Sen ett antal år tillbaka vid vissa tidpunkter har dämningsgränsen överskridids likaså sänkningslinjen. Detta har medfört att övergödning har skett i sjön när vattnet från översvämmade åkrar och skogar dragit sig tillbaka ner i sjön. Mycket död fisk har hittats i vattnet och sjön växer igen när det giftiga kvävehaltiga segmentet lägger sig på sjön botten. Fiskdöden kan vara orsak till, att Ubblixbodammen olagligt har stängts helt vissa perioder av åren och vattnet blir stillastående i sjön och illaluktande i de grunda vikarna.
De av dammar oskyddade markerna mot översvämningar har de sista åren tagit stor skada på gr.av felregleringar. För att bevara dessa fina bördiga åkrar och skogmarker måste vattendomen noggrant efterlevas. Man kan fråga sig varför inte Uppsala kommun byggde skyddsdammar för sina egna skattebetalande medborgare inom kommunen medan alla andra komuner fick sina skyddsdammar?
Sjön har under vissa tidsintervaller de senare åren reglerads så att Ubblixbodammen varit helt stängd. Detta har medfört att vattnet blivit stillastående i sjön. I samband med stillastående vatten, kommer det surt regn, kommer det utsläpp i form svavel och kväve. Detta skapar syrefattigt förhållande. Även vid sjöns svåra översvämningar förorenas vattnet. Mängder av död fisk har påträffats flytande. Vissa arter och växter och arter har försvagats och delvis slagits ut. Den tidigare rikligt växande kolvassen har delvis slagits ut. Det fanns tidigare rikligt med snäckor och sjömusslor som nu verkar vara utslagna. Med andra ord måste sjön ha genomströmning och inte stängda dammluckor. Se vattendomens, domstolsbilaga 1