La crísis de legitimidad con la que llegó al poder Salinas de Gortari, creó un nuevo divisionismo en el PRI, por un lado estaban los dinosaurios, apegados a la tradición política y los priístas renovadores, interesados en una reforma profunda del partido para adecuarlo a la tendencia democratizadora en el ámbito internacional al comenzar la década de los noventas.

Entre las propuestas de los nuevos priístas destacaban la de desligar al partido del presidente para que dejara de ser una maquina electoral, además que abandonara las técnicas del "dedazo" y las imposiciones decretadas por el gobierno. Esta era la bandera política de Luis Donaldo Colosio, como presidente del CEN del PRI a partir de diciembre de 1988. El llamado a la renovación del PRI no podía ser más claro, si no se daba, corría el riesgo de ser desplazado por un partido que si lo hiciera. De tal suerte que el discurso salinista a lo largo del sexenio, decía apoyar la formación de un "nuevo PRI".

Sin embargo fueron frecuentes las quejas por el dedazo y el fraude electoral, sobre todo en los estados donde había preferencia por los partidos de oposición. La repuesta oficial a las quejas fue la imposición enérgica contra la protesta perredista en Michoacán, por su parte la protesta panista fue más conciliadora, que se manifestó en la concertación.

Las acciones que mayor generaron descontento de los priístas fueron las concertaciones del gobierno con otros partidos; con el PAN en San Luis Potosí y Guanajuato, en el verano de 1991. En el primer caso, el pueblo potosino apoyando al panismo y argumentando fraude electoral, rechazó el triunfo de Fausto Zapata, candidato priísta, hasta lograr la renuncia de éste.

En Guanajuato tuvo un origen similar, aunque el rechazo se presentó desde la presentación de la candidatura a gobernador del priísta Ramón Aguirre, quien obtuvo el triunfo oficial en las elecciones. Las fuertes protestas llevaron a la rectificación y tras su renuncia, Aguirre fue sustituido por el panista Carlos Medina Plascencia.

Otro de los aspectos en que se manifestó la influencia presidencial sobre el PRI consistió en la petición de financiamiento para las campañas electorales, que hizo Salinas a los empresarios nacionales, con los cuales tuvo una frecuente relación mediante la privatización de empresas estatales. Esto generó severas criticas por el desequilibrio en el trato del gobierno a los distintos partidos.

La designación del candidato priísta al Ejecutivo Federal fue mediante el "dedazo" criticando más agudamente, por contradecir el discurso acerca de la democracia, llevado a cabo por Salinas. El grupo estaba integrado en un principio por 7 aspirantes, reduciéndose a dos, Manuel Camacho Solís Regente de la Ciudad de México, y Luis Donaldo Colosio, ex presidente del PRI y Secretario de Desarrollo Social desde abril de 1992.

El 28 de noviembre de 1993 de destapó a Colosio como candidato a la presidencia por el PRI, causando gran disgusto en Camacho que en principio no felictó al candidato electo, renunciando a su cargo y dándosele él nombramiento de Secretario de Relaciones Exteriores, constituyendo un ejemplo más de la ruptura interna del sistema, al inicio de la turbulencia política del final de sexenio.

En marzo de 1993, al terminar Luis H. Álvarez su segundo periodo, fue elegido Carlos Castillo Peraza cuya militancia databa de 1967, a él le correspondía nombrar a Diego Fernández de Cevallos, como candidato a la presidencia por el PAN, tras la reunión de la Asamblea Nacional del PAN los días 20 y 21 de noviembre de 1993.

PRD: el PRD mantuvo una abierta confrontación con el PRI a lo largo del sexenio (con Salinas). El enfrentamiento se convirtió en una lucha violenta después de los procesos electorales, cuando militantes del PRD inconformes con los resultados, ocupaban las alcaldías en un intento de impedir que los funcionarios del PRI cumplieran con su labor. Lo peor fue la muerte de muchos perredistas.

La violencia ante la opinión pública quedaba rechazada y el PRD quedó como un partido que recordaba los radicalismos de izquierda correspondientes a épocas pasadas, además los descalabros electorales en 1991 desgastaron al partido y generaron una inestabilidad interna. El enfrentamiento entre los lideres (del PRD y el PRI) también fue tema de polémica durante el sexenio. No obstante, el 17 de octubre de 1993 Cárdenas rindió protesta como candidato a la presidencia por el PRD, siendo apoyado además por otros partidos de izquierda.

PVEM : Fundado en 1992, cuyo propósito era alcanzar el poder político para gobernar con el pueblo de México y para el pueblo de México con amor, justicia y libertad, y establecer la democracia manteniendo la paz social. Proponía restablecer el artículo 82 Constitucional para evitar que hijos de extranjeros tengan acceso a la Presidencia de la República, ofrecía cancelar el TLC. El 13 de diciembre de 1993, el PVEM designó como candidato a Jorge González Torres.