La "Sarandi" salió en viaje de inspección al estrecho de Magallanes, donde en San Gregorio dejó una inscripción sobre la soberanía argentina en el lugar, y a la isla de los Estados e isla Nueva. En el periplo se encargó de sacar unos loberos de la zona. Al regresar a las Malvinas encontró que una sublevación había terminado con el orden impuesto por Mestivier, además de su vida. Pinedo arrestó a los sublevados y estaba realizando los preparativos para zarpar hacia Buenos Aires cuando, el 1° de enero de 1933, arribo la corbeta de guerra "Clio", de la flota británica, al destruido Puerto Egmont y puso su pabellón.

Pinedo lo único que hizo fue protestar enérgicamente, pero según sus declaraciones, decidió no presentar combata dado que muchos de sus hombres eran ingleses y además el poder de la Clío era el triple. El 3 de enero, luego de nombrar Gobernador Interino de Malvinas a Juan Simón (capataz de Vernet) regresó a Buenos Aires. A su arribo se realizaron los consejos de guerra pertinentes (a Pinedo por no resistir y a los sublevados) además de las reclamaciones a Inglaterra.

Mientras tanto los ingleses se apropiaban del territorio y procedían al hostigamiento sistemático de la población argentina. Esta fue dispersada y expulsada, apropiándose los invasores de todas las Islas y sus bienes.

Si bien Pinedo delegó a Simón la gobernación el que realmente ejerció un poder real fue Capitán J.J. Onslow de la Marina Real Británica. La "Clío" se fue a los pocos días de las Malvinas (14 de enero) y nombró a otro hombre de Vernet, el escocés Guillermo Dickson, para que izara el pabellón y esperara a otras naves británicas. Durante 1833 las islas quedaron sin gobierno y solo residieron en ella 26 personas. Brisbane arribó como administrador de Vernet y recibieron la visita de la "Beagle" con Fitz Roy.

Cuando Fitz Roy pasó por las Malvinas se llevó una fea impresión. El ya había estado en las islas durante la expedición anterior de la "Beagle" y además de sorprendido por el cambio de bandera de la colonia y comentó: " ... en lugar de la alegre aldehuela que esperaba encontrar sólo hay‚ unas casuchas de piedra semi arruinadas, uno que otro aislado rancho de turba; dos o tres botes despanzurrados... y uno que otro ser humano de aspecto miserable." También describió a los gauchos de Vernet cuando estaban ociosos en puerto Luis: "... peleaban con cuchillo largo ocasionándose graves heridas. Poncho suelto, sombrero gacho, cabello largo, tez trigueña y ojos indios resultan tipos mas adecuados al lápiz de un artista que al tranquilo hogar de un colono industrioso..". Además comentó extrañado que dormían al aire libre sobre sus recados.

En agosto de ese año, dos gauchos y cinco indios comandados por el gaucho Antonio Rivero protagonizaron otra sublevación matando a Brisbane, Juan Simón, Dickson y otros compañeros. Durante varios días continuaron con los saqueos y atemorizando a los sobrevivientes.

El 7 de enero de 1834 llega la nave inglesa "Challenger". Su capitán liberó a los prisioneros de Rivero y dejó al teniente Henry Smith con 6 soldados al mando de la guarnición. Luego de irse comenzaron una serie de escaramuzas con los gauchos e indios hasta que lograron apresar a Rivero que fue trasladado por la "Beagle" hasta Río de Janeiro. A esta altura los colonos que quedaban desperdigados por las islas, además de los soldados ingleses, no llegaban a 40 de lo que fuera una floreciente colonia argentina. Desde ese momento quedó bajo gobierno británico. El siguiente gobernador fue John Tissen (1839 a 1841). En 1834 se fundó una compañía que comenzó a trabajar en las islas, en una concesión de 6.000 hectáreas, y trajo los primeros 18 colonos británicos.

Por su parte, el gobierno argentino no estaba en condiciones militares de afrontar por las armas a la mayor potencia marítima de la época. Informado por José María Pinedo, el gobierno de Buenos Aires, encabezado por Juan Ramón Balcarce, protestó de inmediato ante el encargado de negocios británico, Philip Gore. Simultáneamente casi, el 17 de junio de 1833, el representante argentino en Londres, Manuel Moreno, presentaba ante el Foreign Office una extensa protesta.

Los reclamos argentinos se sucedieron en diciembre de 1834, en abril de 1835, en febrero de 1842 y así sucesivamente, ya que la Argentina no sólo que nunca dejó prescribir sus derechos soberanos, sino que de año en año y de gobierno en gobierno sentía en carne propia y en su sensibilidad nacional, el despojo armado de una parte de su territorio.