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"De todos os males ambientais, a contaminação das águas é o que apresenta conseqüências mais devastadoras. A cada ano, 10 milhões de mortes são, diretamente, atribuídas a doenças intestinais transmitidas pela água. Um terço da humanidade vive em estado contínuo de doença ou debilidade como resultado da impureza das águas, o outro terço está ameaçado pelo lançamento de substâncias químicas na água, cujos efeitos a longo prazo são desconhecidos."
- Philip Quigg, Water: The Essncial Resource.

As águas podem ser contaminadas pelos poluentes oriundos de várias origens, tal como: descargas de resíduos industriais, de esgotos urbanos, da atmosfera por precipitação, ou dos solos, contudo, os acidentes com petroleiros são das causas mais importantes de poluição aquática.

Os esgotos urbanos, das fábricas de papel, da indústria alimentar e dos curtumes estão carregados de materiais orgânicos, originando assim a poluição orgânica.

Os compostos orgânicos concentrados na água são uma fonte nutritiva que conduz ao aumento das populações de microrganismos como, por exemplo, bactérias e fungos. Este fenômeno designa-se por eutrofização. Este aumento populacional provoca um consumo elevado do oxigénio dissolvido, criando dificuldades à vida de outras populações, como os crustáceos, os moluscos e os peixes. Um dos exemplos flagrantes entre nós é o da proliferação de bactérias Salmonella (causadoras de doenças, como a febre tifóide) em águas eutrofizadas, que por sua vez, vão contaminar outras águas com utilização balnear ou onde são capturados mariscos como a amêijoa e o berbigão.

Uma grande quantidade de substâncias químicas poluentes é lançada na água, constituindo a chamada poluição química. Entre estas substâncias distinguem-se, pelos seus efeitos nocivos, o petróleo, os detergentes e os fertilizantes.

Existem dois tipos de poluentes químicos nas águas doces e marinhas: uns são decompostos ao fim de algum tempo, mais ou menos curto, pela ação de bactérias - são biodegradáveis (casos do petróleo, dos fertilizantes, dos detergentes e de certos inseticidas) outros mantêm-se por longo tempo no meio e nos organismos vivos - são persistentes, entre estes destacam-se certos metais pesados, como o mercúrio e alguns inseticidas que foram bastante utilizados (como o DDT).

Os detergentes são dos principais poluentes que se encontram nos esgotos urbanos. Além da sua toxicidade, eles contêm fósforo, um nutriente que quando se encontra em excesso nas águas favorece a sua eutrofização. O mesmo efeito têm os fertilizantes (adubos).

Os oceanos, teoricamente, conseguem diluir todos os resíduos até altos níveis, mas como as cargas poluentes não são espalhadas de igual modo nos oceanos, têm tendência a concentrarem-se perto de portos de descarga onde produzem grandes quantidades resíduos e importantes danos.

Há efeitos subletais nas espécies marinhas, que têm conseqüências imprevisíveis. São detectadas mudanças nas características, nas funções celulares e fisiológicas e na estrutura ecológica das comunidades, que originam alterações no processo alimentar e de reprodução, levando ao seu desaparecimento.

Os peixes, crustáceos e moluscos são perigosos para o homem, pois têm a capacidade de acumular frações cancirnogénicas nos tecidos, que passam para o homem pela alimentação.

As zonas costeiras e estuários são as mais afetados pelos hidrocarbonetos e é onde existe a maior parte das capturas pesqueiras. Os prejuízos causados nas praias têm um grande impacto na actividade turística. Os hidrocarbonetos constituem um perigo muito sério para o mar e para a saúde e bem-estar do Homem. 

A principal poluição do ambiente é aquela causada pela falta de consciência do homem, quando joga para o rio todo tipo de lixo, latas, vidros, garrafas plásticas, baldes, efluentes, agrotóxicos e todos os demais utensílios que considera inaproveitáveis.