Actualmente existen dos museos principales en Tegucigalpa: el Museo Nacional, inaugurado en 1933, y el recién fundado Museo Histórico de la República. El primero está ubicado en la preciosa propiedad conocida como Villa Roy, en el Barrio Bella Vista, y contiene una colección de objetos valiosos referentes al estudio del hombre, arqueología pre-hispánica, época colonial, etnografía y ciencias naturales. También cuenta con una sala dedicada al autor del primer mapa moderno de Honduras, el Dr. Jesús Aguilar Paz, y otra en honor a los primeros benefactores de este centro, el ex-jefe de Estado Don Julio Lozano Díaz y Doña Laura Vijil de Lozano, quien en 1974 donó el inmueble mediante cláusula testamentaria.


El museo Histórico de la República, funciona en la hasta hace poco Casa Presidencial, ocupando una estratégica esquina del centro de la capital. Creado en el año de 1993, dicho museo constituye una continuación de la exposición montada en el Museo Nacional. Por lo consiguiente, en este nuevo centro se exponen los principales eventos ocurridos en Honduras a partir de la independencia (1821) hasta nuestros días.