Um treinador lê uma antiga profecia : Do fogo, gelo ou raio, não devem a harmonia perturbar, para que estes titãs não provoquem a destruição do mundo, que a luta encerra, embora o guardião da água vá se levantar para a luta sufocar, somente sua música falhará, e assim, virará cinzas a terra. Ó escolhido, tuas mãos os três juntos devem guiar. Seus tesouros combinados, domam a Fera do Mar. Ele anseia pegar todos os pokémon lendários, Moltres, Zapdos e Articuno para libertar a Fera do Mar citada na profecia. Com facilidade, ele consegue pegar Moltres, na Ilha do Fogo, próxima ao Arquipélago Laranja.
Ash, Misty e Tracey estão em um barco junto com uma garota chamada ..., que o dirige. A Equipe Rocket está atrás com o Submarino de Magikarp. Os três resolvem botar seus pokémon pra fora, menos Snorlax, que é muito pesado e Charizard porque ele ..., é o Charizard! De repente começa uma tempestade do nada, sem motivo algum. Os quatro param na Ilha Chamut, que ... que dirigia o barco conhecia.
Na Ilha Chamut, eles conhecem seu povo que está comemorando um ritual e que fala de um escolhido, no caso, Ash. Eles são convidados pra participar da festa e conhecem Melody, uma menina que beijou Ash, deixou Misty com ciúmes e que toca em sua ocarina, uma música que diz que deve ser tocada depois que Ash pegar as três esferas nas Ilhas do Fogo, Gelo e Raio, já que ele é o escolhido. Ash resolve procurar as esferas na tempestade junto com ..., embora Melody tenha falado que
Todos eles conhecem o ambicioso colecionador de pokémons, que conta seu plano de pegar os três pokémons lendários. Ash e outros libertam Zapdos e Moltres, que começam a brigar em volta da nave do colecionador.
Os heróis e a Equipe Rocket conseguem escapar da nave. Ao fugir dela, Ash encontra a esfera do trovão. Neste instante aparece Articuno, que começa a batalhar com Zapdos e Moltres. Tentando fugir de barco, a água os leva para uma ilha onde está um Slowking, que explica o que está acontecendo. Ash põe as esferas em uma "caixa" de pedra que mostra as Ilhas do Fogo, Gelo e Raio.
As águas começam a subir quando surge Lugia, que trava uma batalha contra os outros três pássaros lendários. Lugia acaba sendo atacado e cai na água derrotado. Melody lembra que o som de Lugia é o mesmo da música de seu ritual e a toca com sua ocarina. O Guardião dos Mares se recupera e "convida" Ash para ir até a Ilha do Gelo, onde encontraria a última esfera, peça fundamental para se cumprir a profecia.
Em um Helicóptero estão o Professor Carvalho, a Professora Ivy, a mãe de Ash e uma emissora de televisão. Carvalho explica que as 3 ilhas são conhecidas como a origem das águas do planeta, já que estão reunidos gelo e fogo. Um desequilíbrio entre essas forças causaria uma mudança de curso das águas do local, causando as mudanças de clima. O Helicóptero chaga na Ilha, mas ainda longe de Misty, Tracey, Melody e Slowking.
Ash e a Equipe Rocket chegam na Ilha do Gelo e pegam a terceira esfera, mas o bote é perdido com a luta de Articuno, Zapdos e Moltres. Lugia põe Ash em suas costas e a Equipe Rocket em uma de suas patas.Eles precisam chegar na Ilha onde se encontra o Santuário de Slowking. Lugia tenta fazer ,manobras para se esquivar dos ataques dos pokémon lendários, com isso, Jesse , James e Meowth se jogam na água achando que estão se suicidando, mas sobrevivem. Lugia é atacado pelo colecionador e Ash cai na água, onde se afoga, os outros três se esgotam e caem cada um em sua Ilha.
Misty, para não deixar Ash sozinho, decide ajudá-lo, ela e Tracey o encontram na água e o retiram de lá. Ash coloca a esfera do gelo no lugar. Uma água verde colore o Santuário. Melody toca sua música, que leva a água até as Ilhas do Fogo, Gelo e Raio e acaba com a destruição. Os pokémon param de lutar. Lugia convida Ash para voar com ele. O colecionador fica impressionado com o fato.
Depois de conseguir a paz e voltar para o Santuário, chega a mãe de Ash, que o encontra e deixa uma bonita mensagem, a de que Ash é todo dia o seu herói. O colecionador pega o seu card do Mew e decide colecionar apenas cards.
Uma dúvida é formada com o que aconteceu no filme :
Tracey encontrou o Professor Carvalho no filme, mas no seriado, eles só se encontram em Pallet. Talvez o filme seja apenas uma história à parte, não modifica o andamento do seriado.
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Do fogo, gelo ou raio,
Não devem a harmonia perturbar,
Para que estes titãs não provoquem a destruição do mundo
Que a luta encerra
Embora o guardião da água vá se levantar para a luta sufocar,
Somente sua música falhará, e assim, virará cinzas a terra
Ó escolhido, tuas mãos os três juntos devem guiar
Seus tesouros combinados, domam a Fera do Mar.
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