A finales del siglo XX, Yuuji Kaidô (17 años), el protagonista, contrajo un nuevo virus que la ciencia medica no podia curar y fue puesto en hibernacion.
Es revivido en el 2031, y se encuentra con que la humanidad esta al borde de la extinción por culpa del misterioso alien llamado "Blue". Yuuji se verá envuelto en la batalla.