Formada por dois núcleos habitacionais, a Vila Velha, constituída ao redor do antigo castelo, e a Vila Nova, desenvolvida à sombra do Convento, Mafra é sede de concelho e de comarca. Conquistada aos Mouros em 1147, recebeu foral em 1190.

Vestígios arqueológicos sugerem que o povoado hoje denominado por Mafra foi habitado pelo menos desde o Neolítico. A origem do termo Mafra continua envolta em mistério, sabendo-se apenas que evoluiu de Mafara (1189), Malfora (1201) e Mafora (1288).

Alguns autores encontraram na sua origem o arquétipo turânico Mahara, a grande Ara, vestígio de um culto de fecundidade feminina outrora existente no aro da vila. Outros, radicaram o nome no árabe Mahfara, a cova, na presunção de que a povoação se encontrava implantada numa cova, facto desmentido pelo reconhecido arabista David Lopes. A vila está, isso sim, situada numa colina, cercada por dois vales onde correm as ribeiras conhecidas por Rio Gordo e Rio dos Couros.

Certo também é que Mafra foi uma vila fortificada, podendo ainda hoje encontrar-se, na Rua das Tecedeiras, um pouco da muralha que a cercava.

Os limites do castelo, que tudo leva a crer assenta sobre um povoado neolítico, sucessivamente reocupado até à Idade do Ferro, compreendiam toda a zona da "Vila Velha", que hoje se inclui no espaço delimitado a Oriente pelo Largo Coronel Brito Gorjão, a Sul pela Rua das Tecedeiras, a Ocidente pelo Palácio dos Marqueses de Ponte de Lima e a Norte pela Rua Mafra Detrás do Castelo. A designação desta rua deve-se ao facto de a povoação ter voltado, literalmente, as costas ao flanco norte, por ser o mais exposto aos ventos. A densa floresta que, consta, existiu até ao século XIX na Quinta da Cerca, constituída por árvores de grande porte, reforçaria o paravento.

Em 1147, Mafra é conquistada aos Mouros por D. Afonso Henriques, e em 1189 a vila é doada pelo Rei D. Sancho I ao Bispo de Silves, D. Nicolau, que no ano seguinte lhe confere o primeiro foral.

Em 1513 o Rei D. Manuel concede Foral Novo a Mafra, o que subentende a relativa importância da vila, que em breve diminuiria drasticamente. Um censo da população datado de 18 de Setembro de 1527 apura 191 vizinhos, dos quais apenas quatro vivem em casais na vila. Quando, em 1717, o Rei D. João V lança a primeira pedra da construção do Palácio, Mafra resumia-se a uns casarios, aglomerados a centenas de metros do Monumento. Em Agosto de 1787, William Beckford escreverá: "É pouco interessante a perspectiva que se goza do adro da Basílica. O que se vê são os telhados de uma aldeia insignificante e uns cabeços de areia, destacando sobre uma estreita faixa de oceano. Da esquerda a vista é limitada pelos escarpados montes de Sintra e à direita, um pinhal, na quinta do Visconde de Ponte de Lima, é que dá aos olhos algum refrigério".

Ao longo do século XIX começou a povoação a crescer em direcção ao Monumento, embora o seu aspecto rural de vila saloia só tenha sido perdido no século XX, como provam as palavras de José Mangens, em 1936, ao descrever a antiga Rua dos Arcipestres, parte dela actual 1º de Maio: "(…) nada oferece de interessante e mais parece uma vila de aldeia sertaneja, com os seus casebres arruinados e típicos portais de quintais, blindados com latas velhas (…)".

A invasão das tropas francesas de Napoleão em 1807 e a fuga do Rei D. Manuel II para o exílio em 1910 foram episódios que agitaram a vida desta vila nos últimos séculos.

Corria o dia 8 de Dezembro de 1807 quando as tropas de Napoleão entraram em Mafra para montar quartel-general no Palácio. Parte do exército seguiu para Peniche e Torres Vedras, enquanto o restante ficou aquartelado no Palácio e Convento, e os oficiais nas casas da vila, sob o comando do General Luison.

A invasão duraria cerca de nove meses. No dia 2 de Setembro o exército inglês irrompia em Mafra, saudado com grande alegria pela população e ao som dos carrilhões.

A 5 de Outubro de 1910 de novo o povo de Mafra viveria um dia único. A revolução republicana estalara na véspera em Lisboa, o Rei D. Manuel II refugiara-se durante a noite no Palácio e abandonava Mafra, num automóvel escoltado, acompanhado da sua mãe e avó, rumo à Ericeira, onde o Iate D. Amélia os conduziria a Gibraltar e ao exílio.

Volvidos quatro anos sobre a fuga de El-Rei, novo sobressalto em Mafra: no dia 20 de Outubro, um grupo de monárquicos reuniu-se no largo D. João V e, munido de algumas armas, encaminhou-se para a Escola Prática de Infantaria, instalada no Convento, depois de cortar os fios telefónicos e telegráficos. A revolta foi facilmente anulada pelos militares, acabando na cadeia de Mafra cerca de uma centena de pessoas.

Desde a construção do Monumento que os militares conferem parte do ambiente humano à Vila de Mafra.

Como descreve Guilherme José Ferreira de Assunção, em "À Sombra do Convento...", após as primeiras visitas de D. Maria II à vila de Mafra foi reconhecida a vantagem da instalação de um corpo militar no Convento, "o que não demorou a acontecer e o que conseguiu transformar a vida da população, até aí arrastada e em precárias condições de existência".

A partir de 1840 o Convento passou a ser ocupado por tropa, e em 1859 cerca de quatro mil recrutas ali assentaram praça para receber instrução no Depósito Geral de Recrutas, criado por D. Pedro V. Esta instituição seria extinta no ano seguinte, após 94 recrutas terem falecido supostamente devido a doença infecto-contagiosa. De 1848 a 1859, e de 1870 a 1873 o Convento alberga o Real Colégio Militar.

Em 1887 é criada a Escola Prática de Infantaria e Cavalaria e no ano seguinte é construída, na Tapada, a carreira de tiro, de que passou a ser frequentador o Rei D. Carlos, entusiasta dos concursos de tiro. Em 1896 é criada a Escola Central de Sargentos, dependente da Escola Prática de Infantaria.

Em 1911 é fundado o Depósito de Remonta e Garanhões, que dá lugar, em 1950, à Escola Militar de Equitação e sete anos mais tarde ao Centro Militar de Educação Física, Equitação e Desportos.

Hoje continua a funcionar o agora denominado (desde 1993) Centro Militar de Educação Física e Desportos, no Largo General Conde Januário, e a Escola Prática de Infantaria, no Convento de Mafra.