- La aparición del "Kenkaku Keikan" (o policias especiales como lo tradujeron) se realiza antes de que aparezca Yahiko, pues en el anime este episodio ya cuenta con la presencia del pequeño samurai. Los Hishimanji también hacen su aparición antes de que se conozca a Sano.

- Al conocer a Yahiko, a diferencia dell anime, Kaoru no va a ayudarlo de los matones que lo tienen esclavo y es Kenshin quien lo rescata y lo lleva al dojo.

- Cuando Sanosuke recuerda como el gobiierno liquidó al Sekihoutai, grupo al cual pertenecía, él ve como exhibían la cabeza de su jefe para que los demás no vuelvan a "traicionar" al gobierno, pero ya todos saben la verdadera historia no?
Este es un buen ejemplo de la crudeza con que Watsuki trata las escenas sangrientas en el manga, y asi como esta hay varias partes que fueron cambiadas porque en la animacion de TV no serían aptas para todo publico.

- Ayame y Suzume no existen en el mangaa al igual que el doctor Genzai, a cambio aparece el doctor Oguni que cumple el mismo rol del doctor Genzai además de ser totalmente identicos. El hecho de presentarse estos personajes secundarios en la versión animada le da singulares escenas graciosas que no pudierón realizarse en las páginas de Watsuki, aunque este último utilizó la ventaja de los Super Deformeds para crear las más ridiculas viñetas que no tienen nada que envidiarle al anime.

- En el asalto a la mansión de Kanryuu,, durante la pelea contra Hannya, Kenshin le quiebra la máscara mostrando todo su deformado rostro por quemaduras (en el anime solo se le rompe un pedazo) esto se debe a la costumbre de que cuando un ninja traiciona a su clan, este debe de desfigurarse el rostro.

- Un pequeño dato de esta parte es que el enfrentamiento de Sano con Shikijou se realiza dentro de la mansión y despues de que Kenshin derrote a Hannya. Otro es que Kaoru no participa ni entra a la mansión.

- Despues de la masacre realizada por KKanryuu, Aoshi se lleva las cabezas de los Oniwabanshu para sepultarlos y la policia solo encuentra los cuerpos decapitados. En el anime Aoshi inexplicablemente se lleva los cuatro cuerpos.

- La parte de Raijuuta y Yutaro es bienn distinta al anime en el modo en que suceden los hechos, por ejemplo, Kenshin y los demás no viajan a ningún lado (y menos con la hermana del Dr. Genzai) y en la pelea de Kenshin contra los ayudantes de Raijuuta, en nigun momento hacen caer a Yutaro al agua por que esa pelea se realiza en el dojo Kamiya y Raijuuta no esta presente. Asi esta parte esta plagada de cambios que al final no llegan a alterar el hecho de la profunda amistad-rivalidad que se provoca entre Yahiko y Yutaro.

- El encuentro de Sano con Tsunan y su plan para atacar al gobierno también es distinta y pasa mas rapido que la serie de TV. Tsunan asiste a la fiesta que les da Sanosuke a sus amigos, al igual que Tae y Tsubame (Yahiko vomita de tanto sake) y nunca se realizó una segunda pelea entre Kenshin y Sano, es más este último es el que detiene a Tsunan para que cese su ataque.

- Ya en la 2da temporada, durante el ennfrentamiento de Kenshin y Saito, el carruaje de Ookubo por poco atropella a una niña que por casualidad es Tsubame. Otro detalle es la graciosa forma en que casi le cae a Yahiko el pedazo de espada que Kenshin le rompio al Shinsen, esta parte fue modificada dada la seriedad con que se trato esta escena en el anime.

- Cuando Kenshin mira el cuerpo de Ookuubo muerto dentro su carruaje, Soujiro aún se encuentra entre la multitud y le dirige unas palabras a Kenshin antes de irse (todavia no se conocen).

- El encuentro de Misao y Kaoru en Kyotto se da en el Chirabeko, restaurante de una pariente de Tae donde se alojaron Kaoru y Yahiko. Allí Misao ve un cartel con la imágen de Kenshin y lo primero que acierta a decir es "HIMURA!" llamando la atención de Kaoru.

- ¿Recuerdan la parte donde Soujiro lleeva a Aoshi y al Juppon Gatana con Shishio y lo encuentran practicando con un par de reses? En el manga con lo que practica es el cuerpo de un soldado muerto a quien de un solo movimiento lo divide en dos partes y además se comienza a prender en llamas.

- Cuando Houji manda a los Kyousoushuu a asesinar a Okina en el Aoiya, el soldado que regresa no esta con una madera amarrada a los brazos y espalda como ocurre en la serie de TV, sino que llega bañado de una especie de cera por todo el cuerpo, con unas velas derretidas en las manos y con un pedazo de madera en la espalda con un mensaje para advertir a Aoshi del reto que le hace Okina.

- Despues de recibir el Amakakeru de Keenshin en el enfrentamiento por el aprendizaje del Ougi del Hiten Mitsurugi, Seijuro dirige unas palabras dandose firmemente la vuelta hacia su alumno antes de caer al suelo a diferencia del anime donde cae rendido con un profundo surco en su pecho que dejo el sakabato de Kenshin.

- En el manga, cuando Houji "confiesa" que el plan de la huida del Rengoku fue suya, Usui le arranca una uña (en vez de torcerle el dedo) y este al final se arranca casi todas las uñas de las manos con los dientes.

- Ya dentro del escondite de Shishio, ddespues de la lucha contra Anji, Sano se recupera rapidamente de la intensa batalla y parte junto a Kenshin y Saito hacia el siguiente rival.

- La trágica muerte de Usui, es sin duda mucho mas cruda en el manga, despues de ser sorprendido por el "Gatotsu Zero Shiki" de Saito, la parte superior de su cuerpo queda incrustada en lo alto del muro y el resto termina en el suelo a los pies de un insensible y cruel lobo de Mibu.

- En el Aoiya antes de enfrentarse a Miisao, Kamatari le enseña sus genitales para que se den cuenta que no es mujer sino homosexual.

- El salón de batallas de Shishio donde se realiza la tan esperada pelea contra Kenshin, es mucho mas pequeño en el manga. Además, para el anime, en este duelo se añadieron escenas que no existian para hacer la batalla un poco más larga e interesante.

- Aparte de TODO esto cabe destacar la evolución en el estilo de Watsuki, al comparar las primeras páginas del manga con los ultimos actos del mismo. Por lo cual pareciera que fuesen dos diseñadores distintos.

- Por ultimo, la diferencia más grande entre el manga y el anime de TV es el cambio de argumento e historia que se da despues de terminada la temporada de Kyoto. El manga sigue con la llegada de Enishi y el ya conocido "Jinchuu Arc" ó "Revenge Arc", en cambio el anime toma un rumbo distinto con temporadas cortas como la de Shougo, el regreso de Yutaro, Kaishu Katsu, y la ultima del clan del agua y el viento.
 

- En el manga y ova no se aprecia el deesenlace de la batalla de Kinmon, en cambio en los ovas si se muestra un preambulo de ella con el ataque de los Shinsengumi a la posada de Ikeda, esto ayudo a darle mas acción a la trama que en este punto de los ovas se pone mas lenta.

- El encuentro de Kenshin y Katsura se da despues de ocurrida la batalla de Kinmon en un puente fuera de la ciudad (y no detras de la posada de Kohagi como ocurre en los ovas), donde se ve a un Katsura completamente andrajoso sumergido en la clandestinidad.

- En el manga la mano de Mumyoi no tiene garras cuando atrapa a Katagai espiando al traidor de los Ishinshishi reuniendose con el lider del Yaminobu.

- La forma en que Kenshin se entera de la identidad del antiguo novio de Tomoe difiere mucho en el manga. Aqui este no sabe nada hasta que ya sumergido dentro de la depresión que le produjo el haber matado a su mujer, casualmente el diario de Tomoe se abre con el viento llamando la atención de Kenshin quien lee un pasaje de este y se aterroriza al enterarse de la verdad.

- En el manga Enishi deja un mensaje enn la casa de Battousai en el cual el Yaminobu le advierte que tienen a Tomoe y que lo esperan para su enfrentamiento. Luego Enishi espera por su hermana pero es atraido al bosque por las bombas que ocasionan los ninjas.

- La parte del enfrentamiento entre Batttousai y los miembros del Yaminobu es muchisimo mas sangriento en el manga donde Battousai a pesar de las desventajas en que se encontraba, no duda en cortarle los brazos y mutilarle las piernas a los dos primeros adversarios que terminan por suicidarse.

- En el ova, Tomoe despues de descubrirr que habia sido utilizada para atrapar a Battousai, trata de morderse la lengua ella misma para ahogarse con ella depues de fallar en el intento de matar al lider del Yaminobu. Esta es una antigua forma de suicidio pero Tatsumi no se lo permite introduciendole sus dedos en la boca.

- La forma en que Kenshin consigue el ssegundo corte en su mejilla es distinto en el manga. Aqui se debe a que en el momento crucial de la batalla, Tomoe se interpone para matar a Tatsumi y proteger a Kenshin, con lo cual luego del ultimo ataque de este, la daga que sostenia Tomoe sale volando cortandole el rostro... En el ova es la misma Tomoe quien le hace el corte despues de quitarle la daga a Tatsumi y mientras agonizaba en brazos de su amado.

- En la parte final de los ovas, Kenshiin lleva una manta de Tomoe en el cuello durante sus siguientes batallas por los Ishinshishi, esto explicaria el hecho de que en las primeras páginas del manga aparece usando esa misma manta.

- Y para finalizar... La diferencia mass drastica es la expectativa que le dio Watsuki al manga de saber quien era el prometido de Tomoe, ciertamente uno no se podia llegar a imaginarlo, en cambio en los ovas esto se da a entender desde el principio y no hay ninguna sorpresa como en el manga.