Para salvar gif transparente, vamos em em File > Export > Gif Optimizer:

Abra a aba Partial Transparency e veja se está como abaixo:

E, na aba Transparency:

Clique então em Use Wizard

Aparecerá o seguinte quadro, e vá marcando conforme estiver nos screens e em Avançar a cada passo. Esta cor inicial não importa, uma vez que estamos marcando EXISTING, ou seja, há partes transparentes na imagem:

Aqui, se houver sombra na sua gif, clique no quadro da cor e coloque a cor do fundo que pretende usar por baixo de seu gif.
Caso contrário deixe em cinza clarinho ou em branco:

Aqui vc regula a qualidade de sua gif, se for leve, deixe sempre na parte superior.
Quanto mais alto, maior a qualidade. Quanto mais baixo menor a qualidade e, também menor o peso:

Marque então, como abaixo...estará salvando com a melhor qualidade de cores:

E, finalmente, pelo visor, vc poderá verificar a qualidade e abaixo o peso de sua gif.
Não estando satisfeito(a), clique em Voltar e volte até o passo Page 3 of 5.
Estando satisfeito(a), clique em Concluir.

E salve a sua gif transparente com qualidade clicando em concluir.