Masa kepemimpinan tokoh yang oleh berbagai kalangan dinilai terbuka dan demokrat ini baru saja berakhir. Selama memimpin, Abdurrahman Wahid telah beberapa kali merombak kabinetnya. Pada Kabinet Persatuan Nasional, Abdurrahman Wahid melikuidasi Departemen Sosial dan Departemen Penerangan. Kemudian pada saat reshuffle kabinet, Abdurrahman Wahid menggabungkan beberapa jabatan menteri, sehingga jumlah jabatannya diciutkan menjadi 25 menteri saja. Selain melakukan perombakan struktural, selama memerintah, tercatat beberapa kali pula Abdurrahman Wahid memberhentikan dan menggantikan beberapa menteri.