Las redes de informacion mas utilizadas en bioinformatica son:
RED EUROPEA DE BIOLOGIA MOLECULAR EMBnet
CENTRO NACIONAL (AMERICANO) PARA LA INFORMACION BIOTECNOLOGICA NCBI
Las herramientas de software mas utilizadas en bioinfromatica son:
LENGUAJE PERL:
Una gran parte de la biolog�a computacional consiste de tareas frecuentes de procesamiento de textos, tales como la manipulaci�n de cadenas, concordancia de expresiones regulares, traducci�n de archivos, e interconversi�n de formato de datos. Por consiguiente, muchos desarrolladores en la comunidad bioinform�tica hacen uso extenso del lenguaje de programaci�n Perl, el cual sobresale en dichas tareas.
Perl es popular entre los bi�logos debido a su car�cter pr�ctico. La informaci�n biol�gica en las computadoras tiende a estar organizada en archivos de texto o en bases de datos relacionales. Cualquiera de estas fuentes de datos es f�cil de manejar con programas en Perl. Se ha convertido en una especie de fen�meno en el �rea, puesto que muchos bi�logos lo encuentran como un lenguaje f�cil de aprender que posee muchas de las herramientas que ellos necesitan.
Ha demostrado ser un poderoso y f�cil lenguaje de alto nivel para programaci�n, desarrollo orientado a objetos, y desarrollo r�pido de prototipos para software bioinform�tico. Los programas en Perl pueden ser vistos como modelos para bio-objetos y conceptos que puedan ser reimplementados en otros lenguajes de programaci�n.
La facilidad de utilizaci�n de Perl para una variedad de tareas, tanto de alto nivel como para programaci�n de CGI, es inigualable. Esto sucede debido a que Perl es mucho m�s poderoso de lo que la gente piensa, pero su poder proviene de una manera interesante. Perl posee el inusual don de unir cosas. Esto lo hace mejor que cualquier otro lenguaje, y lo hace en muchos niveles diferentes. He aqu� algunos ejemplos:
Perl puede unir sitios Web y bases de datos a trav�s de los m�dulos CGI y DBI.
Los m�dulos Inline permiten a Perl ejecutar c�digo de otros lenguajes de programaci�n, tal como si fuera Perl nativo. Por ejemplo, Inline::Python permite a los programadores utilizar objetos de Python tal y como si estuvieran utilizando objetos de Perl.
Un ejemplo sobresaliente del papel que ha jugado Perl en bioinform�tica, es cuando permiti� a los cient�ficos del Proyecto Genoma Humano el intercambiar datos y comparar los resultados que se estaban produciendo en 2 diferentes centros de secuenciamiento.
BIO TOOLKITS:
Es una l�nea herramientas de investigaci�n de biolog�a molecular para el an�lisis de secuencias de acidos nucleicos y prote�nas, la estructura del genoma y la estructura biomacromoleculares.
En 1995 se form� la Open Bioinformatics Foundation (OBF) por un grupo de auto-denominados hackers de Perl, con el objeto de reunir recursos para el desarrollo de software bioinform�tico. Esta fundaci�n cuenta actualmente con los siguientes proyectos: BioPerl, BioPython, BioJava, BioCORBA y BioDAS. Los grupos BioRuby, BioLisp y Bioinformatics.org comparten una visi�n similar y vale la pena conocerlos para obtener una perspectiva y recursos �tiles, pero se encuentran oficialmente desafiliados.
Dentro de estos, BioPerl es el m�s antiguo y utilizado, y por buenas razones. Es ciertamente el m�s maduro, posee las caracter�sticas m�s �tiles y la comunidad de desarrollo m�s grande.
El proyecto BioPerl es un esfuerzo internacional de bi�logos, bioinform�ticos e ingenieros en sistemas, que ha evolucionado �a trav�s de casi 10 a�os de desarrollo� en la librer�a de Perl m�s completa para el manejo y manipulaci�n de informaci�n biol�gica.
Los m�dulos de BioPerl han sido repetitiva y satisfactoriamente utilizados para convertir tareas complejas en pocas l�neas de c�digo. Su modelo orientado a objetos es lo suficientemente flexible como para soportar aplicaciones de nivel empresarial tales como EnsEMBL, pero al mismo tiempo mantiene una f�cil curva de aprendizaje para programadores novatos. BioPerl es capaz de ejecutar an�lisis y procesar resultados de programas tales como BLAST, Clustal W o la suite EMBOSS.
NCBI TOOLKIT:
En cuanto a la portabilidad del software y sus diferentes niveles de acceso, el NCBI desarrollo el NCBI Toolkit. Este toolkit se utiliza internamente para procesar y analizar datos de una variedad de fuentes, para construir y mantener bases de datos unificadas y al mismo tiempo sirve de componente para las aplicaciones de usuario final que el NCBI distribuye.
Tomando en cuenta que los datos de biolog�a molecular provienen de una forma extremadamente heterog�nea, distribuida y cambiante, la informaci�n procesada e integrada a trav�s del NCBI debe poder ser procesada y manipulada en m�ltiples sistemas operativos utilizando diferentes sistemas de manejo de datos. Esto implica que los datos deben ser descritos y controlados de manera formal, de modo que cualquiera pueda comprender cuales componentes comunes se encuentran disponibles en cualquier momento, sin la necesidad de depender en alguna herramienta de software, lenguaje de programaci�n, base de datos o arquitectura de hardware.
Debido a esto, el NCBI adopt� la utilizaci�n del Abstract Syntax Notation 1 (ASN.1) y el International Standards Organization standard (ISO 8824, 8825) para la descripci�n y codificaci�n de datos de una manera legible que fuera independiente de cualquier plataforma.
De todas las aplicaciones bioinform�ticas derivadas del NCBI Toolkit, la m�s conocida y utilizada es BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), y puede encontrarse en una variedad de sitios de bioinform�tica a nivel mundial. La creciente demanda de b�squedas dentro de bases de datos que se encuentran en constante crecimiento, requiri� de una soluci�n para obtener resultados r�pidos y precisos.
El algoritmo de BLAST genera resultados de alineamiento (regiones locales de similitud) contra elementos de una base de datos a partir de una secuencia de inter�s. Existen 2 implementaciones principales de BLAST: la desarrollada por el NCBI (BLAST), y la desarrollada por la Universidad de Washington (WU-BLAST).
EMBOSS y EMBASSY:
Es una colecci�n de utilidades de bioinform�tica y librer�as de software, dise�ada para ser utilizada de manera individual, empotrada en scripts o para el desarrollo de programas.
EMBOSS tambi�n ha sido dise�ado para reconocer m�s de 40 formatos de datos, y puede ser utilizado para crear archivos en diferentes formatos, dependiendo de los requerimientos del usuario.
EMBOSS se encuentra bajo la licencia GPL. Las librer�as se encuentran bajo la LGPL. Los programas de terceros que han sido incluidos y que poseen sus propios t�rminos de licencia se encuentran separados bajo el agrupamiento EMBASSY.
Esto permite a las librer�as de EMBOSS enlazarse con otros programas y solamente se requiere que el software posea una licencia compatible con la LGPL. Sin embargo, para el usuario estos programas funcionan exactamente como si fueran aplicaciones de EMBOSS.
CLUSTAL W/X:
Es un programa que permite hacer alineamientos globales de prote�nas y �cidos nucleicos y que adem�s tiene un algoritmo heur�stico progresivo, bastante r�pido, para calcular alineamientos m�ltiples. En combinaci�n con herramientas como BLAST, CLUSTAL es muy �til para definir familias de prote�nas y de �cidos nucleicos.
Clustal X presenta los alineamientos utilizando colores para la conservaci�n de residuos y posee una herramienta para el marcado de regiones de alineamiento pobres. Adem�s, el usuario puede seleccionar tales regiones para realineamiento. Gracias a esto, Clustal X posee una mayor flexibilidad ante las estrategias existentes para la preparaci�n de alineamientos m�ltiples.
