慢性C型肝炎可以造成肝硬化、肝衰竭及肝癌。感染慢性Ｃ型肝炎後１０至２０年大約２０％會發展成肝硬化，在美國施行肝移植最常見的肝病是慢性Ｃ型肝炎所導致的肝衰竭。目前Ｃ型肝炎在全世界發達的國家是最常見的肝癌原因，在台灣是僅次於Ｂ型肝炎，常見的病毒性肝炎約佔總人口２％至４％左右；日本、義大利及西班牙之肝癌病患約一半與慢性Ｃ型肝炎有關，而台灣肝癌病患約８０％與Ｂ型肝炎有關。Ｃ型肝癌的病患以男性居多；長期酗酒者、肝硬化者、年齡４０歲以上患C型肝炎者及C型肝炎病齡20至40年者較易患肝癌。