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骨架綜覽

2005, 2, 8 更新

結構式簡介

有時,千言萬語不如一個圖像,說了半天說不清楚,看圖一目了然,有機化學尤其如此。

有機化學可說是碳的化學,由碳原子和氫原子為主要的成員,組合出意想不到的複雜結構,照說,結構式是把化合物各原子的鍵結情形詳細畫出,如下圖左半部:

Drawing organic compounds: hydrocarbon

學過大二有機之後,大概不會有人再那麼乖地標出每一個碳原子和氫原子,而都以箭頭右邊的方式,不再標出碳和氫,只保留碳和碳之間的連結,畫出「骨架」。看到右邊的結構式,有機化學家都會清楚知道,它代表的是左邊的完整結構。

如果結構中有官能基,其表示法如下:

Drawing organic compounds: alcohol

這是一個醇類化合物,表示法是保留骨架和官能基,其他省略。

再進一步是立體化學,把骨架部份看成在螢幕上,上圖的羥基 (OH)不是與那些骨架上的碳共平面,可能朝螢幕外頭,也可能朝裡面,如果是朝裡面,則表示法如下:

Drawing organic compounds: stereochemistry

以粗線表示朝外,虛線表示朝內。

有了這些約定,有機化合物的結構式就有了三度空間的意義。

各類天然物骨架

帖類 黃酮類 香豆素 單寧 生物鹼 木酚素 長鏈類

天然物數以千萬計,概略可分為上述幾大類,其不同處在於結構特徵,從下圖可略窺一二。

various type of natural products

這些化合物是從生物體分離得到,所以才稱為天然物,但生物體又是如何製造出這些化合物呢?下圖是個梗概,描述植物從光合作用到造出各類物質。

biosynthetic pathway of natural products

上圖紅字部份是最終產物,藍字部份是重要中間物,且是各合成途徑的代表名稱,如 shikimic acid pathwaypolyketide pathwaymevalonic acid pathway

帖類(terpenoid)

explanation of terpene, Chinese characterDrawing organic compounds: isoprene
definition of terpenes

(原來 ChemWeb是可以顯示中文的,只是輸入時顯示亂碼,輸入完成,跳出文字區後才會正常,上頭這個說明就是用 ChemWeb 製作的。)

下圖粗黑部份是isoprene單元,可清楚看出單帖類有兩個,倍半帖有三個,二帖類有四個,三帖類有六個。圖中藍色部份不是 isoprene,原因是生合成過程中有甲基位移的關係,右邊那個三帖類是沒發生甲基位移的結構。

structure of terpenoids: isoprene rule

 

黃酮類(flavonoid)

黃酮類化合物由三個部份組成,簡單說就是 C6-C3-C6,其中兩個C6是指帶有羥基 (OH) 的苯環,C3 是指串在一起的三個碳,下面列出其中的四種類型。

structures of flavonoid

香豆素(coumarin)

基本骨架如下圖。

sructure of coumarin

單寧(tannin)

單寧的結構包含醣和酸兩個基本單元。葡萄醣是較常見的醣。gallic acid 及 ellagic acid 是主要的酸。醣的羥基和酸的羧基以酯鍵連結。單寧的結構是相當複雜的,像個龐然大物一樣,你看了就知道。

structure of tannin

生物鹼(alkaloid)

含氮的天然物都可以稱為生物鹼。安非他命、古柯鹼、嗎啡都是生物鹼。

structure of alkaloid

木酚素(lignan)

由兩個 C6-C3 單元所構成。但如同帖類物質一樣,也有 sesquilignan,它是由三個 C6-C3 單元所構成。(下圖的例子也是銀杏的成分之一)

structure of lignan

長鏈類(long chain)

顧名思義,長鏈類在結構上好像長長的鏈條一樣,其構成單元是碳原子,少則 10 個,多則在 30 個以上。從官能基來看,可能一個都沒有,只有碳氫,稱為長鏈烷;如果有醇基,稱為長鏈醇;有羧基,稱為長鏈酸或脂肪酸。

structure of long-chain compounds

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