En 1897, con el anuncio de un debate entre los carlistas y el propio Sabino, aparecerá de manera más explícita la identidad del Partido recién constituido: «Euskadi es la patria de los vascos». Sobre este lema, y con diversas aportaciones, muchas de ellas ligadas al papel supremo que la religión católica (Jaungoikoa eta lege zaharra) deberá jugar en la articulación de la sociedad  vasca, el nacionalismo vasco adquiría un contenido ideológico muy definido. En el aspecto nacional, el caballo de batalla de Sabino era España, por mantener la identidad vasca. En cuanto a la concrección de la Patria "euskaldún", ésta debería conformarse en base a seis estados, correspondientes a sus provincias en forma de confederación, respetando la decisión de cada uno de ellos. Para Sabino, la raza, y no la lengua como afirmaba Campión, era el elemento que conformaba la identidad vasca. 

El nacimiento del PNV estuvo marcado por la represión gubernativa: Sabino fue encarcelado por dos veces, los primeros "batzokis" de Bilbo y Bermeo clausurados y sus órganos de expresión cerrados. Sin embargo, a pesar de la prohibición expresa de las autoridades de Madrid a cualquier aventura organizativa separatista, el PNV recibiría un impulso decisivo para su consolidación. Ramón Sota, el industrial vizcaino por excelencia, y a su muerte en 1936 la mayor fortuna del Estado español, se adhirió a la causa de Sabino. Esto permitió que el Partido recién constituido pudiese presentarse a las elecciones,  distribuir propaganda y en definitiva, tener una situación financiera desahogada para emprender cualquier tipo de iniciativa. 

Así, las elecciones municipales del 14 de mayo de 1899 dieron los primeros concejales "jeltzales", en Arteaga, Bermeo, Bilbao y Mundaka. Antes, el 11 de setiembre de 1898, Sabino había salido elegido diputado provincial por Bilbao. En las provinciales de 1903, el PNV continuaba sin despegarse electoralmente. El único diputado que logró fue Pedro Chalbaud. Habría que esperar hasta 1918 para que el PNV alcanzase el respaldo electoral importante, que ya lo había logrado en Bilbao, en donde tuvo la alcaldía de la ciudad desde 1907. 

Al año siguiente de la muerte de Sabino Arana, acontecida en 1903, el PNV ya tenía organización propia en veinte localidades de Bizkaia y cinco de Gipuzkoa. Aún habría que aguardar unos años para que, finalmente, en 1911 la organizacióncompleta del PNV estuviera dispuesta. Entonces, con una implantación numerosa en Bizkaia y Gipuzkoa y una más tenue en Álava y Navarra, se constituyeron los consejos regionales de las cuatro provincias. Cada estructura territorial contaría con su propio medio de comunicación: "Arabarra", "Bizkaitarra", "Gipuzkoarra" y "Napartarra". También nacería el órgano máximo de decisión, el "Euskadi Buru Batzar". 

En 1906, el PNV celebraría la primera Asamblea Nacional de Partido, a la que siguió la publicación de un Manifiesto programático en donde se presentaban las señas de identidad ""jelkides. Este programa estaría vigente hasta 1966, es decir 60 años. Como objetivos políticos planteaba la anulación de las leyes francesa de 1789 y española de 1839, con el fin de obtener la plena reintegración foral, la recuperación de las tradiciones nacionales, la lengua y la raza.

Simultáneamente a la expansión organizativa, el PNV iba a vivir una época especialmente intensa, producto de dos concepciones distintas sobre cómo entender el nacionalismo. La presencia de un sector acomodado encabezado por Sota, con su correspondientes lazos de manifestaciones ideológicas dirigidas por Engracio Aranzadi Kizkitza, se hizo hegemónica, aunque no logró aplacar la crisis que se reproduciría años más tarde en forma de escisión. La primera nota que produjo esta situación estuvo en el abandono de las tesis independentistas de Sabino Arana, relegadas por el posibilismo como única salida al acoso represivo de Madrid hacia todo lo que no oliese a español. El cambio más notorio sería la asunción de la idea de un Estatuto de Autonomía que recogiese las aspiraciones vascas, al igual que lo habían exigido sectores nacionalistas catalanes.

 De esa forma, el PNV encabezado por Kizkitza y por Sota, en 1916 transformó el nombre del Partido que pasaría a llamarse Comunión Nacionalista. El sector expulsado, liderado por Eli Gallastegi y Manu Egileor, retomó el nombre de PNV logrando, en sólo unos meses dar la vuelta a una situación previamente desfavorable. El aparato, las finanzas y la complicidad de Madrid estaban con Comunión. Del lado del PNV de Eli Gallastegi estaban la ilusión y la juventud. Con ellas, en febrero de 1922, logró nueve concejales para el Ayuntamiento de Bilbao, mientras que Comunión le fue a la zaga con cuatro. Desde este nuevo y joven PNV se reivindicó la figura de Sabino, se extendió la ikurriña a los siete herrialdes y se formó una organización de mujeres ("Emakume Abertzale Batza") y otra de montañeros ("Euzko Mendigoizale Batza"). En 1922, entró en este PNV Luis Arana. 

Pero llegó la Dictadura del general Primo de Rivera y el activo PNV fue descabezado. Sus centros fueron clausurados, sus dirigentes tuvieron que marchar al exilio y sus diarios clausurados. El nacionalismo vasco retrocedía casi treinta años, como en los primeros tiempos de Sabino. 

A la caída de Primo de Rivera, los dos sectores nacionalistas abrirán un proceso de integración que se saldará, el 16 de noviembre de 1930, con la reunificación. Pero un sector, aliado con una concepción progresista del nacionalismo, no estuvo de acuerdo con el proceso, dejando el Partido y creando ANV. En 1931, con la llegada de la segunda República, el PNV auspiciará una coalición (Vasco-Navarra) con los carlistas que le llevará a poseer la mayoría electoral en la Euskadi peninsular. Pero cuando los municipios vascos comenzaron los primeros trabajos para la elaboración del Estatuto de Autonomía, la coalición se rompió, quedando solos los "jeltzales". Así, en solitario, el PNV se lanzará a una campaña por conseguir el Estatuto.

En octubre de 1936, con Navarra y la mayoría de Gipuzkoa y Álava bajo el ejército franquista, el Gobierno republicano aprobaba, finalmente, el Estatuto de Autonomía. José Antonio Aguirre y Lecube era proclamado Lehendakari. El Ejército Vasco, compuesto por batallones de todas las organizaciones políticas, defendió la tierra vasca con más voluntad que acierto, hasta que en junio de 1937 cayó definitivamente Bilbao. 

Durante los meses que se prolongó la Guerra en suelo vasco, el PNV organizó, junto a ELA-STV, su propio ejército, el "Eusko Gudarostea. 

El Gobierno Vasco fijó entonces su sede en París, que tuvo que abandonar tras la entrada de Hitler en la capital francesa. La incautación de documentación peneuvista provocó fusilamientos franquistas de activistas nacionalistas en España. A la huida de París se sumó una razia de la gendarmería francesa en Iparralde, provocando un millar de detenidos, entre ellos seis miembros del Euskadi Buru Batzar. Poco después, el Lehendakari Aguirre emprendería una huida que le llevaría hasta Bélgica y más tarde a Berlín. Finalmente pudo abandonar Europa, estableciéndose en EEUU. Con la Segunda Guerra mundial en su apogeo, el PNV colaboró activamente con los aliados. El primer argumento para avalar esta cooperación era obvio: la caída de Hitler y Mussolini llevaría implícita la de Franco. Por eso, cuando la guerra finalizó y Franco siguió en su sitio por imperativos de la recién inaugurada Guerra Fría, la maniobra del PNV fue considerada como un estrepitoso desacierto. Las fechas estuvieron en el  27 de agosto de 1953, cuando el Gobierno español firmaba el Concordato con la Santa Sede y el 26 de septiembre de 1953 al producirse la rúbrica de los pactos militares y económicos entre Washington y Madrid. El Vaticano y Washington, los dos pilares estratégicos del PNV, apostaban claramente por el apoyo al régimen franquista. 

El PNV negoció a través de Julio Jauregi su legalización con el Gobierno de transición, creado a la muerte de Franco, y avaló su condición histórica para ofrecer estabilidad en los tiempos que corrían. En este año de 1977 y el 25 de marzo, ocho días después de su inscripción en el Registro de Asociaciones Políticas, tenía lugar en Iruñea la primera Asamblea Nacional del PNV después de la Guerra Civil. Xabier Arzalluz, que elaboró la ponencia política aprobada por el congreso, se reveló como el hombre que sustituiría a Juan Ajuriagerra en el control del partido. Carlos Garaikoetxea fue elegido presidente del EBB, relevando a Ajuriagerra que había ejercido el cargo interinamente tras la muerte de Doroteo Ziaurriz treinta años antes. 

Tras la implantación de la democracia, el Partido Nacionalista Vasco se ha consolidado como la formación mayoritaria y con mayor cobertura en la sociedad. Esta situación holgada no puedo sin embargo evitar la escisión del Partido a principios de los años ochenta, cuando Carlos Garaikoetxea decidió fundar su propio partido: Eusko Alkartasuna. Esta formación se define hoy en día como un partido claramente independentista y socialdemócrata, mientras el Partido Nacionalista Vasco compagina el independentismo y el estatutismo, y su tendencia es cristianodemócrata. 
El PNV mantiene hoy en día una situación mayoritaria en Gipuzkoa y Bizkaia, algo más débil en Álava, y minoritaria en Navarra y el País Vasco-Francés. El Partido ha gobernado Euskadi desde la proclamación del Estatuto de Gernika que lo sostiene comandado por los lehendakaris Carlos Garaikoetxea, José Antonio Ardanza, y Juan José Ibarretxe.