近年來醫學和電子科技的發展與整合，促使許多更新、更精密的醫療儀器設備被設計製造出來。由於這類設備的購置通常需要昂貴的成本以及使用上必須有專門受過訓練的人員，因而成為一定規模以上的大型醫院所專有。如此造成醫院漸漸走向大型化，也造成民眾對於大型醫院的崇拜，壓縮了小型醫院和診所的生存空間。

雖然現代醫療技術給予大型醫院的競爭優勢，但是醫療一方面牽涉到「人」的身體和生命，一方面牽涉到一個國家對於人民對基本的保護任務，因此不是一般的商業行為，自非可完全由市場機制決定其發展。就目前為止，大型的醫療機構只許有「公立醫院」和「財團法人醫院」的經營型態，是值得肯定的管制方式。

「財團法人」是個法律用語，與通俗所稱的「財團」並不相同。「財團法人」是個財產的組合，其目的必須是公益性。因此財團法人雖設有董事，其董事會的決議不能違背其設立目的；財團法人經營事業雖然不禁止獲取盈餘，但卻不能分配盈餘。因此主管機關對於財團法人的財務和業務監督必須比一般公司更為強化，以防止其經營背離設立的目的，或是以不當的手法移轉法人的財產來中飽私囊。除此之外，主管機關更可進一步指導法人基金運用於有益社會的方向。

由於財團法人不能分配盈餘，因此經營良善的財團法人醫院不但得以累積龐大的基金，而且這些基金只好用於再投資設立更多的醫院。如果沒有適當規畫時，財團法人醫院的經營者為了醫療需求者集中程度的考量，便會集中設立於人口集中的地區。如此不但引起各級醫療院所間發展的不平衡，更會導致貧富地區醫療資源的失衡。

依醫療法第三十六條規定：「財團法人醫療機構，應建立會計制度，辦理會計事務，並於年度終結後三個月內，檢具年度結算及業務執行書，報請中央衛生主管機關核備。」因此衛生署基於業務執掌，應當去瞭解財團法人醫療機構之財務、業務狀況，防止弊端的發生。而醫療法第三十七條亦規定：「中央衛生主管機關對財團法人醫療機構之財產及基金，得按其設立目的，指導做適當運用。」因此除財團法人醫院應自行提撥研究經費外，衛生署亦有權指導財團法人基金之運用。

目前生物科技之突破性發展，已被允為廿一世紀最具潛力的產業，各先進國家無不積極投資於此。政府雖亦有鑑於此，但是受制於財務困境，只能為極有限之投資。雖然國內發展生物科技之人才、技術雛形已備，尖端醫學之進展亦足以媲美先進國家，但最缺乏的就是充裕的研究經費，因此近年來生物科技研究經費僅佔全部政府研究經費預算的百分之六而已。例如本年度補助國家衛生研究院之研究經費僅約四億元，但相對而言，八十六年財團法人長庚紀念醫院提撥之研究經費就已達二億元，顯見民間投資之潛力。因此如何引進民間資金，用於發展生物科技，為當今之一大課題。

醫學與生物科技具有密切的關係，因此生物科技的研究與財團法人醫院的設立目的並不相悖。據報載，單只長庚醫院一家財團法人即已累積八百億元的基金，這些可以由衛生署指導運用方針的基金乃是發展我國生物科技的潛在資源，實有待於衛生署好好規畫。衛生署對於財團法人的監督也不應再限於「訪查」（這是在衛生署的預算書上僅見的項目），而應有更積極、更有遠見的做法。