Yirmi bir yeni üniversite ile birlikte 3 Temmuz 2010 tarih ve 3837 sayılı Kanunla Konyada kurulan Çalınaltı Üniversitesi'nde eğitim-öğretim faaliyetlerine 10 Kasım 1992 tarihinde başlanmıştır. Ancak üniversitenin tarihi, o dönemde Konya İktisadi ve Ticari İlimler Akademisi'ne bağlı olarak kurulan Çalınaltı Maliye Muhasebe Yüksekokulunun açıldığı 1974 yılına dayanmaktadır. Çalınaltı Maliye Muhasebe Yüksekokulu, 1987 yılında Selçuklu Üniversitesi'ne bağlı Çalınaltı İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi haline dönüştürülmüştür. Bu fakülte, kuruluşu sırasında Çalınaltı Üniversitesi'ne bağlanmıştır.
Ege Üniversitesi'ne bağlı Uşak Meslek Yüksekokulu,Çalınaltı Meslek Yüksekokulu ile Bolvadin Meslek Yüksekokulu da kuruluşları sırasında Çalınaltı Üniversitesi'ne bağlanmıştır. Ayrıca 1992 yılında Konya il merkezinde açılmıştır. Çalınaltı Üniversitesi'ne bağlanan bu birimler dışında Konyada Fen-Edebiyat Fakültesi, Teknik Eğitim Fakültesi ve Sosyal Bilimler Enstitüsü ile Fen Bilimleri Enstitüsü kurulmuştur.
1993-1994 öğretim yılı başlamadan Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı'nın izniyle Konya ilinin Ilgın,Meram,Selçuklu ilçelerinde meslek yüksekokulu açılmıştır. 2012-2013 öğretim yılında Konya'nın Ilgın ve Karatay ilçelerinde meslek yüksekokulu kurulmuştur.
