Los virus que infectan a los hongos son los micovirus. Fueron descubiertos en las enfermedades de las setas. Aparentemente son muy comunes en los hongos, se cree que aproximadamente infectan a 5000 especies f�ngicas, sin embargo muy pocos han sido aislados y caracterizados.
La part�cula t�pica de un micovirus es el virion, que tiene forma isom�trica y un di�metro de entre 25 a 48 nm. Su Core contiene una mol�cula simple de doble cadena de RNA (dsRNA de double strand RNA en sus siglas en ingl�s) y pocas veces ssDNA; est� rodeado por una c�pside prote�nica de alto peso molecular y su caracter�stica t�pica es que su genoma est� segmentado en diferentes viriones; por lo general, es necesario de 2 a 5 viriones para obtener el genoma completo de un micovirus lo que no sucede en virus de plantas y animales, donde el genoma completo se puede encontrar en un solo virion.
En c�lulas de una hifa joven, los micovirus est�n libres en el citoplasma, y en c�lulas m�s viejas, pueden estar en ves�culas de membrana y vacuolas. Una vez establecida, una infecci�n micoviral tiende a mantenerse indefinidamente en el micelio (una delas cepas de Penicillium chrysogenum, desarrollada para producci�n comercial de penicilina, fue infectada por un micovirus y ahora todas las cepas comerciales est�n igualmente infectadas porque derivaron de la primera).
Los micovirus son transmitidos regularmente en el contacto citoplasm�tico ocurrido cuando se lleva a cabo la fusi�n de hifas y pueden ser acarreados por esporas f�ngicas aunque aparentemente no las pueden infectar ya que no pueden atravesar sus paredes.
Los micovirus se replican dentro de su c�lula hospedera produciendo nuevos viriones. Este proceso involucra la producci�n de nuevas mol�culas de dsRNA as� como la s�ntesis de polip�ptidos par formar la c�pside. Hay poca informaci�n sobre su replicaci�n por lo que no tenemos un patr�n general de su mecanismo.
Los trabajos m�s extensos han sido realizados con el micovirus asesino de Saccharomyces cerevisiae. La RNA polimerasa es necesaria para la transcripci�n y producci�n de nuevas hebras de RNA y es producida por el micovirus. Una hebra del dsRNA es transcrita, formando una hebra sencilla complementaria de RNA (a veces llamada hebra +); una vez formada, la ssRNA (single strand RNA) es liberada por el virion al citoplasma de la c�lula hospedera, donde funciona como RNA mensajero y traducido a prote�nas de la c�pside. Posteriormente, el RNAm es utilizado como hebra templada para la producci�n de una hebra de RNA complementaria (la hebra -) de forma que se reconstituye el dsRNA y se incorpora al viri�n completo. Este proceso es diferente al que ocurre en la replicaci�n de los micovirus de Penicillium stoloniferum y A. Foetidus donde el dsRNA sirve como templado par la producci�n de ssRNA que se libera al citoplasma en forma de RNAm, posteriormente, el dsRNA sirve como templado para la replicaci�n semiconservativa de nuevo dsRNA en lugar de integrarse a un nuevo virion.
Los micoviruses son especiales ya que generalmente no tienen efectos aparentes en su hu�sped f�ngico y aparentan no ser virulentos ya que c�lulas "sanas" pueden contener una gran cantidad de part�culas virales; por ejemplo, las levaduras tienen usualmente de 100 a 300 viriones en cada c�lula sin que se observen efectos aparentes. Una posible raz�n de la avirulencia puede ser el tiempo de la replicaci�n viral. En un estudio de infecci�n viral en Penicillium stoloniferum se vio que la s�ntesis de dsRNA y viriones ocurre despu�s de que la fase de crecimiento exponencial del hongo ha terminado y la s�ntesis de macromol�culas ha declinado, aunque en algunos casos los micovirus causan da�os r�pidamente y las cepas infectadas crecen lentamente o se desarrollan anormalmente aunque la lisis de las c�lulas infectadas sea realmente poco probable.
Los micoviruses pueden estar relacionados con la hipovirulencia, un fen�meno que reduce la virulencia de los hongos pat�genos de plantas, haci�ndolos menos peligrosos para su hu�sped vegetal. La hipovirulencia ocurre en Cryphonectria paras�tica, hongo responsable de la plaga de la casta�a.
El sistema "asesino" de la levadura Saccharomyces cerevisiae y del carb�n Ustilago maydis est�n correlacionados con infecciones virales. Por lo general las cepas acecinas producen toxinas prot�icas extracelulares a las que son inmunes. Esta auto inmunidad, as� como la capacidad de producci�n de toxinas, es conferida por el dsRNA resultante de la infecci�n viral. Actualmente se conocen dos familias de micovirus: la Totoviridae y la Partitiviridae que comprenden virus isom�tricos con genomas de uno o dos segmentos de dsRNA respectivamente.
Algunas especies de virus que infectan a los hongos son: