Con la XII Dinastía, el santuario de Amón se convierte en templo dinástico; Amón (representado con cabeza humana) reemplazó a Montu como patrono de la provincia. y fue considerado un dios importante del Alto Egipto. Poco a poco fue asimilándose a Ra y se le llamó Amónrasonter, que significaba "Amón-Ra, rey de los dioses"; es la exaltación consiguiente a la categoría de dios supremo de Egipto. 
También fue identificándose con los demás dioses principales, que se convirtieron en manifestaciones de Amón, denominándose "el dios único que se convierte en millones". Uno de los nombres por el que era designado es "Aquel que habita en todas las cosas", título que enfatiza su carácter de esencia de todo el Universo. 
Con la reforma religiosa de Akhenatón sufrió la furia iconoclasta; posteriormente, sin embargo, evolucionó para convertirse en un dios universal cuya autoridad se extendía por todo Egipto.

Se le hace hijo de Maat y Thot, y miembro de la tríada tebana como esposo de Mut y padre de Jonsu. 
La forma común de representarlo es como hombre con barba, coronado con dos plumas altas con secciones de color rojo y verde alternados, o rojo y azul; lleva un gran collar, un faldellín del que cuelga la cola de un animal, brazaletes; en su mano derecha sostiene el anj y en la izquierda el cetro.