Os bandeirantes foram os primeiros visitantes, chegaram por volta de 1692 atraídos pelas noticias das minas de ouro. Os exploradores transpuseram a Serra da Mantiqueira e alcançaram um sítio que os nativos chamavam de BAEPENDI. Em Tupi-Guarani, baé-pindi significa "clareira aberta".

A primeira casa foi construída em 1717 e as margens do rio surgiu um pequeno povoado, sendo ali construída, no ano de 1754, uma capela à santa espanhola Nossa Senhora de Mont-Serrat, hoje igreja Matriz. Somente em 2 de maio de 1856 BAEPENDI foi elevada à categoria de cidade.

Baependi é a cidade que possui a maior quantidade de cachoeiras do Brasil: são 142 catalogadas e ainda possui uma das maiores reservas de Araucárias.

Baependi é a cidade mais importante do Parque Estadual Serra do Papagaio, e está incluída na Área de Proteção Ambiental (APA) da Serra da Mantiqueira.

O principal destaque da cidade além de suas belas cachoeiras é a Igreja construída por Nhá Chica, religiosa que desenvolveu árduo trabalho em vida em nome de sua fé. Hoje são atribuídos a ela diversas graças alcançadas. Por tudo isso existe um processo de beatificação, atualmente no Vaticano.