Sub-Zero fue en busca de su hermano, luego de su muerte a manos de Scorpion, aunque el no sabía quien lo había matado. Fue acompañado por su muy buen amigo Smoke. Participó en el torneo en el Outworld porque, como se había enterado que un espectro que se hacía llamar Scorpion había asesinado a su hermano Bi-Han, también se entero que participaría en ese torneo. En un kombate del torneo, Sub-Zero le perdonó la vida a Johnny Cage, entonces Scorpion, viendo esto, se dio cuenta de que no era el Sub-Zero que había asesinado hace unos años. Poco después se enteró de que era su hermano menor, Kuai Liang, y, como arrepentimiento por asesinar a su hermano, juro que lo defendería cuanto pudiera.

Unos años después del torneo en Outworld, el Lin Kuei, decidió comenzar con el proceso de automatización, entonces Sub-Zero y Smoke iban a ser los primeros, pero ninguno accedió, y en vez de eso prefirieron huir, pero Smoke no lo logró; fue capturado y automatizado, igual que Cyrax y Sektor, y su primera misión fue capturar al traidor Sub-Zero, pero ninguno lo logró, ya que Cyrax fue el primero que lo encontró, sin embargo fue derrotado, reprogramado, terminando solo y atrapado en un desierto. Después de estos sucesos, se unió a la rebelión en contra de Shao Kahn apoyando a Raiden y a Liu Kang (junto con otros guerreros elegidos de la Tierra).

Sub-Zero volvió a ser llamado por Raiden para luchar en la guerra contra Shinnok. Pero casi en el final de la guerra, Sub-Zero fue interceptado y llevado a un calabozo por Scorpion, quién quería asesinarlo porque Quan Chi le dijo que el Lin Kuei había matado y aplastado a su clan, y Sub-Zero a su familia.

Una vez en el calabozo, Scorpion y Sub-Zero lucharon, el resultado de esta es confuso, solo se sabe que cuando la pelea estaba terminando, apareció Quan Chi y le reveló que el había masacrado a su clan y a su familia y que le había dicho eso a Scorpion porque necesitaba que alguien pueda mantener lejos de la guerra a Sub-Zero. Quan Chi se disponía a enviar a Scorpion de vuelta al quinto plano del Netherrealm, pero este agarro a Quan Chi, alcanzándolo y llevándolo con él al Netherrealm. Scorpion alcanzó a decirle a Sub-Zero que su enemistad se desvaneció, siguen permaneciendo como estaban antes, neutrales.

Antes de los acontecimientos de Mortal Kombat:Deadly Alliance, pero luego de la guerra contra Shinnok, derrotó al cyborg asesino Sektor, para ganar la dirección del Lin Kuei y llegar a ser su Gran Maestro. Sub-Zero se propone cambiar el Lin Kuei para bien, cambiando la base de los Lin Kuei de China hacia el Ártico, donde organiza un pequeño torneo para, el que gane, se lleve de premio los secretos y los entrenamientos que tenía Sub-Zero. En eso Sub-Zero conoce a Frost, que ganó finalmente el torneo, en quien ve un potencial enorme y a una gran aliada, tanto que en un nuevo llamado de Raiden para enfrentar la Alianza Mortal, Sub-Zero y Frost se separaron del resto del grupo y Frost lo congeló momentáneamente robándole así el medallón del dragón, Frost sintió el gran poder que éste daba pero no lo supo dominar, su poder de hielo la congeló en un ataúd. Después Sub-Zero cargó con ella hasta llegar a unas ruinas donde, después de investigarlas, logró reconocer parajes de su cultura y sus antepasados, además descubrió la armadura de sus antepasados (es la que trae en Mortal Kombat: Deception y Mortal Kombat: Armageddon como traje alternativo).

Después de dejar a Frost en las antiguas ruinas, Sub-Zero encuentra a un extraño personaje muy lastimado y casi muerto, pero con la particularidad que sus ojos estaban vendados, su nombre era Kenshi. Sub-Zero lo cuidó y ayudó en su recuperación, a causa de la simpatía y generosidad de él, ambos decidieron hacer una alianza corta hasta encontrar un portal que los trajera de regreso a casa, esta alianza resultó larga y duradera con un gran sentimiento de amistad, pues ambos se respetaban mutuamente. En su final de Mortal Kombat: Deception, Sub-Zero' es emboscado por una horda de guerreros Tarkata, en donde el líder del Lin Kuei, demostró por qué es considerado como uno de los guerreros más fuertes, pues acabó con todos los enviados de Hotaru (guerrero que ejerce la ley y el orden a toda costa). Una noche Sub-Zero y Kenshi se encontraban acampando cuando de sorpresa, un rayo de luz cayó en medio de ellos, dejándolos desprevenidos y atontados con este. Era Hotaru, que venia tras Sub-Zero para llevarlo donde el Rey Dragón, en ese momento Sub-Zero queda ciego momentáneamente, y Hotaru aprovecha para acabar con él, pero no contó con que esto no afectaba a Kenshi en lo más mínimo y éste aprovechó para asesinar a Hotaru, salvando la vida de su amigo, quien apenas estaba recobrando la vista.

Sub-Zero, junto a Smoke, va a buscar a Bi-Han (su hermano) para saber que le sucedió, tomando su identidad, él y Smoke se separan para buscar mejor. En un momento, luego de vencer a Cyrax en un combate, enterándose que ya se puso en marcha la iniciativa Cyborg, se encuentra con Sonya y Jax, ellos lo confunden con Bi-Han, pero él le dice que él era su hermano y les pregunta que le paso a su hermano, Sonya le responde que fue asesinado por Scorpion, al saber esto se dirige al coliseo de Shao Kahn. Una vez allí, le exige a Shao Kahn que le entregue a Scorpion para pelear con él, Shang Tsung lo interrumpe y le dice que no puede exigirle nada a Kahn, y manda a Reptile a peleare con el pero es derrotado por Sub-Zero, Sub-Zero le vuelve a pedir a Shao Kahn que lo deje pelear con Scorpion, Shao Kahn quedo medio convencido y le permite pelear con Scorpion. Ambos se enfrentan en combate pero Sub-Zero sale vencedor, antes de seguir atacándolo es emboscado por varios Cyborg, entre ellos Sektor y Cyrax y se lo llevan para convertirlo en Cyborg.