Dez anos passaram como o fim de Dragon Ball Z. Ubu tem treinado com Goku. Goten e Trunks já são adultos. A filha de Gohan e Videl, Pan, tem agora 14 anos. Satan está calvo. Kuririn tem um bigode e agora tem cabelo cinza. Não houve nenhum problema na Terra desde a derrota do maléfico Boo...

Pilaf ainda está juntando as Dragonballs para desejar dominar o mundo a Sheng Long. Ele já juntou todas as sete Dragonballs durante todos estes anos e esteve a ponto de fazer seu desejo. De repente, Goku aparece. Pilaf, surpreso ao ver Goku depois de todos estes anos, começa a reclamar e deseja que Goku ainda fosse uma criança assim ele poderia ser facilmente derrotado. Sheng Long leva isto como o desejo e transforma Goku em uma criança. Pilaf escapa novamente e nunca mais é visto.

Goku volta à sua casa e conta o que aconteceu. Sr. Popo aparece e conta para Goku sobre as sete Dragonballs negras escondidas no espaço. Goku resolve ir procurar as Dragonballs para restabelecer sua forma normal. (As Dragonballs da Terra só podem ser usadas para conceder um desejo por ano). Mas, com notícias mais surpreendentes, Sr. Popo conta que estas Dragonballs devem ser juntadas dentro de um ano, ou a Terra explodirá! Goku e Trunks pegam uma cápsula espacial para poder viajar pelo espaço para poder pegar as misteriosas Dragonballs. Logo eles descobrem que Pan está a bordo e acidentalmente danificou uma das máquinas.

A cápsula espacial para em muitos planetas. Nestes planetas, nossos heróis adquirem as Dragonballs uma por uma. Durante este tempo, Goku e Trunks alcançam o nível Super Saiya-Jin pela primeira vez em Dragonball GT!!! Como para Pan, talvez depois... Em um dos planetas, nossos heróis conhecem Gill, um pequeno robô que tragou o radar de Dragonballs. Como resultado, nossos heróis têm que o levar na viagem porque que ele é o único que pode descobrir as Dragonballs.

Nossos heróis pousam em outro planeta. Aqui, Gill parece ter traído nossos heróis porque ele os conduziu ao seu mestre no planeta do Dr. Myuu. Dr. Myuu é um cientista mau que quer os corpos de alguns seres fortes assim ele poderia criar robôs mais fortes. Trunks é seqüestrado. Enquanto isso, Goku passa o tempo no Ruudo lutador, uma criação de Dr. Myuu, e Pan passa o tempo tentando salvar Trunks. Depois de um bom número de episódios, Goku mata Ruudo. Atrás na sede de Dr. Myuu, todos vêem que Gill realmente traiu seu criador. Gill ajuda Trunks e Pan a fugir e nossa tripulação volta ao espaço.

Na sede de Dr. Myuu, uma das criações de Dr. Myuu é o Baby. Realmente o único Tsufuru-jin sobrevivente. O seu planeta e seus habitantes foram destruídos pelos Saiya-Jins (Aliás na ocasião os Saiya-Jins trabalhavam como mercenários para Freezer; também o pai de Goku, Bardock). Como o único sobrevivente, Baby quer vingança a todo os Saiya-Jins. (Sim, isso inclui nossos heróis!) Dr. Myuu achou o Baby e o salvou. Baby sozinho é muito fraco para derrotar o Saiya-Jins. Ele tem que se apossar um corpo forte para adquirir poder. Como Dr. Myuu promete vitória à Baby, ele entra e assume o corpo de Dr. Myuu. Ao fim, Dr. Myuu morre durante a invasão de corpo.

Nossos heróis espaciais finalmente retornam para Terra com todas as sete Dragonballs Negras. Goku as leva ao Sr. Popo os salvar depois. Nossos heróis se reúnem festejando a vitória pois acharam todas as sete Dragonballs. Porém, Baby também pousou na Terra. Lentamente, ele assume os corpos de Trunks, Gohan, e Goten um por um. Quando abandona os corpos deixa um ovo no cérebro deles. Este ovo assume o corpo e faz de sua vítima um zombie Baby. (Quando Gohan era Gohan-Baby, ele lutou com Piccolo e lança um globo de fogo sórdido no corpo de Piccolo.) Baby finalmente acha um Saiya-Jin cujo corpo é forte bastante para satisfazê-lo, Vegeta! Vegeta é invadido e se torna Vegeta-Baby! Logo, todo mundo na Terra se torna zumbi de Baby - com a exceção de Satan, Pan, Boo, Ubu, e Goku. Sr. Popo também é uma vítima de Bebê, ele usa as Dragonballs para criar o planeta Plant, o planeta natal de Bebê, para Bebê.

Agora como vocês possam prever, Há muitas lutas legais! Ubu enfrenta Vegeta-Baby, mas é derrotado. O gordo Boo une-se a eles mas é morto. Porque ele estava perto de Ubu, o espírito de Vaia entra no corpo de Ubu. O dois se unem e Ubu descobre que ele e Vaia eram originalmente um!

Goku enfrenta Vegeta-Baby. Como Goku ainda era uma criança, e Vegeta-Baby um adulto, Vegeta-Baby é mais forte e facilmente derrota o Jovem Goku. (Enquanto isso, Pan está assistindo a briga.) Goku derrotado é arrancado da briga através de Kaiou-shin. No planeta de Kaiou-Shin, Goku e Kaiou-Shin moem substâncias para criar uma fórmula que fará o rabo de Goku crescer. (O rabo é a fonte principal de poder para um Saiya-Jin.) o rabo de Goku só é crescido parcialmente, assim Kaiou-Shin põe para faze-lo alcançar o tamanho normal.

Goku volta a Planta de planeta para enfrentar Vegeta-Baby. Até mesmo em Super Saiya-Jin 3, Goku não pode derrotar Vegeta-Baby. Como Goku está caído no chão depois de levar um sopro por Super Saiya-Jin 3 Vegeta-Baby, ele encara a Terra. O "Terra Cheia " age como uma Lua Cheia. Como resultado, Goku se torna um Gold Oozaru gigantesco (em vez de um macaco marrom gigantesco porque não era a lua que fez Goku se tornar um Oozaru)! Goku é muito mais forte agora, mas ele não pode controlar o corpo em fase de lua cheia. Ele passa o tempo destruindo tudo que vê. Goku começa gritando, e a forma volta a ser normal. Goku está agora em outra fase além de Lua Cheia; Goku retém controle do corpo dele como Super Saiya-Jin 4 Goku!!! Vegeta-Baby é abatido agora. Porém, uma zumbi Bulma cria uma super lupa para o marido. Isto aumenta os raios de Lua Cheia e Vegeta-Baby transforma-se em um Gold Oozaru.

Goku é derrotado uma vez mais. Enquanto isso, Kaiou-Shin descobre que a água de Chou-sui pode livrar as pessoas dos ovos de zombie. Ele vai para o palácio de Dendê e Sr. Popo para adquirir a água de Chou-sui. São limpos Dendê e Sr. Popo. Então, esta água é dada aos nossos Saiya-Jins Zumbis. Depois, para o resto do mundo. Gohan, Goten, Trunks, e Pan (agora tudo o bem) cercam Goku e formam um círculo. A energia deles é doada a Goku. Goku e Vegeta-Baby enfrentam um ao outro novamente. Então Goku faz um Bola de fogo e derrota Vegeta-Baby. O Baby deixa o corpo de Vegeta e corre para uma cápsula espacial para escapar. Mas, a bola de fogo de Goku destrói toda a cápsula. Finalmente Baby está morto!

A Terra está a ponto de explodir porque as Dragonballs Negras já foram usadas por Baby. Nossos heróis Saiya-Jins não desperdiçam tempo e voam com todos os terráqueos para o planeta Plant. Piccolo decide ficar na Terra e morrer com ela porque ele a ama. (Ele ainda está ferido desde a explosão de Gohan-Baby.) A Terra explode, junto com Piccolo. Ao fim, são juntadas as Namek Dragonballs e a Terra renasce do desejo...