pada awal abad ke-15, Kesultanan Melaka wujud dan kemakmuran ekonominya telah menarik minat penakluk daripada Portugis pada tahun 1511 diikuti oleh Belanda dan Britain untuk mewujudkan penempatan atau koloni di Selat Melaka.

Manakala di Borneo pula, kewujudan kerajaan purba Marudu sebelum abad ke-13 Masihi dan Santubung lebih awal lagi membuktikan telah wujud entiti politik yang mendahului kewujudan Kesultanan Brunei dan kesultanan Sulu.