El protagonista es Shinichi Kudo, un joven detective con una incre�ble inteligencia que resuelve dif�ciles casos junto a la polic�a. Su fama es enorme y las chicas se vuelven locas por �l. Tiene una amiga de la infancia con la que va a la secundaria, su nombre es Ran Mouri. El padre de Ran, Kogoro Mouri, tambi�n es detective, pero no hay trabajo para �l porque el incre�ble compa�ero de su hija no falla nunca.
Ran y Shinichi tienen una cita en el parque de diversiones, donde Shinichi resuelve un caso de asesinato en instantes. Terminado el caso, Ran y Shinichi ven a uno de los ex-sospechosos correr hacia un pasillo oscuro. Shinichi lo sigue y deja sola a Ran, que se va a su casa. Shinichi es testigo de un soborno, un hombre vestido de negro ped�a dinero por unos negativos. Dispuesto a atacar, Shinichi es sorprendido por otro de los hombres de negro y golpeado con un arma. Semiconsciente, lo hacen beber una droga que lo convierte en ni�o, aunque los culpables no sab�an que efecto tendr�a y sospechaban que probablemente le causar�a la muerte.
Despu�s del episodio llega la polic�a y Shinichi escapa a la casa de su vecino, el profesor Agase. Despu�s de convencerlo de su verdadera identidad, el profesor le dice que nadie m�s lo tiene que saber, porque si los hombres de negro se enteran de que Shinichi est� vivo, seguramente volver�an para matarlo. En eso llega Ran que no puede entrar a la casa de Shinichi y se encuentra con el peque�o, que dice que su nombre es Conan Edogawa (Conan por Conan Doyle, el creador de Sherlock Holmes).
Ran lleva a Conan a su casa y dice que ser� su tutora, y en el camino le confiesa a Conan sus sentimientos hacia Shinichi. Al llegar, el padre de Ran sale corriendo porque consigui� su primer caso, un secuestro, que con la ayuda del peque�o pero listo Conan pudo resolverlo. Aqu� aparece el personaje del Inspector Megure, que ser� el encargado de recopilar las pistas durante toda la serie.
Durante decenas de cap�tulos, Conan va resolviendo diferentes casos, uno m�s dificil que el anterior, y Kogoro siempre se lleva el cr�dito. En algunos episodios aparece la Liga infantil de Detectives, que es un grupo de cuatro chicos (inclu�do Conan) de primaria que resuelven casos, algunos de sus compa�eros de clases y otros de asesinos seriales.
Otros personajes importantes que aparecen a lo largo de la serie son por ejemplo Heiji Hattori y Sonoko. Heiji viene de otra ciudad a investigar el caso de la misteriosa desaparici�n de su rival Shinichi Kudo, y termina compitiendo contra �l en la resoluci�n de los casos. Es de los pocos que se entera de su secreto. Ai en la creadora de la pastilla que convirti� a Shinichi en ni�o. Ella trabajaba para la organizaci�n "Hombres de Negro", pero tras la muerte de su hermana ella decide salir del grupo. Sin embargo eso no est� permitido, y decide suicidarse tomando la pastilla que cre�. Como consecuencia, se convierte en ni�a y se une a la Liga infantil de Detectives. Y para hacer la historia m�s interesante, se enamora de Conan.
