El manga
Esta sección contiene spoiler

El manga de Tokyo Babylon consta de 7 volumenes.
Durante todo el manga vemos los casos que Subaru realiza en su trabajo como medium.
En el primer caso Subaru debe de ocuparse de estraños sucesos ocurridos en la torre de Tokyo, resulta ser el espiritu de una mujer que se suicido alli, Subaru la libera despues de pasar toda la noche alli.
Un sueño, mas bien un recuerdo le viene a menudo, el tiene 9 años esta enfrete de un cerezo, y alli un chico le dice que los petalos de cerezo son rosas porque absorben la sangre de la gente que ahi enterrada a los pies del árbol.
Otro caso tiene que resolver Subaru, en este caso es una chica que Subaru conocia en su infancia, fue violada, se sentia atormentada por los comentarios de la gente hablar del hecho ignorando que era ella aquella chica. Entonces decide dormir para siempre, para no despertar jamas. Subaru se introduce en su sueño, al final Seishirou le ayuda y Subaru puede resolver el caso, pero ignora el echo de que fue Seishirou quien le ayudo. Mientras Hotaru ayuda a una mujer, la cual estaba siendo acosada por unos hombres, al final resulta ser que esos hombres eran policias que la perseguian por ser una extranjera sin papeles.
Una serie de llamadas telefonicas de unas chicas, las cuales utilizan hechizos diciendo que son elegidas y tal, Subaru llama por telefono, les dice que no esta bien lo que estan haciendo, y ellas lanzan un hechizo pero este al ser bloqueado por Subaru se les vuelve en contra. Cuando Subaru las encuentra estan rodeadas por espiritus malignos.
Subaru conoce a una mujer, la cual a perdido a su hija que fue a sesinada, y quiere vengarse por ello. Subaru le dice que deje la venganza que su hija solo querria que fuera feliz, invoca al espiritu de la niña. La madre no puede oir sus palabras, solo Subaru puede, le dice que su hija dice que quiere que sea feliz, pero es todo lo contrario a lo que le dice el espiritu de la niña. Subaru se siente culpable por haber mentido a la mujer.
Subaru es contratado por el gobierno para que investige una secta en un instituto. Subaru entra como estudiante alli, la directora resulta tener un poder espiritual que en nada ayuda a sus alunmos, mas bien los perjudica. Aun asi Subaru no le hace nada a la directora, pero Seishirou la matara, algo de lo que Subaru no sabia.
Un matrimonio con problemas de dinero, desprecian al padre de la mujer (incluida ella) por ser una carga. El anciano se encuentra con Subaru en el parque y se hacen buenos amigos, pero el anciano es atropellado por un coche y muere. El anciano le pide a Subaru que le de un mensaje a su hija, su padre estaba cumpliendo la promesa de hacer 100 cosas por su hija para verla sonreir, la numero cien, fue la compra de unos platanos los cuales Subaru entrega, la hija se da cuenta de cuanto lo queria y se arrepiente de lo que ha echo.
Hotaru, Seishirou y Subaru estan en un karaoke, Seishirou le pide a Subaru qe le compre tabaco, cuando va al volver a la cabina del karaoke se encuentra con una mujer,la mujer le pide a Subaru que la acompañe, la mujer le cuenta que esta triste porque habia estado enamorada de un hombre casado. Al parecer ella se habia suicidado, con lo que Subaru se encontro fue con su espiritu.
Subaru va al hospital, alli conoce a un chico el cual va con frecuencia al hospital, en espera de un riñon. Al parecer la madre tenia dos hijos los cuales necesitaban el trasplante, solo podia donar un solo riñon, solo podia salvar a uno de sus hijos, decide salvar a su hija, pero rechaza el riñon y la niña muere. La mujer se siente culpable, tal vez si hubiera decidido salvar a su hijo, ahora no estaria asi. Subaru decide ser donante pero cuando va a darle la noticia a la madre, esta esta tan desesperada que intenta matar a Subaru, Seishirou se interpone y este pierde un ojo. Subaru se siente culpable por lo sucedido, ya que perdio su ojo por su culpa. Cuando este esta mejor, se preocupa por el echo de que habiendo perdido un ojo este se quede ciego, se disculpa con el en el hospital, Seishirou le dice que no tiene importancia que no pasa nada.
Se encuentra por la calle con un grupo de chicos que molestan a un hombre ciego los cuales quieren que les preste su perro lazarillo. Subaru hace que se marchen, habla con el hombre interesado por los peros lazarillos le pregunta, le dice que son muy dificiles de conseguir, pero que puede ayudar a su amigo a sus ojos.
Subaru se da cuenta de que se a enamorado de Seishirou, cuando llega a la habitancion del hospital Seishirou a creado una ilusion, le dice que el tiempo a terminado, le dice a Subaru que es del clan sakurazuka y que es un asesino que carece de sentimientos. Cuenta lo sucedido el dia a los pies del cerezo era el, y le dice que deberia haberlo matado y en mede eso, Seishirou dice que la proxima vez que se encontraran un año intentando sentir algo por Subaru y que si lo conseguia no le mataria. Le dice que no siente nada por el e incluso le rompe un brazo para demostrarlo, Seishirou dispuesto a atarlo con su lluvia de petalos de cerezo pero el hechizo de proteccion que la abuela habia realizado le salvo la vida. Subaru esta en estado de shock, su hermana se siente culpable ya que ella siempre habia apoyado una relacion de este con Seishirou, por ello Hokuto se viste con el traje ceremonial de su hermano y realiza el unico hechizo poderoso que conoce, cambio de destinos. Hokuto muere en el cerezo a manos de Seishirou, Subaru sale del estado de shock y jura matar a Seishirou por lo que ha hecho. Si quereis saber como sige la historia debeis ver X en la que los tres personajes a parecen despues de 5 años.