任何治療慢性B型肝炎有效方法的目標是清除血中之病毒及壓制病毒複製，減少症狀，壓抑肝臟發炎及改善肝功能，預防進展至肝硬化及肝癌，和改進病患之存活率。目前有很多種傳統及另類療來治療慢性B肝炎，這些包括利用抗病毒藥物、免疫調節劑、細胞刺激素、抗纖維藥物及其他另類療法。
目前之治療方法在徹底清除病毒遠離人體仍是相當無效的。所以，目前治療慢性B型肝炎之目標是”緩解”而不是”治癒”，希望能清除血中之B型肝炎病毒DNA，e抗原轉陰、e抗體產生及肝功能正常。Alpha型干擾素及干安能目前是唯一證實慢性肝炎有效藥物，現討論如下：
Alpha型干擾素：
干擾素治療慢性B型肝炎是利用它能抗病毒活性、調節細胞生長及分化、刺激肝細胞溶解及死亡。最近綜合15個研究發現表面抗原消失率，單獨干擾素治療比自然發生率多6%，其e抗原轉陰率多21%，B型肝炎病毒DNA清除率多20%。而干擾素最好的劑量是每日5百萬單位，或每週三次或隔日1千萬單位。低量病毒DNA（小於100pg／ml或3千3百萬copies／ml），高的SGPT（超過正常上限值的５倍），活動性肝炎及無愛滋病者之慢性B型肝炎治療效果較佳。治療最好的結果是B型肝炎病毒DNA從血液中清除，表面抗消失，表面抗體出現，最後是病毒從肝臟中消失。
高劑量干擾素比低劑量有效，但是其副作用較大。治療6個月並不比治療3個月更有效，但一般建議4至6個月。女性比男性效果好。中國人效果比較差。肝硬化者，尤其是中及晚期肝硬化，其效果差。以干擾素治療有反應者，其治療SGPT常有升高2倍以上，少數甚至高達1000單位以上而造成肝衰竭。若治療後e抗轉陰，但肝功能仍提高，病毒DNA仍存在，代表病毒已突變成為前核心變異株。經干擾素治療緩解後又復發是不常見的，約小於5至10%，這些再活化之B型肝炎經常是短暫的，再治療血清仍會再轉陰的。據統計以干擾素治療慢性B型肝炎與不治療者比較是可以增加3.1年生命期。從經濟方向著眼，干擾素是比較貴的，預防是比較便宜，B型肝炎疫苗是可以達到85至95%預防效果。
臨床醫師目前仍需要努力的是如何治療干擾素無反應者，無症狀帶原者，肝功能只輕微升高者（SGPT小於正常上限值2倍），失代償性肝硬化、免疫抑制病患、基因突變株者及D型肝炎重複感染者。延長干擾素治療時間或以干擾素合併類固醇，或其他抗病毒藥物，能夠當做治療低值SGPT之慢性B型肝炎及干擾素未反應者之選擇方法。臨床試驗證實干擾素治療D型肝炎重複感染及基因變異株者其益處只稍許。失代償性肝硬化使用干擾素是危險的，因為會加重肝功能惡化而造成肝衰竭的。
核甘酸及核甘酸類似物：
此類治療慢性B型肝炎製劑是合成的，它們與B型肝炎之DNA及RNA組成有類似，其藥物包括Lamivudine（干安能），famciclovir，adefovir及lobucavir，它們是很強的HBV-DNA複製的抑製物。其中干安能目前是治療B型肝炎被稱許的抗病毒藥物，它能抑制逆轉錄酉每，其毒性很少，一大型研究以每日100毫克口服12個月，發現其e抗原及DNA消失率為16%至32%，而未接受此藥者只有6%。大部分治療者肝臟組織病變都有改進，其組織病變反應率有80%。
長期使用干安能（一般大於9個月），其基因突變變異株容易出現（即YMDD突變）其機率為15至30%，此造成對干安能治療效果差及病毒DNA再出現。這變異株常出現突然肝功能SGPT升高，有時候SGPT大於300單位以上，此機率有一研究報導高達41%，甚至少數會造成肝衰竭。
目前預測干安能的效果是SGPT，大於正常值2倍者，其效果較佳。肝功能正常者與不治療者其效果沒有差別。治療前HBV-DNA濃度之高低無法預測治療效果。以干安能治療第20週時之HBV-DNA，若能小於10000copies／ml其反應率較好，而且基因突變變異株機會減少。
在亞洲研究，增加治療期三年可以造成e抗原轉陰率高達65%，這可能與較少基因突變變異株有關（中國人為16%，而西方研究為27-32%），干安能之副作用極少，但仍有少數嚴重之報告，包括乳酸中毒，嚴重的脂肪肝造成肝腫大，加重肝功能，胰臟炎等。
其他的抗病毒藥物，目前最有希望的是Adefovir，是一種很強的B型肝炎病毒抑制劑，可以對抗YMDD變異株，它可以消滅肝外組織的B型肝炎病毒。其有腎毒性，但只要停止使用是可以復原的，至於其效果目前正研究中。
綜合療法：
愛滋病治療以多種抗病毒治療效果比單種效果好。最近研究比較干擾素加干安能治療與單獨干擾素治療，其合併治療反應率為29%，單獨干擾素治療反應率為19%，其結果統計學上無差別。似乎兩者無加成之效果。但最近初步研究發現干安能加上adefovir有加成效果。
另類療法：
最近研究發現B型肝炎疫苗注射對慢性B型肝炎有幫助的。國久Pol.等研究者連續3個月每個月注射B型肝炎疫苗於46位慢性B型肝炎病患，發現HBV-DNA消失有26%，降低HBV-DNA50%以上者有17%，沒有改變者為57%。有少數報導經骨髓移植後其B型肝炎病毒持續消除。另外有一報導，12位慢性B型肝炎病患服用維他命E
300單位早晚各一次，共服用三個月，第三個月發現12位有服用維他命E者，有2位肝功能正常及HBV-DNA消失，未服者12位無任何人改善；第6個月時發現12位中有5位有反應，約42%，未服用維他命E者其反應率為0%。這是最初步研究，其仍需要進一步研究才能肯定的。
（取自F．B．Hollinger , Jounal of Gastroenterology and Hepatology 1999,14
Suppl. PP A230~232）