Cuando Hagrid va a buscar a Harry a la cabaña en medio del mar tiene una discusión con los Dursley en la cual Petunia menciona que odiaba que su hermana Lily volviera en los veranos e hiciera magia en la casa, cuando supuestamente está prohibido hacer magia fuera del colegio:
"—¡Saber! —chilló de pronto tía Petunia—. ¡Saber! ¡Por supuesto que lo sabíamos! ¿Cómo no ibas a serlo, siendo lo que era mi condenada hermana? Oh, ella recibió una carta como ésta de ese... ese colegio, y desapareció, y volvía a casa para las vacaciones con los bolsillos llenos de ranas, y conver­tía las tazas de té en ratas. Yo era la única que la veía tal como era: ¡una monstruosidad! Pero para mi madre y mi pa­dre, oh no, para ellos era «Lily hizo esto» y «Lily hizo esto otro». ¡Estaban orgullosos de tener una bruja en la familia!"- fragmento de Harry Potter y la piedra filosofal.

Rowling plantea en un principio que al beber el elixir de la vida que proporciona la Piedra Filosofal, uno se hace inmortal, pero luego, cuando Dumbledore dice que Nicolas Flamel y su esposa morirán a los 658 y 665 años, nos da a entender que para mantener la vida hay que tomar dosis cada determinado período de tiempo, contradiciendo el concepto básico de la Alquimia. Ésta existió de verdad (Rowling no la inventó): Los alquimistas de la edad media creían que para lograr la transmutación de metales como el plomo, sin gran valor, en oro o plata había que agregar y combinar una cantidad justa de Mercurio para lograr la transmutación. Por otro lado también pensaban que para que esta reacción se produzca tendría que ocurrir en presencia de un catalizador al que se llamó piedra filosofal. La historia de la alquimia es básicamente la búsqueda de este catalizador, que también tendría propiedades dadoras de la vida eterna. Brandt descubrió el fósforo (P) destilando orina en busca de esta piedra.

Hermione les cuenta a Ron y Harry en el Expreso Hogwarts que se la pasó toda las vacaciones practicando hechizos siendo ilegal, ya que está prohibido hacer magia fuera del colegio para los menores de edad. "-¿Estás seguro de que es el hechizo adecuado? -preguntó la niña-. ¿Bueno, no es muy efectivo, no? Yo probé unos pocos simples, sólo para practicar y funcionaron (...)" Fragmento Página 93, HP y la Piedra Filosofal.

Dean Thomas está en el mismo año que Harry. Pero en el libro dice que, tras Harry, sólo quedan tres personas para ponerse el Sobrero Seleccionador: Lisa Turpin, Ron Weasley y Blaise Zabini. ¿Dónde está Dean Thomas?

En el primer libro, se le describe a Hagrid como dos veces más alto que la altura de un hombre normal y cinco veces más ancho; sin embargo, en el cuarto libro, se dice de él que es dos veces más alto de lo normal pero sólo TRES más de ancho. Supongo que habrá estado a dieta.

En la Ceremonia de Selección, se recalca que la Profesora McGonagall trae una silla de cuatro patas con el Sombrero Seleccionador sobre ella. Sin embargo, en el libro cuarto se narra que ella trae una silla de TRES patas.

La serpiente, en el zoológico, le guiñe un ojo a Harry, pero las serpientes no tienen párpados.
Posible explicación: Todo puede pasar existiendo la magia, ¿no?

Cuando Harry junto a Hagrid visitan por primera vez el Caldero Chorreante delante del Callejón la gente presente lo saluda afectuosamente. Pero, detalle, conoce al profesor Quirrell quien le da la mano para saludarlo. ¿La mano? ¿Por qué al final derrota a tu-sabes-quién gracias a que el profesor se quema mientras Harry lo toca? ¿Contradicción?

En la carta de Hogwarts se dice que se puede llevar una lechuza, un gato o una tortuga. Pero Ron lleva una rata y Lee Jordan una araña.
No es tanto un "error", quizás las lechuzas, los gatos y las tortugas son más preferibles, pero las ratas y las arañas igual se pueden llevar.

Cuando Tom y Harry están hablando en la Cámara secreta, Tom le dice a Harry que tienen muchas cosas en común como, por ejemplo, que los dos son sangre mezclada, pero ¡un momento! ¡¡Harry es de sangre limpia, tanto su padre como su madre eran magos!!
Posible explicación: Harry no es de sangre limpia, es  de sangre mezclada ya que no tiene un largo linaje de sangre limpia, pues su madre es de familia muggle. Ron explica que la mayor parte de los magos tienen sangre mezclada, si no se hubieran casado con muggles, se hubieran extinguido.

Cuando Dobby hace magia en casa de Harry, el Ministerio toma por sobre-entendido que Harry la había hecho, eso quiere decir que se guía por la ubicación y no por la identificación, entonces Harry podría hacer magia fuera del colegio si no está en casa de sus tíos, puesto que el Ministerio no tendría por qué saber que fue él el responsable.

Se supone que Myrtle la llorona murió cuando miró hacia los ojos del basilisco; ella cuenta que se había escondido en el baño porque Olive Hornby se había reído de sus GAFAS. Si usaba gafas, miró al basilisco a través de ellas... ¿como murió? "-Ooooooooh, fue horrible! -dijo encantada-. Sucedió justo aquí. Morí en esta misma cabina. Lo recuerdo perfectamente. Me había escondido porque Olive Hornby se reía de mis anteojos. La puerta estaba cerrada y yo lloraba, y entonces oí que entraba alguien (...)". Fragmento página 258, HP y la Cámara Secreta.
Posible corrección: Quizás Myrtle la Llorona en ese momento se había quitado los lentes porque como la estaban molestando por ellos, quizás se los quitó y miró al basilisco sin ellos. ¿No?

En el segundo libro, Hermione dice lo siguiente sobre Myrtle la Llorona, "Ella se esconde en los baños de las chicas del primer piso", mientras que en el libro cuarto, Harry dice, "'Supongo que siempre quedará Myrtle la Llorona', dijo él refiriéndose al fantasma que se escondía en el baño de las chicas de la SEGUNDA planta".
Posible corrección: Quizás esto no debería ser considerado un error, porque hay que tener en cuenta que las cosas en el castillo siempre están en continuo movimiento.

Cuando expulsan a Hagrid de Hogwarts, el director no es Albus, sin embargo Hagrid dice que fue él quien le dejó quedarse como guardabosques...
Posible corrección: Quizás Dumbledore desde los principios tenía mucho poder en Hogwarts, ya que por algo luego pasó a ser el director. Quizás eran amigos con el director de ese tiempo (Armando Dippet) y él le pidio que dejara a Hagrid como guardabosques, ¿quién sabe, no?

En La piedra filosofal se había dicho que Marcus Flint estaba en sexto año, pero en este libro sigue jugando quidditch.
Posible corrección: Quizás Marcus Flint quedó repitiendo, ¿no? Rowling, efectivamente aclaró en un Chat que Marcus Flint había quedado repitiendo. Se dice que se aclarará más sobre eso y tendremos más detalles en los siguientes libros.

Si Lupin y Snape deciden ir a la casa de los gritos (cada uno en diferentes circunstancias) cuando ven que Harry, Ron y Hermione está allí; ¿cómo es que no vieron a los Harry y Hermione que habían viajado con el giratiempos si estaban allí?

Sirius Black dice en un momento que Voldemort se había estado escondiendo por 15 años. Pero a esa altura Harry tenía doce. ¿Por qué Lord Voldemort iba a esconderse desde tres años antes, cuando supuestamente estaba en pleno auge?

Si la entrada de muggles al callejón Diagon está prohibida... cómo hicieron los padres de Hermione para llegar allí? ¿Algún permiso muggle-mágico, quizá?

Si Harry tiene 13 años en el tercer libro, Sirius Black no estuvo 10 años en Azkaban y sino 12.  

En el final del capítulo 16 lo último que pasa es que se escucha el ruido del hacha de Macnair y se supone que ejecutan a Buckbeak, pero si Harry se vió cuando se salvó a si mismo y alejó a los dementores (aunque había creido que era su padre) significa que el otro Harry y la otra Hermione ya habían usado el giratiempo y habían salvado a Buckbeak; si ellos estaban ¿como pudieron ejecutar al hipogrifo?

En el libro 3, Harry2 y Hermione2 regresan en el tiempo 3 horas. Mientras tanto, en el pasado (o presente), Harry y Hermione están en la casa encantada con Sirius, Ron y Colagusano. Llega Lupin y abraza a Sirius diciéndole que ya sabe la verdad porque vió en el mapa del merodeador el nombre de Pettigrew. La pregunta es: si vió a Colagusano, Harry, Hermione, Ron y Sirius en el mapa, porque no vió a Harry2 y Hermione2 que habían regresado del futuro? Y si los vió y se hizo el tonto, ¿Por qué cuando Snape descubre el mapa, no los ve? ¿Acaso él no estaba interesado en desenmascarar a Harry?

Al principio se dice que los trasladores funcionan en horarios previamente calculados, entonces, ¿cómo anduvo en traslador que llevó a Harry y a Cedric hasta donde estaba Voldemort? Tendrían que haber sabido el segundo justo en el que ambos iban a tomarlo:
"Para los que no quieren aparecerse, o no tienen el carné, utilizamos trasladores. Son objetos que sirven para transportar a los magos de un lugar a otro a una hora prevista de antemano. Si es necesario, se puede transportar a la vez un grupo numeroso de personas."-
"»Pues, por supuesto, aprovechándome de la informa­ción de Bertha: usando a mi único mortífago fiel, estableci­do en Hogwarts, para asegurarme de que el nombre del muchacho entraba en el cáliz de fuego, usándolo para ase­gurarme de que el muchacho ganaba el Torneo... de que era el primero en tocar la copa, la Copa que mi mortífago habría convertido en un traslador que lo traería aquí, lejos de la protección de Dumbledore, a mis brazos expectantes. Y aquí está... el muchacho que todos vosotros creíais que había sido «mi caída»."- Fragmentos de Harry Potter y el cáliz de fuego.

Cuando la varita de Voldemort sufre el priori incantatem salen primero james y después Lily. Tendría que ser al revés puesto que empieza del último hechizo, es decir, tendría que haber salido Lily primero y James después: murió antes que ella.

El prior incantatem repite los últimos hechizos de las varitas, NO SUS CONSECUENCIAS; es decir,  por ejemplo en el mundial de quidditch, si al aplicarle el prior incantatem a la varita de Harry se produjo la marca tenebrosa y no el pánico que causó, al pasar lo mismo con Voldemort se debería haber repetido el Avada Kedravra en lugar de haber aparecido todas las víctimas del mismo.

En el final del libro III Ron recibe una lechuza como regalo, de parte de Sirius. Harry y Hermione estaban presentes y la vieron. ¿Por qué Harry en el inicio del libro IV parece no conocer a la lechuza?

Hermione le decía más de una vez a Ron que los objetos muggles a pilas, a electricidad y esas cosas no funcionaban en los terrenos de Hogwarts. Entonces...¿cómo Harry después de la segunda prueba del torneo no puede ver la hora por que el reloj se le echó a perder con el agua? ¿Si se supone que esas cosas no funcionaban en ese lugar?