Sinopis
El libro comienza con la vida de Harry en Privet Drive, angustiado por ominosas pesadillas y por su aislamiento; él sólo piensa en el peligro que representa Lord Voldemort, quien ahora tiene todos sus poderes de vuelta. Harry se siente ignorado por los vecinos del barrio y por sus tíos y no tiene ganas de quedarse ahí, a pesar de lo que está ocurriendo en el mundo mágico (el regreso de Voldemort).
Son los días más calurosos del mundo; Dudley, su primo, está más alto y gordo que nunca; Harry llega a hablar con él, hasta que éste lo provoca. De pronto, el calor de la tarde se desvanece y empieza a hacer un frío glacial, Harry y Dudley se refugian en un puente, pero aparecen dos dementores, que comienzan a robarle el alma a ambos. Harry saca su varita y realiza el Encantamiento Patronus para ahuyentar a los dementores; la Sra. Figg, una squib a quien en el barrio toman por chiflada, ayuda a Harry, ya que fue asignada junto a Mundungus Fletcher para protegerlo, por órdenes de Dumbledore.
Harry llega a casa de los Dursley, y tanto su tío Vernon como su tía Petunia lo regañan porque pensaban que le había hecho algo a Dudley; allí, recibe una carta de la Oficina Contra el Uso Indebido de la Magia, diciéndole que lo habían expulsado de Hogwarts "por realizar un encantamiento patronus en presencia de un muggle". Más tarde, recibe una carta en la que le anuncian que habrá un juicio para confirmar su expulsión. Los Dursley encierran a Harry en su habitación y salen fuera, mientras Alastor Moody, Remus Lupin, Nymphadora Tonks, Kingsley Shacklebolt, entre otros, van a rescatarlo.
Harry es escoltado a Londres por la Orden del Fénix, una organización liderada por Dumbledore, que se encarga de combatir a los mortífagos en secreto. El muchacho pasa a vivir en el número 12 de Grimmauld Place, una casa que funciona como centro de operaciones de la Orden y que es propiedad de su padrino Sirius Black. En la residencia se reencuentra con sus amigos Hermione Granger y Ron Weasley, al igual que con el resto de la familia de este último.
Días después, tiene lugar la audiencia disciplinaria en el Ministerio de Magia pero el juicio resulta ser sólo una maniobra política del Ministro, quien se opone a las denuncias que Albus Dumbledore ha realizado sobre el reciente regreso del Señor Tenebroso. Dumbledore actúa como abogado defensor y consigue la absolución del muchacho, pero se marcha sin siquiera hablar con él.
Para asegurarse de que Hogwarts no se vuelva un peligro para su administración, Cornelius Fudge designa una nueva profesora de Defensa contra las artes oscuras, Dolores Umbridge, quien desata una tiranía en el colegio, impidiendo que los alumnos reciban educación práctica en la materia y recurre a solamente al aprendizaje lectivo. Umbridge gana poder mediante la sanción de edictos ministeriales que le confieren el cargo de Suma Inquisidora, el cual la autoriza a evaluar y despedir a los profesores que considere peligrosos o incompetentes, siendo su primera víctima Sybill Trelawney. Ante esto, Harry, Hermione y Ron preparan un grupo clandestino -el Ejército de Dumbledore (ED)- en el que junto a otros alumnos como, Ginny, Fred, George Weasley, Seamus Finnigan, Cho Chang, Luna Lovegood y Neville Longbottom, intentarán prepararse para sobrevivir a la guerra que se avecina.
Las pesadillas de Harry se intensifican hasta que en uno de sus sueños observa como la serpiente de Voldemort ataca a Arthur Weasley. El incidente le da la pauta de que el Innombrable y él comparten una conexión mental, mediante la cual el mago tenebroso podría llegar a tomar posesión de su mente y de su cuerpo. Por ello, Dumbledore designa a Severus Snape para que le imparta clases de oclumancia, disciplina con la que el muchacho será capaz de evitar la influencia de Voldemort. Sin embargo, Harry no es capaz de dominarla a causa de su constante inestabilidad emocional.
Finalmente, Dolores Umbridge logra el cargo de directora de Hogwarts tras descubrir las reuniones secretas del ED. Profesores y alumnos son obligados a mantenerse en silencio y a seguir las reglas impuestas por Umbridge, e incluso algunos de ellos –como Hagrid y Minerva McGonagall- son víctimas de violentos episodios. El día de los exámenes TIMOS o MHB, Harry tiene una visión en la que Voldemort aparece torturando a Sirius Black en el mismo lugar en que fue atacado el padre de Ron, el Departamento de Misterios, un enigma del Ministerio de Magia. Tras una serie de marchas y contramarchas, logran deshacerse de Umbridge y todos sus escoltas miembros de su brigada. Parte del Ejército de Dumbledore vuela hacia Londres, al Ministerio, en los thestrals, unas criaturas que sólo pueden ver los que han presenciado la muerte de alguna persona. En el Departamento de Misterios no encuentran a Sirius sino a una horda de mortífagos en un cuarto lleno con esferas de profecías, entre ellos Bellatrix Lestrange y su cuñado Lucius Malfoy. Uno a uno, los compañeros de Harry van cayendo hasta que la Orden del Fénix completa, incluido Sirius, el padrino del muchacho, llega y comienza un combate feroz contra las fuerzas de Voldemort en una cámara donde sólo hay un arco con un velo. En medio de la batalla con Bellatrix, Sirius cae a través del Velo de la Muerte y muere. Harry persigue a la mortífaga para matarla e intenta torturarla, pero no lo consigue. Entonces Voldemort se presenta e intenta asesinarlo. Dumbledore consigue impedirlo y se lanza a combatir contra el mago tenebroso.
Al final, Voldemort posee a Harry para forzar a Dumbledore a matarlos a ambos pero el chico logra expulsarlo de su mente y Voldemort, exhausto, huye cuando las tropas del Ministerio llegan al lugar. En su despacho, el director de Hogwarts -ahora restituido- le explica a un Harry enardecido que la profecía almacenada en el ministerio fue la causa por la que Voldemort intentó matarlo cuando era un bebé, aunque no la conocía por completo. Según la predicción hecha 16 años atrás, a fines de julio nacería un niño capaz de detener la amenaza del Señor Tenebroso. Voldemort, creyendo que Harry era el niño aludido -el cual podría haber sido también Neville Longbbottom-, intentó matarlo pero falló.
