Nel primo periodo (1794-1796) concorda con Fichte; ma durante il secondo periodo (1797-1799) si occupa della filosofia della Natura e critica Fichte, che, secondo lui non ha compreso l�importanza della Natura: se per Fichte la Natura era governata solo da un principio di causa effetto, in cui tutto � scontato, per Schelling, la Natura agisce indipendentemente: ha caratteristiche di tipo vitale, spirituale, creatrici; non � pi� il teatro delle nostre azioni, perch� bisogna ripensare all�infinito: se vediamo l�infinito come puro soggetto, riusciamo a comprendere come nasca la Natura. L�assoluto non deve essere n� solo soggetto n� solo oggetto: Schelling si rende conto che pensare all�infinito solo come soggetto non va bene. perch� deve essere una sintesi profonda di soggetto e oggetto: natura e spirito, si tratta di conciliare l�Io e la Natura per comprendere pi� a fondo la totalit� dell�esistente. Ci debbono essere principi anche sulla Terra: la Natura non pu� essere intesa come un puro nulla, come una semplice passivit�. Se l�assoluto � oggetto pi� soggetto, allora un progressivo spiritualizzarsi della Natura implica che dentro la Natura ci siano caratteristiche divine. Ci sar� una naturalizzazione dello spirito: la Natura diventa intelligenza creatrice, si forma con la forza di attrazione e repulsione, � autonoma; d� leggi a s� stessa, � autarchica: bastano i suoi principi immanenti, inoltre, svolge un�attivit� creatrice: � organismo: un tutto vivente in cui tutto si riproduce e il tutto � sempre superiore alla parte.
La Natura � idealit� fatta a corpo: non la si pu� penetrare, come non si pu� analizzare una poesia semplicemente dalla veste tipografica. Ogni singolo organismo non potrebbe organizzarsi se non fosse gi� organizzato e causa di s�; ogni singolo produce all�infinito il suo genere, tutto � articolato nei limiti di una struttura organicista. Schelling rompe l�incanto freddo di una Natura - Macchina, di una Natura come meccanismo in moto, prevalente dal secolo di Cartesio, e la trasfigura in quella di un misterioso e suggestivo mondo di vita nascosta, di forze celesti irrompenti, di aneliti e di vibrazioni attraverso i quali si libera lentamente la coscienza, lo Spirito.
