O surgimento do Handebol Bauru - UNESP é um pouco diferente do usual, quando se trata da fundação de uma equipe. Por volta de maio de 2001, o câmpus de Bauru da Unesp viveu um momento de grande interesse pelo esporte. Havia sido confirmada a realização dos jogos universitários "interunesp", na cidade de Botucatu, e o alvoroço acerca das seletivas para a montagem das equipes foi grande. Daí surgiu a forma primitiva da equipe. Alguns dos atuais membros,juntamente com outros que já deixaram a faculdade deram início a sessões semanais de treinos para esse torneio. Os atletas sacrificavam seus horários de almoço uma vez por semana para treinar handebol. Os treinos eram mistos e a quantidade de interessados era bastante pequena. No torneio, a equipe feminina fez bonito e conquistou o 2º lugar, enquanto o masculino, por diversos fatores, foi eliminado na primeira partida, o que caiu como uma ducha de água fria sobre os atletas. No segundo semestre, foi a vez dos alunos de Educação Física participarem da sua competição, o "interefinho", na cidade de São Paulo. Novamente, a preparação da equipe foi feita às pressas e o resultado; mais uma derrota no primeiro confronto, tanto no masculino quanto no feminino.

Esses primeiros fracassos poderiam ter causado estragos permanentes à equipe, ocasionando novamente o seu desmantelamento. No entanto, após o evento, os treinos prosseguiram, e o número de adeptos havia aumentado. Continuava, porém, o problema de horário, e o fato de serem mistos, o que acabava por prejudicar o rendimento de ambas equipes. Os treinos foram realizados dessa forma até o final de abril de 2002, quando as obras no ginásio da faculdade foram concluídas. Nesse meio tempo houve mais um torneio, o "juesp", do qual Bauru foi eliminado ainda em suas etapas iniciais. Exatamente no dia da eliminação, 14 de Abril de 2002,  houve um acontecimento que podemos colocar como ponto inicial da história do Handebol Bauru - UNESP. Após a derrota da equipe masculina, todos os atletas se reuniram e debateram, por aproximadamente 2 horas. Depois de muita discussão, vários pontos pendentes foram deixados às claras, e o grupo se fortaleceu, criando um laço de amizade ainda mais forte entre todos.

Em agosto de 2002, já com uma base muito melhor formada, as equipes rumaram  para Araraquara, cheis de esperança para o "interunesp". Resultado: a equipe feminina conseguiu um brilhante 2º lugar, perdendo nos detalhes a partida final, enquanto os homens conquistaram a 1ª colocação, vencendo a forte equipe de Presidente Prudente na partida decisiva, por 16 gols a 15, numa partida emocionante. O bom desempenho nessa competição consolidou o handebol na UNESP, e fortaleceu ainda mais a união entre os atletas.

Passado o "interunesp", os treinos voltaram-se para o "pré-interef", e mesmo com grandes dificuldades para organizar os horários de treinos, em virtude dos trabalhos escolares, as equipes foram para Itapira bastante fortes e evoluídas. No entanto, por falhas na organização do evento, um pouco de azar nos chaveamentos, e sobretudo, por clamorosos erros de uma arbitragem fraca ou tendenciosa, as equipes foram eliminadas ainda na primeira fase.

Terminadas as competições do ano, o grupo chegou a um consenso, que significou dar um passo adiante no que diz respeito à equipe. A partir de então, ficou definido que a equipe feminina continuaria a disputar apenas competições universitárias, em virtude da cidade de Bauru já possuir uma equipe feminina, e sobretudo, por decisão das próprias atletas. Já a equipe masculina passaria a disputar, além dos torneios universitários, competições de maior nível técnico, representando a cidade de Bauru.