Este es un resumen de la historia de la Saga de Hades:
Hace 243 años atrás, Hades, el Dios del "Más allá", vino a nuestro mundo y fue la más grande amenaza a la que los caballeros se enfrentaron jamás. De esa lucha, sólo los Caballeros de Oro Dohko de Libra y Shion de Aries lograron sobrevivir. Ahora en el presente, Hades ha retornado, resucitó a los muertos y les ha ofrecido la vida eterna a cambio de que derroten al Santuario y le traigan la cabeza de Atena. Mu de Aries, Shaka de Virgo, Milo de Escorpio, Aioria de Leo, Kannon de Géminis, Aldebarán de Tauro y Dohko de Libra deberán enfrentarlos. Entre los resucitados a derrotar se encuentran Máscara Mortal de Cáncer, Afrodita de Piscis, Saga de Géminis, Shura de Capricornio y Kamus de Acuario. El Santuario es atacado, la batalla entre ambos bandos es cruenta y los guerreros de las dos facciones van muriendo. Atena en busca de detener la batalla y evitar más muertes de sus aliados se suicida. Hades aparenta haber ganado. Pero Seiya y los caballeros de bronce pronto comprenden que Hades no ha ganado. Atena posee el octavo sentido y eso le permite entrar al mundo de los muertos libremente. Lo cual indica que Atena no se suicidó sino que simplemente fue a combatir a Hades en su propio reino. La misión de los caballeros ahora será ir al mundo de los muertos y llevarle a Atena su armadura sagrada para que pueda combatir con todo su poder. Los Caballeros llegan al otro mundo y van enfrentando diversos enemigos a quienes derrotan con gran esfuerzo pero con cierta ayuda del inexplicable terror que la presencia de Shun les causa a sus rivales. Mientras combaten se les suman otros aliados como Kannon de Géminis y Orfeo, un ex sirviente de Hades. Orfeo esconde a Shun y a Seiya dentro de un baúl y entra al palacio de Hades diciendo que trae el baúl como regalo. Ante la presencia de Hades, su hermana Pandora y varios generales, los tres salen a combatir. Orfeo es herido de muerte pero logra aniquilar a Hades antes de morir. Sin embargo la aparente victoria se convierte en la mayor tragedia. Pandora era la veradera líder del ejército y el reino de Hades, su hermano una mera ilusión que ella misma generaba. Y no sólo eso, Pandora estaba aguardando la llegada del verdadero Hades, que en ese momento descubrimos es Shun, el Caballero de Andrómeda. Hades ha reencarnado en Shun, tras su muerte hace 243 años!. Hades comienza a trabajar entonces en crear un gran eclipse a fin de exterminar la vida en la Tierra. Pero es detenido por Atena que aparece sorpresivamente y expulsa al espíritu de Hades del cuerpo de Shun. El espíritu de Hades contraataca inmediatamente y ambos desaparecen rodeados por fuego. Shaka informa a los caballeros de bronce que el cuerpo real de Hades y Atena se encuentran en Elisyon, la puerta final del infierno que conduce al paraíso. Con enormes sacrificios de los Caballeros Dorados y sus aliados tras derrotar a muchos enemigos los Santos de Bronce consiguen llegar allí. Sólo para descubrir que los aguardan Thanatos e Hypnos, los caballeros más poderosos de Hades. En tanto en el Santuario reaparece la verdadera hermana de Seiya: Seika. Thanatos trata de asesinarla pero Seiya se enfurece. Tras derrotarlos, los Caballeros ven como el cuerpo de Hades despierta y se preparan para combatirlo. Atena está allí pero encerrada en una vasija. Cuando los Caballeros están por ser derrotados, ella revive y aparece vistiendo su armadura, mientras que a los caballeros les son otorgados armaduras divinas. En la batalla final Hades es derrotado por Atena, pero a costo de la vida de Seiya que cuando le lanzan una espada a Atena, él se pone en el medio para salvarla, siendo atravesado y muriendo enseguida.