La fundació de la ciutat en terra ferma, coneguda com a Neàpolis es produí a meitats del segle VI aC, entre la fundació d'Alalia i la caiguda de Focea en mans dels perses.  L'augment de població i, per tant, la fundació de la Neapolis per tal de poder-la encabir, s'ha atribuit a dos fets. D'una banda a l'esmentada  caiguda de Focea en mans dels perses l'any 540 aC i, d'altra a la derrota contra els cartaginesos i etruscs de l'estol foceu a la batalla naval d'Alalia (Còrsega), una pròspera i rica ciutat, focea també, a l'any 535 aC i que sembla que provocà l'èxode de la població cap a altres indrets, Emporion entre ells. També hi han altres historiadors que atribueixen la fundació de la Neàpolis a l'increment de la demografia emporitana, degut a les intenses relacions comercials amb els pobles del voltant, i que es traduiren en prosperitat i riquesa per a la petita ciutat. 

Sigui pels motius que sigui, cap a meitat del segle VI aC es fundà, a l'extrem sud de la petita badia que formava l'illa de la paleàpolis i la franja de terra mes propera, un nou nucli habitat. Les dimensions, al principi foren molt reduides.  Entre els dos nuclis hi havia el port, l'element mes important de la ciutat. De totes maneres, hi havien ports secundaris, que permetien amarrar les naus a llocs propers, tals com la desembocadura dels rius Fluvià, La Muga o el Ter quan les condicions metereològiques aixi ho exigien. L'entrada al port principal es feia per la part nord, entre la Paleàpolis i terra ferma. Aquest port quedava inutilitzat quan bufava la tramuntana molt forta. També s'hant trobat restes d'espigons a la punta de sant Marti (Paleàpolis) i les Muscleres Grosses (Neàpolis) i que arreceraven el port dels temporals de llevant.

Al llarg dels decenis següents, la Neàpolis continuà el seu creixement, aprofitant les intenses relacions comercials entre Massàlia i Emporion. Despres de la batalla d'Alalia, Massàlia prengué el lideratge del comerç grec a la Mediterrània Occidental, i sembla ésser que económicament Emporion en depenia d'aquesta. Tot i així, sembla que no hi havia cap mena de dependència política. Progressivament, amb el pas dels anys, aquesta dependència económica s'afeblí, fins al punt de que, al segle V tingueren una evolució política i económica totalment independent.

La relació entre Emporion i els indígenes del seu entorn fou pacífica, amb intensos intercanvis comercials que justifiquen sobradament el nom escollit per a la ciutat. A terra ferma, el domini territorial o, mes ben dit, l'àrea d'influència de la ciutat, anava de la plana del Baix Empordà fins a la plana del Rosselló. Per mar el comerç es dirigí cap al sud peninsular. La seva influència arribava fins el cap de Gata.

Podem resumir l'estructura urbana d'Empúries diguent que era un port amb dues ciutadelles, una a cada banda. El que era realment important era el port. Les ciutadelles eren solament un anex que defensava i donava servei al port. Si no hagues estat així, la ciutat s'hauria construit al cim del turó veí, i no al costat del port. Degut a la seva menor altitud respecte a les zones veines, la Neàpolis es va haver de dotar de poderoses muralles. Una part del port, donava directament a la Neàpolis, mentra que la resta es trobava entre la Paleàpolis i la Neàpolis. Per tal d'aprovisionar als vaixells, la ciutat comptava amb aigua en abundància. Apart dels rius que hi desembocaven a prop, hi havien una o dues fonts al port i nombroses cisternes a la ciutat, que a mes permetien disposar d'aigua en cas de setge. A la imatge es veu l'aspecte que devia tenir Emporion al segle IV a.C. L'entrada al port ja no es feia per la part nord, sino des de la part de llevant.

Font: Història militar de Catalunya de F. Xavier Hernàndez.  Editor: Rafael Dalmau

La superfície que ocupava en aquests moments Emporion era d'unes 5 o 6 ha, fet que dona una població d'unes 1.500 o 2.000 persones per al conjunt de la Neàpolis i Paleàpolis. El recinte era enmurallat. A finals del segle V s'edificà un nou temple extramurs. La seva finalitat era mes política que religiosa. A l'èsser accessible tant per a la població grega com indígena, es feia servir com a punt de trobada per poder establi-hi contactes comercials. Aixó tingué com a consequència l'aparició d'un barri extramurs habitat per població indígena, que ràpidament s'assimilà a la cultura grega. Aquest fenómen d'hel.lenització de la població indígena tingué lloc també a tota l'area d'influència d'Emporion. La nova muralla que es construí durant el segon quart del segle IV a.C. ja incloia una part de la població indígena a l'interior de la ciutat. A la imatge es veu una vista parcial de la part sud de la muralla al segle IV i que permeté també integrar el sector religios a l'interior del recinte enmurallat.

Font: Història de l'Alt Empordà. Edició Diputacio de Girona

Els productes que buscaven els grecs en els seus intercanvis amb els indígenes eren agrícoles. Tambe buscaven metall (coure, plom, plata i ferro) procendent del Pirineu. Aquest recursos s'enviaven a Massalia i també a les ciutats de la Grecia metropolitana, Atenes entre elles. 

En quan al tipus de govern que regia e Empúries en els primers temps, tot fa pensar que era una oligarquia, possiblement seguint l'exemple de Massalia.

Durant el segle III a.C, continua la prosperitat a la ciutat. Malgrat aixó comencen a apareixer els primers símptomes de canvis en la correlació de forces a la Meditàrrania occidental. El motiu d'aquests canvis no és altre que l'aparició de Roma com a potència. El corrent comercial canvia, desapareix la ceràmica àtica i apareixen les àmfores grecoitàliques i ceràmica diversa, però també del mateix origen. 

A finals del segle IV i començaments del III a.C. apareixen les primeres monedes encunyades a Emporion i Rhode. 

En el darrer terç del segle III una delegació encapçalada per Sagunt i Emporion anà a Roma per demanar un control sobre l'expansionisme cartaginès, que consideraven perjudicial per als seus interessos. La situació, com és sabut acabaria amb una guerra oberta entre Roma i Cartago, amb victòria dels romans. 

Tornar enrera