2. Base de Datos:
�Qu� es la NCBI?
"Descifrando" el NCBI:
Búsqueda de Secuencias
Anotación de Secuencias
Bibliografía
Ejercicios prácticos
.
3. Alineación de Secuencias y Búsqueda en Base de Datos:
Introducción
Alineación de Secuencias
Métodos de alineamiento
Alineación con Penalidades (Gap)
BLAST
Bibliografía
Ejercicios prácticos
4. Análisis de Secuencias:
Introducción
Dise�o de Primers
Cálculos de estructura secundaria
Bibliografía
Ejercicios prácticos
El cronograma de actividades es:
1ra Semana Clase. Unidad 1 y 2. Se asignara la 1ra Tarea del curso
2da Semana Clase. Unidad 2.
3ra Semana Clase. Unidad 2. Se asigna el proyecto final de forma individual.
4ta Semana Clase. Unidad 2. Entrega de la 1ra Tarea. Asignación de la 2da Tarea.
5ta Semana Clase. Unidad 3.
6ta Semana Clase. Unidad 3.
7ta Semana Clase. Unidad 4. Entrega de la 2da Tarea.
8va Semana Clase. Unidad 4 y Entrega del proyecto final.
Evaluación:
Metodología de trabado en las clases teóricas
Las clases teóricas serán participativas, donde la primera media hora
de clase (con excepción del primer día) se discutirá un ejercicio que se
asigno la semana anterior. El porcentaje de la nota por dichas intervenciones es del 20% de la nota.
Por ejemplo, se deberá discutir ejemplos tales como:
(Se da por entendido que los estudiantes tienen BUENA FORMACION EN GENETICA,
es decir, conocen que es herencia citoplasmática, construyen perfectamente
árboles genealógicos, ADN recombinante, mapas de restricción, mapas físicos,
primers, marcadores moleculares, RFLP, etc)
Un ejercicio típico:
El matrimonio de los Tomb va a una consulta con el DrHouse, porque algunos
de sus cinco hijos presentan problemas de la visión, es decir: una de sus
dos hijas ve perfectamente, y ella a su vez tiene tres hijas y dos hijos
que ven muy bien.
Su segunda hija ve perfectamente, pero sus dos hijas son daltónicas, mientras
que su único hijo ve normalmente. Sin embargo, sus otros tres hijos varones
presentan lo siguiente. Uno de sus hijos es daltónico, pero las dos hijas de
él... ven normalmente. El otro hijo tienen dos varones y dos ni�as y los cuatro ven bien. Mientras que su último hijo es daltónico y sin hijos.
La pregunta a discutir en clase es: A partir de esta genealogía se puede
concluir que: �es una enfermedad con herencia mitocondrial? De ser asi,
donde están localizados dichos genes?. Justifique su respuesta.
Entregar DOS tareas que seran asignados cada 3 semanas:
Las tres tareas son el 40% de la nota total del curso, por tanto, cada tarea son el 20% de la nota definitiva del curso. Cada tarea consta de 2 a 4 preguntas de desarrollo.
Por ejemplo:
(1) Identifique Cuál es el patrón que se puede obtener de aquellas secuencias que pueden provenir del siguiente fragmento: ccgtactacaactacgctggtgcattcaag. Justifique su respuesta.
(2) Sea la siguiente secuencia:
Identifique Cuál es la ruta metabólica que esta asociada a la misma. Justifique su respuesta.
40% Entregar un unico proyecto al fin del curso:
Formato para la entrega de las Tareas:
Las respuestas de la tarea del Curso de Bioinformática
la deberá entregar (a más tardar) tres semanas después
de asignada la misma. En esta dirección Web se irán
indicando las fechas de entrega de cada una de las tareas asignadas
en este curso.
La tarea la deberá entregar por correo electrónico a
la dirección de Email: [email protected]
Tenga presente que al enviar la respuesta de su tarea,
en cualquier procesador de palabras (NO un archivo PDF ni PS)
deberá esperar un correo de confirmación donde
se indique que se ha recibido su tarea por vía
electrónica (y espere tres días hábiles para ello),
y en caso de no recibir confirmación vía correo electrónico,
no se dará por entregada la misma y por favor, re-envíe
la misma una vez más.
Esta demás indicarle que la tarea es individual y consta
de dos a cuatro preguntas de desarrollo. Las figuras y la bibliografía
deberán incluirse al final del texto (utilizar tipo de
letra Times New Roman tama�o 12 a doble espacio con una
extensión mínima de cinco páginas sin contar las figuras
ni la bibliografía). Asimismo, todas las secuencias nombradas
debe colocar las mismas en otro archivo en formato multi-fasta
y enviarlo igualmente por email con el informe explicativo del mismo.
Formato para la entrega del Proyecto:
El proyecto lo deberá entregar por correo electrónico a
la dirección de correo: [email protected]
Tenga presente que al enviar la respuesta de su proyecto,
en cualquier procesador de palabras (NO un archivo PDF ni PS)
deberá esperar un correo de confirmación donde
se indique que se ha recibido su tarea por vía
electrónica (y espere tres días hábiles para ello),
y en caso de no recibir confirmación vía correo electrónico,
no se dará por entregada la misma, y por favor, re-envíe
la misma una vez más. La fecha límite para la entrega del proyecto
es el último día de clase del curso.
El proyecto consta de una pregunta de desarrollo. Las figuras y la
bibliografía deberán incluirse al final del texto (utilizar tipo de
letra Times New Roman tama�o 12 a doble espacio con una
extensión mínima de diez páginas sin contar las figuras
ni la bibliografía). Asimismo, todas las secuencias nombradas
debe colocar las mismas en un único archivo en formato multi-fasta
y enviarlo igualmente por email.
