Ana sayfaya git

RAPD (bazı açıklamalar)

Dr. Bekir Çöl 6 mart 2007

     RAPD’ler kısa primerler (örn. 10 nükleotid uzunluğunda) kullanarak, PCR tarafından çoğaltılmış olan DNA parçalarıdır. Primerlerin kısa olmasından dolayı kullanılan Tm düşük olup, 35-40^oC civarındadır. Bu düşük bağlanma sıcaklığından (Tm) dolayı, bağlanma spesifik olmayan bölgelerde de gerçekleşebilir.  Yani primerler kendi tamamlayıcı DNA dizilerine bağlanması gerekirken sıcaklığın düşük olması nedeniyle tamamlayıcısı olmayan bölgelere de bağlanabilirler. İşte bu RAPD sonuçlarının tekrar edilmesinde bir problem yaratabilir. RAPD tekniğinin optimizasyon zorluğunun nedenlerinden biri budur.

     RAPD tekniğinde genelde 1 primer kullanılır ve bu primer hem ileri (forward) hem de geri primer (reverse) olarak işlev görür. Bu primerler aynı anda 3 ila 10 arası bağlanma bölgesine bağlanabilir. PCR sonucu rasgele çoğaltılan DNA parçaları agaroz jel elektroforezde ayrılır. Genelde,  0.5-5 kb büyüklüğündeki parçalar gözlemlenebilir. Zaten çoğaltılan DNA parçaları, PCR ın özelliklerinden dolayı genelde 2-3 kb ve altı olur. Daha sonra agoroz jelde gözlemlenen bandlar yorumlanır. Belli bir büyüklükteki bandın olması veya olmaması, polimorfizm olarak düşünülür. (Not: Her genetik polimorfizm, fenotipte değişikliliğe tekâmül etmez. Genetik polimorfizm eğer ifade edilen bir gende veya bu genin eksprasyonunu kontrol eden promoter veya splicing bölgelerinde olursa fenotipte bunun etkisi görülebilir.  RAPD sonucu elde edilen polimorfizm genetik varyasyonu anlamak açısından ipucu verir niteliktedir).

     Polimorfizmin görülürse, bu polimorfizm primerlerin bağlanma yerlerinde olan değişiklikleri gösterir. O yüzden bir sürü farklı primer denenmelidir çünkü genomda nerede hangi DNA dizisinde değişiklik olacağını bilemeyiz. Çoğu primer, farklı bireylerin genom DNA’larının PCR’ı sonucu aynı deseni (pattern) verebilir. Ama bu demek değidir ki polimorfizm yok. (Absence of prof is NOT prof of absence). Polimorfizmi ortaya çıkaracak primer veya primerlerin bulunması gerekir.

     RAPD birçok amaç için kullanılagelmiştir. Bireylerin genetik yakınlığının anlaşılmasında, birbirine yakın olan türlerin akrabalık derecelerinin anlaşılmasında kullanılan bu tekniğin daha birçok uygulama alanı vardır. (Genetik haritalama yöntemleri, bitki genetiği analizleri, üstün hibrid canlı melezlemelerindeki kullanımlar gibi…). RAPD tekniği, RFLP tekniğine göre daha ucuz ve basittir.

     Aşağıdaki tabloda RAPD’in bazı avantaj ve dezavantajları listelenmiştir.